| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-41页 |
| 1.1 牛的起源与驯化 | 第16-22页 |
| 1.1.1 家牛的分类 | 第16-17页 |
| 1.1.2 家牛的起源 | 第17-18页 |
| 1.1.3 家牛的驯化中心 | 第18-19页 |
| 1.1.4 家牛的扩散 | 第19-22页 |
| 1.2 牛驯化的遗传特征 | 第22-34页 |
| 1.2.1 线粒体DNA序列多态性揭示普通牛的复杂祖先 | 第22-25页 |
| 1.2.2 线粒体DNA序列多态性支持瘤牛起源于南亚 | 第25-26页 |
| 1.2.3 Y染色体遗传变异 | 第26页 |
| 1.2.4 牛Y染色体微卫星和SNP的研究 | 第26-28页 |
| 1.2.5 家牛全基因组遗传多样性与起源研究 | 第28-32页 |
| 1.2.6 原牛及野牛对家养牛的基因渗入 | 第32-34页 |
| 1.3 中国黄牛的起源与驯化 | 第34-39页 |
| 1.3.1 中国黄牛遗传资源简介 | 第34页 |
| 1.3.2 中国黄牛起源的复杂性 | 第34-35页 |
| 1.3.3 基于考古证据的中国家养黄牛的传播路线 | 第35-36页 |
| 1.3.4 中国黄牛的母系和父系起源 | 第36-38页 |
| 1.3.5 中国黄牛全基因组分析 | 第38-39页 |
| 1.4 本研究目的与意义 | 第39-41页 |
| 第二章 常染色体遗传变异揭示东亚家牛祖先 | 第41-56页 |
| 2.1 引言 | 第41页 |
| 2.2 材料与方法 | 第41-45页 |
| 2.2.1 样本采集、DNA提取和重测序 | 第41-43页 |
| 2.2.2 基因组比对、变异位点获取及注释 | 第43-44页 |
| 2.2.3 世界家牛群体结构分析 | 第44-45页 |
| 2.3 结果与分析 | 第45-53页 |
| 2.3.1 样品信息及测序结果 | 第45-46页 |
| 2.3.2 全基因组遗传变异 | 第46页 |
| 2.3.3 群体基因组遗传结构 | 第46-53页 |
| 2.4 讨论 | 第53-55页 |
| 2.5 小结 | 第55-56页 |
| 第三章 Y染色体遗传变异揭示东亚家牛的父系祖先 | 第56-62页 |
| 3.1 引言 | 第56页 |
| 3.2 材料与方法 | 第56-57页 |
| 3.2.1 样本选择 | 第56页 |
| 3.2.2 基因组比对和变异位点过滤 | 第56-57页 |
| 3.2.3 系统发育树分析 | 第57页 |
| 3.3 结果与分析 | 第57-58页 |
| 3.3.1 Y染色体遗传变异 | 第57页 |
| 3.3.2 Y染色体单倍型分类 | 第57-58页 |
| 3.4 讨论 | 第58-59页 |
| 3.5 小结 | 第59-62页 |
| 第四章 线粒体基因组揭示东亚家牛起源 | 第62-66页 |
| 4.1 引言 | 第62-63页 |
| 4.2 材料与方法 | 第63-64页 |
| 4.2.1 线粒体组装 | 第63-64页 |
| 4.2.2 线粒体基因组系统发育分析 | 第64页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第64-65页 |
| 4.4 小结 | 第65-66页 |
| 第五章 东亚牛的古代基因组和多次迁徙事件研究 | 第66-73页 |
| 5.1 引言 | 第66页 |
| 5.2 材料与方法 | 第66-68页 |
| 5.2.1 样品信息 | 第66页 |
| 5.2.2 古DNA提取 | 第66-67页 |
| 5.2.3 古DNA建库测序 | 第67-68页 |
| 5.2.4 古DNA基因组遗传变异 | 第68页 |
| 5.2.5 石峁古牛与现代家牛的遗传关系 | 第68页 |
| 5.3 结果与分析 | 第68-70页 |
| 5.3.1 石峁样品测年信息 | 第68-69页 |
| 5.3.2 石峁古牛基因组信息 | 第69页 |
| 5.3.3 石峁古牛与东亚现代家牛的遗传关系 | 第69-70页 |
| 5.4 讨论 | 第70-72页 |
| 5.5 小结 | 第72-73页 |
| 第六章 中国家牛与近缘牛种的基因交流 | 第73-87页 |
| 6.1 引言 | 第73页 |
| 6.2 材料与方法 | 第73-75页 |
| 6.2.1 样品信息 | 第73-74页 |
| 6.2.2 中国家牛与近缘野牛的渗入关系 | 第74-75页 |
| 6.2.3 渗入区域的确定 | 第75页 |
| 6.2.4 渗入时间的计算 | 第75页 |
| 6.3 结果 | 第75-85页 |
| 6.3.1 现代牛品种的遗传多样性 | 第75-76页 |
| 6.3.2 爪哇牛对中国瘤牛的渗入 | 第76-82页 |
| 6.3.3 牦牛对西藏普通牛的渗入 | 第82-85页 |
| 6.4 讨论 | 第85-86页 |
| 6.5 小结 | 第86-87页 |
| 第七章 五个家牛核心群体的动态历史 | 第87-92页 |
| 7.1 引言 | 第87页 |
| 7.2 方法 | 第87-88页 |
| 7.2.1 MSMC估计历史有效群体大小和分歧时间 | 第87-88页 |
| 7.2.2 基于频谱模型的分化时间估算 | 第88页 |
| 7.3 结果与讨论 | 第88-89页 |
| 7.4 小结 | 第89-92页 |
| 第八章 结论与创新点 | 第92-93页 |
| 8.1 结论 | 第92页 |
| 8.2 创新点 | 第92-93页 |
| 附录A 博士论文附表 | 第93-128页 |
| 表A.1 | 第93-107页 |
| 表A.2 | 第107页 |
| 表A.3 | 第107-108页 |
| 表A.4 | 第108页 |
| 表A.5 | 第108-109页 |
| 表A.6 | 第109-110页 |
| 表A.7 | 第110-111页 |
| 表A.8 | 第111-113页 |
| 表A.9 | 第113-118页 |
| 表A.10 | 第118-120页 |
| 表A.11 | 第120-121页 |
| 表A.12 | 第121-122页 |
| 表A.13 | 第122-123页 |
| 表A.14 | 第123-124页 |
| 表A.15 | 第124-125页 |
| 表A.16 | 第125-126页 |
| 表A.17 | 第126-128页 |
| 附录B 博士论文附图 | 第128-147页 |
| 图B.1 | 第128-130页 |
| 图B.2 | 第130-133页 |
| 图B.3 | 第133-134页 |
| 图B.4 | 第134-135页 |
| 图B.5 | 第135-136页 |
| 图B.6 | 第136-137页 |
| 图B.7 | 第137-139页 |
| 图B.8 | 第139-140页 |
| 图B.9 | 第140-142页 |
| 图B.10 | 第142-144页 |
| 图B.11 | 第144-145页 |
| 图B.12 | 第145-147页 |
| 参考文献 | 第147-155页 |
| 致谢 | 第155-156页 |
| 个人简历 | 第156页 |
