| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 缩略词表 | 第12-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-41页 |
| ·引言 | 第15页 |
| ·蛋白质相互作用网络的五个层次 | 第15-16页 |
| ·蛋白质相互作用网络进化研究进展 | 第16-31页 |
| ·蛋白质层次 | 第17-20页 |
| ·蛋白质相互作用层次 | 第20-22页 |
| ·模体、模块层次 | 第22-24页 |
| ·网络层次 | 第24-29页 |
| ·小结和展望 | 第29-31页 |
| ·论文立题依据、研究内容和创新点 | 第31-33页 |
| 参考文献 | 第33-41页 |
| 第二章 蛋白质相互作用网络进化过程中成簇节点添加的网络模体角度的证据 | 第41-65页 |
| ·引言 | 第41-42页 |
| ·材料和方法 | 第42-46页 |
| ·蛋白质相互作用数据 | 第42页 |
| ·酵母蛋白质复合物 | 第42-43页 |
| ·蛋白质年龄评估 | 第43-44页 |
| ·网络模体和进化模体模式 | 第44-45页 |
| ·随机年龄安排和经验P 值 | 第45页 |
| ·酵母蛋白质功能注释 | 第45-46页 |
| ·酵母蛋白质进化速率计算 | 第46页 |
| ·结果 | 第46-57页 |
| ·相同和不同年龄类蛋白质之间形成模体的趋势 | 第46-50页 |
| ·拓扑和生物学功能对模体成员共起源的影响 | 第50-55页 |
| ·由相同年龄类蛋白质所组成的模体中蛋白质的进化速率和功能 | 第55-57页 |
| ·讨论 | 第57-61页 |
| ·成簇节点添加的网络模体角度的证据 | 第57-59页 |
| ·“近期旁系同源”对成簇节点添加问题的影响 | 第59-60页 |
| ·成簇节点添加的蛋白质复合物角度的证据 | 第60-61页 |
| ·功能约束可能是成簇节点添加背后潜在的驱动力 | 第61页 |
| ·小结 | 第61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 第三章 自相互作用蛋白质的系统研究和预测 | 第65-89页 |
| ·引言 | 第65-68页 |
| ·自相互作用蛋白质 | 第65-67页 |
| ·本章研究思路 | 第67-68页 |
| ·材料和方法 | 第68-74页 |
| ·整合的人和酵母的自相互作用蛋白质数据集和蛋白质相互作用网络 | 第68-69页 |
| ·人自相互作用蛋白质黄金标准阳性和阴性数据集 | 第69-70页 |
| ·人代谢与信号转导网络 | 第70页 |
| ·人看家基因、人癌症相关基因和酵母必要基因 | 第70页 |
| ·线虫和果蝇的自相互作用蛋白质数据和直系同源数据 | 第70-71页 |
| ·结构域相互作用数据 | 第71页 |
| ·蛋白质结构域数据和蛋白质序列无序性预测 | 第71-72页 |
| ·网络拓扑指标计算 | 第72页 |
| ·人和酵母蛋白质进化速率计算 | 第72-73页 |
| ·朴素贝叶斯模型 | 第73-74页 |
| ·ROC 曲线和5 倍交叉验证 | 第74页 |
| ·结果和讨论 | 第74-83页 |
| ·自相互作用蛋白质的系统研究 | 第74-79页 |
| ·蛋白质序列方面 | 第74-75页 |
| ·功能方面 | 第75-76页 |
| ·进化方面 | 第76-78页 |
| ·网络拓扑方面 | 第78-79页 |
| ·人自相互作用蛋白质预测 | 第79-83页 |
| ·模式生物自相互作用蛋白质 | 第79-80页 |
| ·结构域相互作用 | 第80-81页 |
| ·网络拓扑结构 | 第81-82页 |
| ·基于朴素贝叶斯方法整合三证据的自相互作用蛋白质预测模型 | 第82-83页 |
| ·小结 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-89页 |
| 第四章 基于蛋白质相互作用网络的人类肝脏细胞器蛋白质组功能挖掘 | 第89-109页 |
| ·引言 | 第89-91页 |
| ·人类肝脏细胞器蛋白质组研究 | 第89页 |
| ·基于蛋白质相互作用网络的基因功能预测 | 第89-90页 |
| ·本章研究思路 | 第90-91页 |
| ·材料和方法 | 第91-95页 |
| ·整合的人蛋白质相互作用网络 | 第91-92页 |
| ·整合的亚细胞定位数据 | 第92-93页 |
| ·整合的肝脏表达基因列表 | 第93-94页 |
| ·人类肝脏特异表达基因、肝脏疾病相关基因和具有肝脏表型的基因列表 | 第94页 |
| ·蛋白质相互作用网络为基础的HLOP 基因功能预测 | 第94-95页 |
| ·超几何分布检验 | 第95页 |
| ·结果 | 第95-105页 |
| ·HLOP 在各细胞器中鉴定到的新定位基因 | 第95-96页 |
| ·基于人类肝脏细胞器蛋白质相互作用子网的HLOP 基因功能预测 | 第96-103页 |
| ·HLOP 基因功能预测的初步筛选结果 | 第103-105页 |
| ·讨论 | 第105-106页 |
| ·小结 | 第106页 |
| 参考文献 | 第106-109页 |
| 全文总结 | 第109-111页 |
| 附录 | 第111-139页 |
| 附录1 蛋白质相互作用网络DIP_YEAST_CORE 中5 节点模体的分析结果（附表1~附表3） | 第111-115页 |
| 附录2 不同蛋白质相互作用数据集中相同和不同年龄类蛋白质之间形成模体的趋势（附表4~附表11） | 第115-120页 |
| 附录3 网络DIP_YEAST_CORE 中，拓扑和功能对模体成员蛋白质共起源的联合约束（附表12） | 第120-123页 |
| 附录4 当酵母蛋白质被分成10 个年龄类时，酵母蛋白质相互作用网络DIP_YEAST_CORE 的分析结果（附表13~附表20） | 第123-129页 |
| 附录5 当酵母蛋白质被分为3 个年龄类时，酵母蛋白质相互作用网络DIP_YEAST_CORE 的分析结果（附表21~附表28） | 第129-134页 |
| 附录6 当核糖体蛋白质被去除后，酵母蛋白质相互作用网络DIP_YEAST_CORE 的分析结果（附表29~附表36） | 第134-139页 |
| 综述和论文全文 | 第139-161页 |
| 个人简历 | 第161-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
