小麦基因电子表达分析平台的构建及相对于水稻的小麦特异基因的鉴定
| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 个人简介 | 第9-10页 |
| 致谢 | 第10-18页 |
| 表目录 | 第18-20页 |
| 图目录 | 第20-22页 |
| 缩略词表 | 第22-23页 |
| 第一章 文献综述 | 第23-51页 |
| 第一节 生物信息学的在线分析平台 | 第23-37页 |
| 一、在线分析平台资源 | 第24-29页 |
| (一) 核酸分析平台 | 第24-26页 |
| 1、核酸序列的提交与调取 | 第24页 |
| 2、核酸结构的预测 | 第24-25页 |
| 3、基因功能注释 | 第25-26页 |
| 4、比较基因组学分析 | 第26页 |
| (二) 蛋白质分析平台 | 第26-28页 |
| 1、蛋白质特征预测 | 第27页 |
| 2、蛋白质空间结构预测 | 第27页 |
| 3、蛋白质谱数据的检索 | 第27-28页 |
| (三) 表达分析平台 | 第28页 |
| (四) 文献搜索平台 | 第28-29页 |
| (五) 其它分析平台 | 第29页 |
| 二、在线分析平台的发展趋势 | 第29-37页 |
| 第二节 禾谷类作物基因组序列的保守性 | 第37-51页 |
| 一、禾谷类作物的基因组 | 第37-41页 |
| (一) 禾谷类作物基因组的特征 | 第37-38页 |
| (二) 禾谷类作物的基因组测序 | 第38页 |
| (三) 禾谷类作物基因组的起源 | 第38-41页 |
| 二、禾谷类作物基因组的保守性与变异 | 第41-44页 |
| (一) 基因的含量和分布 | 第41-42页 |
| (二) 同源基因的保守性 | 第42-43页 |
| (三) 物种特异基因的产生和鉴定 | 第43-44页 |
| 三、禾谷类作物基因组的共线性 | 第44-48页 |
| (一) 宏观共线性 | 第44-46页 |
| (二) 微观共线性 | 第46-47页 |
| 1、基因组间的微观共线性 | 第46-47页 |
| 2、基因组内微观共线性 | 第47页 |
| (三) 共线性在基因克隆中的应用 | 第47-48页 |
| 四、禾谷类作物基因组保守性研究的生物信息学资源 | 第48-49页 |
| (一) 数据存储与查询 | 第48页 |
| (二) 基因组比较 | 第48-49页 |
| (三) 非编码蛋白质序列的鉴定 | 第49页 |
| 五、结语 | 第49-51页 |
| 第二章 小麦基因电子表达分析平台的构建 | 第51-67页 |
| 引言 | 第51-53页 |
| 材料和方法 | 第53-57页 |
| 一、 材料 | 第53页 |
| (一) 序列来源 | 第53页 |
| (二) 软硬件资源 | 第53页 |
| 二、方法 | 第53-57页 |
| (一) 序列相关信息的提取 | 第53页 |
| (二) 序列的去冗余 | 第53-55页 |
| (三) ESTs数据质量的控制 | 第55页 |
| (四) 电子表达分析的统计检验 | 第55-57页 |
| 结果 | 第57-62页 |
| 一、小麦基因电子表达分析平台的构成 | 第57页 |
| 二、后台数据库的构建 | 第57-59页 |
| 三、在线平台的输入和输出 | 第59-62页 |
| 应用与讨论 | 第62-67页 |
| 一、组织特异性表达基因的分析 | 第62-63页 |
| 二、胁迫诱导表达基因的分析 | 第63-67页 |
| 第三章 相对于水稻的普通小麦特异基因的鉴定 | 第67-89页 |
| 引言 | 第67-69页 |
| 材料和方法 | 第69-73页 |
| 一、材料 | 第69-70页 |
| (一) 植物材料 | 第69页 |
| (二) 序列来源 | 第69页 |
| (三) 序列分析工具 | 第69-70页 |
| 二、方法 | 第70-73页 |
| (一) 目的序列的提取与预处理 | 第70页 |
| (二) 相对于水稻的小麦特异ESTs的筛选 | 第70页 |
| (三) 序列污染去除 | 第70页 |
| (四) ESTs的拼接与归组 | 第70页 |
| (五) 小麦基因的功能预测 | 第70-71页 |
| (六) 引物设计 | 第71页 |
| (七) DNA的提取及PCR | 第71页 |
| (八) PCR产物克隆和测序 | 第71-72页 |
| (九) Southern杂交 | 第72页 |
| (十) 总RNA的提取、反转录 | 第72-73页 |
| 结果与分析 | 第73-86页 |
| 一、相对于水稻的小麦特异基因筛选和拼接 | 第73-75页 |
| (一) 小麦特异ESTs的筛选 | 第73页 |
| (二)ESTs的拼接 | 第73-75页 |
| 二、数据模拟 | 第75-77页 |
| 三、小麦特异基因的功能预测 | 第77-80页 |
| (一) 抗病、防卫相关的小麦特异基因 | 第78-79页 |
| (二) 贮藏蛋白相关的特异基因 | 第79页 |
| (三) 功能未知基因 | 第79-80页 |
| 四、小麦候选特异基因的实验验证 | 第80-86页 |
| (一) 待验证基因的挑选 | 第80-81页 |
| (二) 待验证基因的克隆 | 第81-83页 |
| (三) 待验证基因的Southern杂交 | 第83-85页 |
| (四) 特异基因的表达 | 第85-86页 |
| 讨论 | 第86-89页 |
| 参考文献 | 第89-109页 |
| 全文总结 | 第109-111页 |
| 全文创新点 | 第111-113页 |
| 发表论文 | 第113-115页 |
| 附表 | 第115-118页 |
