| 摘要 | 第7-9页 |
| 英文摘要 | 第9-11页 |
| 1 引言 | 第12-35页 |
| 1.1 呼吸道感染的流行病学 | 第12页 |
| 1.2 呼吸道感染的病原学 | 第12-17页 |
| 1.2.1 常见呼吸道感染细菌的病原学 | 第12-14页 |
| 1.2.2 常见呼吸道感染病毒的病原学 | 第14-17页 |
| 1.3 呼吸道感染病原体检测方法 | 第17-31页 |
| 1.3.1 形态学检查与病原体培养 | 第18-19页 |
| 1.3.2 免疫学方法 | 第19-20页 |
| 1.3.3 分子检测方法 | 第20-31页 |
| 1.4 立题依据与创新点 | 第31-32页 |
| 1.5 技术路线 | 第32-35页 |
| 2 实验材料 | 第35-40页 |
| 2.1 仪器和设备 | 第35-36页 |
| 2.2 实验用样本 | 第36页 |
| 2.3 试剂和耗材 | 第36-38页 |
| 2.3.1 实验所用试剂 | 第36-38页 |
| 2.3.2 实验所用耗材 | 第38页 |
| 2.4 相关软件 | 第38-40页 |
| 3 实验方法 | 第40-59页 |
| 3.1 实验室常用溶液的配制 | 第40页 |
| 3.1.1 LB培养基的配制 | 第40页 |
| 3.1.2 琼脂糖凝胶的配制 | 第40页 |
| 3.1.3 多重PCR底物混合液的配制 | 第40页 |
| 3.1.4 PCR、荧光定量PCR引物及探针溶液的配制 | 第40页 |
| 3.2 新方法检测试剂的设计 | 第40-45页 |
| 3.2.1 目标病原体的选择 | 第40页 |
| 3.2.2 检测靶基因的选择 | 第40-41页 |
| 3.2.3 获取检测靶基因序列 | 第41-43页 |
| 3.2.4 靶基因序列多重比对 | 第43-44页 |
| 3.2.5 使用Assay Designer软件设计检测试剂 | 第44-45页 |
| 3.2.6 检测试剂的在线验证与评价 | 第45页 |
| 3.3 样本的采集 | 第45-46页 |
| 3.4 样本中病毒核酸的提取 | 第46-47页 |
| 3.5 样本中细菌核酸的提取 | 第47-48页 |
| 3.6 检测靶基因质粒梯度的制备 | 第48-52页 |
| 3.6.1 目的基因的扩增及纯化 | 第48-49页 |
| 3.6.2 目的基因连接载体 | 第49页 |
| 3.6.3 准备平板 | 第49-50页 |
| 3.6.4 转化感受态细胞 | 第50页 |
| 3.6.5 蓝白斑筛选,接种细菌 | 第50-51页 |
| 3.6.6 菌液PCR验证 | 第51页 |
| 3.6.7 接种扩增、提取质粒 | 第51-52页 |
| 3.6.8 制备梯度质粒 | 第52页 |
| 3.7 质谱检测 | 第52-56页 |
| 3.7.1 引物溶液的配制 | 第52-53页 |
| 3.7.2 多重PCR反应 | 第53-54页 |
| 3.7.3 SAP反应 | 第54页 |
| 3.7.4 单碱基延伸反应 | 第54-55页 |
| 3.7.5 树脂纯化 | 第55页 |
| 3.7.6 质谱检测 | 第55-56页 |
| 3.8 巢式PCR检测 | 第56页 |
| 3.9 荧光定量PCR检测 | 第56-57页 |
| 3.10 3D数字PCR检测 | 第57-58页 |
| 3.11 统计学分析 | 第58-59页 |
| 4 实验结果 | 第59-92页 |
| 4.1 目标病原体以及检测靶基因的选择 | 第59-60页 |
| 4.1.1 RV-MS的目标病原体及检测靶基因选择 | 第59-60页 |
| 4.1.2 RB-MS的目标病原体及检测靶基因选择 | 第60页 |
| 4.2 靶基因序列分析与检测试剂的设计 | 第60-71页 |
| 4.2.1 参考序列 | 第60-62页 |
| 4.2.2 序列下载、多重比对以及保守区选择 | 第62-67页 |
| 4.2.3 检测试剂的设计 | 第67-71页 |
| 4.3 RV-MS特异度、灵敏度的评价 | 第71-76页 |
| 4.3.1 RV-MS特异度的评价 | 第71-74页 |
| 4.3.2 RV-MS灵敏度的评价 | 第74-76页 |
| 4.4 RB-MS特异度、灵敏度的评价 | 第76-79页 |
| 4.4.1 RB-MS特异度的评价 | 第76-78页 |
| 4.4.2 RB-MS灵敏度的评价 | 第78-79页 |
| 4.5 RV-MS的初步应用 | 第79-84页 |
| 4.6 RB-MS的初步应用 | 第84-90页 |
| 4.7 数字PCR验证 | 第90-92页 |
| 5 讨论 | 第92-100页 |
| 参考文献 | 第100-112页 |
| 致谢 | 第112-113页 |
| 研究生期间发表文章 | 第113-114页 |
| 英文缩略词表 | 第114页 |
