生物序列索引结构的研究与实现
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 第1章 绪论 | 第8-17页 |
| ·课题背景 | 第8-9页 |
| ·国内外综述 | 第9-15页 |
| ·索引结构种类和建立方法 | 第9-12页 |
| ·索引结构的存储策略 | 第12-14页 |
| ·生物序列的搜索技术 | 第14-15页 |
| ·本文的研究目的和意义 | 第15页 |
| ·本文的内容安排 | 第15-17页 |
| 第2章 索引结构的设计及建立技术 | 第17-32页 |
| ·后缀树的相关术语 | 第17-18页 |
| ·索引结构的设计 | 第18-19页 |
| ·索引结构的建立技术 | 第19-28页 |
| ·基本思想 | 第19-21页 |
| ·建立技术 | 第21-28页 |
| ·时间复杂性和空间复杂性分析 | 第28-29页 |
| ·对算法的若干改进 | 第29-31页 |
| ·提高cache 的命中率 | 第29-30页 |
| ·减少算法运行时的空间 | 第30-31页 |
| ·本章小结 | 第31-32页 |
| 第3章 存储策略 | 第32-41页 |
| ·索引结构的整体存储策略 | 第32-33页 |
| ·子后缀树的优化存储 | 第33-40页 |
| ·后缀数组存储法 | 第33-34页 |
| ·比特压缩存储法 | 第34-40页 |
| ·本章小结 | 第40-41页 |
| 第4章 搜索技术 | 第41-49页 |
| ·管理内存空间的子后缀树 | 第41-43页 |
| ·后缀树的搜索算法 | 第43-45页 |
| ·精确字符串匹配 | 第43-44页 |
| ·近似字符串匹配 | 第44-45页 |
| ·后缀数组搜索算法 | 第45页 |
| ·比特压缩存储的搜索算法 | 第45-48页 |
| ·本章小结 | 第48-49页 |
| 第5章 实验结果及分析 | 第49-56页 |
| ·索引建立 | 第49-52页 |
| ·在RAM 中建立索引 | 第49-51页 |
| ·建立比RAM 更大的索引 | 第51-52页 |
| ·存储策略 | 第52-53页 |
| ·搜索方法 | 第53-55页 |
| ·本章小结 | 第55-56页 |
| 结论 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-61页 |
| 哈尔滨工业大学硕士学位论文原创性声明 | 第61-62页 |
| 哈尔滨工业大学硕士学位论文使用授权书 | 第62-63页 |
| 哈尔滨工业大学硕士学位涉密论文管理 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64页 |
