| 中文摘要 | 第1-9页 |
| 英文摘要 | 第9-13页 |
| 缩略词表 | 第13-14页 |
| 前言 | 第14-18页 |
| 第一章 多重实时PCR 检测百日咳鲍特氏菌方法的研究 | 第18-32页 |
| 1 导论 | 第18-19页 |
| 2 材料和方法 | 第19-24页 |
| 3 结果 | 第24-28页 |
| ·多重与单道实时PCR 方法检测灵敏度的比较分析 | 第24页 |
| ·多重实时PCR 检测方法特异性分析 | 第24-27页 |
| ·多重实时PCR 检测方法重复性分析 | 第27页 |
| ·初步应用 | 第27-28页 |
| 4 讨论 | 第28-31页 |
| 5 小结 | 第31-32页 |
| 第二章 中国百日咳鲍特氏菌分离菌株基因组多态性研究 | 第32-56页 |
| 1 导论 | 第32-33页 |
| 2 材料和方法 | 第33-39页 |
| 3 结果 | 第39-51页 |
| ·百日咳鲍特氏菌的多位点序列分析 | 第39-45页 |
| ·百日咳鲍特氏菌的MLVA 分析 | 第45-51页 |
| 4 讨论 | 第51-55页 |
| 5 小结 | 第55-56页 |
| 第三章 无细胞百日咳疫苗株CS 的全基因组序列测定及分析 | 第56-74页 |
| 1 导论 | 第56页 |
| 2 材料和方法 | 第56-60页 |
| 3 结果 | 第60-70页 |
| ·CS 菌株全基因组完成图的绘制 | 第60页 |
| ·CS 菌株基因组的基本特征 | 第60页 |
| ·CS 与Tohama I 菌株比较基因组学分析 | 第60-65页 |
| ·与鲍特氏菌属其他细菌比较基因组学分析 | 第65-69页 |
| ·最大似然法进行系统发育分析 | 第69-70页 |
| 4 讨论 | 第70-73页 |
| 5 小结 | 第73-74页 |
| 第四章 百日咳鲍特氏菌的微进化研究 | 第74-96页 |
| 1 导论 | 第74页 |
| 2 材料和方法 | 第74-78页 |
| 3 结果 | 第78-92页 |
| ·S NP 的一般特性分析 | 第78页 |
| ·S NP 碱基突变的偏见性 | 第78-79页 |
| ·S NP 位点的相容性矩阵分析 | 第79-80页 |
| ·基于SNP 位点的菌株系统发育进化分析 | 第80-81页 |
| ·BP284 的重测序结果分析 | 第81-83页 |
| ·BP284 菌株的系统发育进化分析 | 第83-89页 |
| ·Indel 分析 | 第89-92页 |
| 4 讨论 | 第92-95页 |
| 5 小结 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-105页 |
| 附录 | 第105-119页 |
| 附表1.本研究各株百日咳鲍特氏菌基因组中indel 相关信息 | 第105-108页 |
| 附表2.本研究各株百日咳鲍特氏菌基因组中SNP 相关信息 | 第108-119页 |
| 论文综述 | 第119-137页 |
| 参考文献 | 第132-137页 |
| 个人简历 | 第137-138页 |
| 致谢 | 第138页 |
