| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-38页 |
| 1 茶树基因组学研究现状 | 第15-23页 |
| 1.1 茶树基因组特征 | 第15-17页 |
| 1.2 茶树的功能基因组学研究 | 第17-19页 |
| 1.3 茶树细胞器基因组研究 | 第19-20页 |
| 1.4 茶树遗传图谱研究 | 第20-22页 |
| 1.5 茶树SNP研究 | 第22-23页 |
| 2 茶树基因组学研究的主要方法 | 第23-37页 |
| 2.1 基因组大小的研究方法 | 第23-24页 |
| 2.2 大片段基因组文库和物理图谱构建方法 | 第24-25页 |
| 2.3 功能基因组学研究的主要方法 | 第25-31页 |
| 2.4 基于全基因组鸟枪测序法和高通量测序技术进行植物全基因组测序研究 | 第31-36页 |
| 2.5 高通量测序技术在全基因组SNP开发中的应用 | 第36-37页 |
| 3 本研究的目的意义和主要内容 | 第37页 |
| 4 课题来源 | 第37-38页 |
| 第二章 茶树全器官转录组深度测序揭示茶树特征性次生代谢途径相关基因 | 第38-72页 |
| 引言 | 第38-39页 |
| 1 材料和方法 | 第39-45页 |
| 1.1 材料 | 第39页 |
| 1.2 方法 | 第39-45页 |
| 1.2.1 总RNA提取 | 第39页 |
| 1.2.2 测序cDNA文库构建 | 第39-40页 |
| 1.2.3 高通量转录组测序(RNA-Seq) | 第40页 |
| 1.2.4 转录组序列拼接及拼接质量评估 | 第40页 |
| 1.2.5 转录组基因注释和功能分类 | 第40-41页 |
| 1.2.6 代谢途径相关基因分析 | 第41-42页 |
| 1.2.7 cDNA序列评估转录组 | 第42-43页 |
| 1.2.8 候选基因的验证及表达分析 | 第43页 |
| 1.2.9 茶树转录组SSR的分析 | 第43-45页 |
| 2 结果与分析 | 第45-67页 |
| 2.1 茶树转录组测序、从头组装和序列分析 | 第45-47页 |
| 2.2 茶树转录组功能注释和分类 | 第47-56页 |
| 2.2.1 蛋白编码基因注释 | 第49-50页 |
| 2.2.2 保守结构域注释和COG分类 | 第50-53页 |
| 2.2.3 Gene Ontology(GO)功能注释和分类 | 第53-55页 |
| 2.2.4 KEGG代谢途径预测 | 第55-56页 |
| 2.3 代谢途径相关基因分析 | 第56-60页 |
| 2.3.1 茶树初级代谢途径相关基因分析 | 第56-57页 |
| 2.3.2 茶树特征性次生代谢途径相关基因分析 | 第57-60页 |
| 2.4 候选持家基因ORF预测 | 第60-61页 |
| 2.5 茶树转录组和4个Camellia cDNA文库序列的比较 | 第61-62页 |
| 2.6 茶氨酸和类黄酮合成相关候选基因的验证和表达分析 | 第62-63页 |
| 2.7 茶树转录组中SSR位点的信息分析 | 第63-67页 |
| 2.7.1 茶树转录组中SSR位点的数量和分布 | 第63-65页 |
| 2.7.2 茶树转录组中SSR的特性 | 第65-67页 |
| 2.7.3 茶树转录组中SSR的可用性评价 | 第67页 |
| 3 讨论 | 第67-72页 |
| 第三章 茶树和4个野生近缘种(变种)的基因组SNP发掘及高分辨的物种鉴定和遗传关系研究 | 第72-91页 |
| 引言 | 第72-73页 |
| 1 材料和方法 | 第73-78页 |
| 1.1 材料 | 第73-74页 |
| 1.2 方法 | 第74-78页 |
| 1.2.1 基因组DNA提取 | 第74-75页 |
| 1.2.2 RAD测序文库构建和Illumina测序 | 第75页 |
| 1.2.3 RAD数据预处理 | 第75-76页 |
| 1.2.4 SNP基因分型 | 第76页 |
| 1.2.5 供试茶树和野生近缘种样本系统发生树的构建 | 第76-77页 |
| 1.2.6 供试茶树和野生近缘种样本的主成分分析 | 第77页 |
| 1.2.7 供试茶树和野生近缘种样本的群体结构分析 | 第77页 |
| 1.2.8 供试茶树和野生近缘种样本的基因区SNP及相关基因的鉴定和功能分析 | 第77-78页 |
| 2 结果与分析 | 第78-88页 |
| 2.1 基于RAD-Seq技术的供试茶树和野生近缘种基因组SNP发掘 | 第78-83页 |
| 2.1.1 供试茶树和野生近缘种的RAD-Seq | 第78-79页 |
| 2.1.2 标签序列的聚类 | 第79-80页 |
| 2.1.3 供试茶树和野生近缘种的SNP鉴定 | 第80-81页 |
| 2.1.4 供试茶树和野生近缘种基因杂合度比较分析 | 第81-83页 |
| 2.2 供试茶树和野生近缘种的系统发生关系 | 第83-85页 |
| 2.2.1 供试茶树和野生近缘种的系统进化树重构 | 第83-84页 |
| 2.2.2 供试茶树和野生近缘种样本的主成分分析 | 第84页 |
| 2.2.3 供试茶树和野生近缘种样本的群体遗传结构分析 | 第84-85页 |
| 2.3 供试茶树和野生近缘种样本的基因区SNP及相关基因的鉴定和功能分析 | 第85-88页 |
| 3 讨论 | 第88-91页 |
| 第四章 基于NGS技术的茶树基因组调查分析 | 第91-105页 |
| 引言 | 第91-92页 |
| 1 材料和方法 | 第92-95页 |
| 1.1 材料 | 第92页 |
| 1.2 方法 | 第92-95页 |
| 1.2.1 短插入片段基因组测序文库构建和测序 | 第92-93页 |
| 1.2.2 数据过滤处理 | 第93-94页 |
| 1.2.3 基因组大小估计 | 第94页 |
| 1.2.4 基因组杂合度评估 | 第94页 |
| 1.2.5 基于基因组调查序列的基因组组装 | 第94-95页 |
| 1.2.6 基因组GC含量及分布分析 | 第95页 |
| 1.2.7 基于基因组初装序列的gSSR分析和gSSR引物设计 | 第95页 |
| 2 结果与分析 | 第95-102页 |
| 2.1 数据产出和过滤处理 | 第95-96页 |
| 2.2 四株茶树的17mer分析及基因组大小估计 | 第96-97页 |
| 2.3 四株茶树的基因组杂合度估计 | 第97-99页 |
| 2.4 基于基因组调查序列的四株茶树基因组初步组装 | 第99-100页 |
| 2.5 四株茶树的基因组GC含量分析 | 第100-101页 |
| 2.6 基于茶树基因组初装序列的gSSR分析、gSSR引物设计和gSSR位点验证 | 第101-102页 |
| 3 讨论 | 第102-105页 |
| 第五章 茶树全基因组测序和基因组特征的初步分析 | 第105-130页 |
| 引言 | 第105页 |
| 1 材料和方法 | 第105-113页 |
| 1.1 材料 | 第105-106页 |
| 1.2 方法 | 第106-113页 |
| 1.2.1 茶树全基因测序文库构建和测序 | 第106-107页 |
| 1.2.2 茶树全基因测序数据的过滤处理 | 第107页 |
| 1.2.3 茶树全基因组装 | 第107-109页 |
| 1.2.4 茶树不同组织和不同发育阶段的转录组测序 | 第109-110页 |
| 1.2.5 茶树基因组装评估 | 第110页 |
| 1.2.6 茶树基因组注释 | 第110-112页 |
| 1.2.7 茶树基因组进化的初步分析 | 第112页 |
| 1.2.8 茶树次生代谢基因的基因结构初步分析 | 第112-113页 |
| 2 结果与分析 | 第113-126页 |
| 2.1 茶树全基因组测序数据产出和过滤处理 | 第113-114页 |
| 2.2 茶树全基因组初步组装和组装评估 | 第114-117页 |
| 2.2.1 茶树全基因组初步组装 | 第114页 |
| 2.2.2 茶树全基因组初步组装的评估 | 第114-117页 |
| 2.3 基于茶树全基因组初步组装的基因组特征分析 | 第117-123页 |
| 2.3.1 基于茶树全基因组初步组装的重复序列注释 | 第117-119页 |
| 2.3.2 基于茶树全基因组初步组装的基因注释 | 第119-122页 |
| 2.3.3 基于茶树全基因组初步组装的非编码RNA注释 | 第122-123页 |
| 2.4 茶树基因组进化的初步分析 | 第123-125页 |
| 2.4.1 基因家族鉴定 | 第123-124页 |
| 2.4.2 系统发育分析 | 第124页 |
| 2.4.3 分化时间分析 | 第124-125页 |
| 2.5 茶树次生代谢基因的基因结构初步分析 | 第125-126页 |
| 3 讨论 | 第126-130页 |
| 第六章 结论与展望 | 第130-132页 |
| 1 主要研究结果 | 第130-131页 |
| 2 展望 | 第131页 |
| 3 主要创新点 | 第131-132页 |
| 参考文献 | 第132-147页 |
| 附录 A 茶树全器官转录组的四条初级代谢途径相关基因 | 第147-151页 |
| 附录 B 茶树全器官转录组的三条特征性次生代谢途径相关基因 | 第151-157页 |
| 附录 C 茶树LAR基因相关的BAC序列(Csi02O15)的基因预测和基因结构分析 | 第157-162页 |
| 附录 D 英文简写名词注释 | 第162-164页 |
| 致谢 | 第164-165页 |
| 作者简介及成果清单 | 第165-166页 |
