江豚种群基因组学及鲸类骨骼微结构适应机制研究
| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-9页 |
| 第1章 绪论 | 第13-30页 |
| 1.1 鲸类的水生适应性进化背景 | 第13-14页 |
| 1.2 江豚 | 第14-19页 |
| 1.2.1 江豚的分类和分布 | 第14-15页 |
| 1.2.2 江豚的形态特征 | 第15页 |
| 1.2.3 江豚的咸淡水适应 | 第15-18页 |
| 1.2.3.1 形态和生理背景 | 第15-16页 |
| 1.2.3.2 渗透调节的适应性进化 | 第16-18页 |
| 1.2.4 江豚群体遗传学的研究进展 | 第18-19页 |
| 1.3 鲸类骨骼微结构的水生适应 | 第19-24页 |
| 1.3.1 鲸类的特殊进化史及骨骼微结构的演化 | 第19-21页 |
| 1.3.2 骨骼微结构的适应性意义 | 第21-22页 |
| 1.3.3 骨骼发育相关的基因及通路 | 第22-24页 |
| 1.4 基因组学概述 | 第24-27页 |
| 1.4.1 基因组测序技术的原理和发展 | 第25-26页 |
| 1.4.2 鲸类基因组的研究案例 | 第26-27页 |
| 1.5 种群基因组学概述 | 第27-28页 |
| 1.5.1 群体基因组学的研究案例 | 第27-28页 |
| 1.6 研究目的和意义 | 第28-30页 |
| 第2章 江豚基因组及群体重测序 | 第30-68页 |
| 2.1 前言 | 第30-31页 |
| 2.2 材料和方法 | 第31-46页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第31-36页 |
| 2.2.1.1 用于基因组de novo测序样本 | 第31页 |
| 2.2.1.2 用于转录组的测序样本 | 第31页 |
| 2.2.1.3 用于全基因组重测序样本 | 第31-36页 |
| 2.2.2 DNA及RNA样品提取 | 第36页 |
| 2.2.3 文库构建 | 第36页 |
| 2.2.4 测序及质控 | 第36-38页 |
| 2.2.4.1 基因组数据 | 第36-37页 |
| 2.2.4.2 重测序数据 | 第37-38页 |
| 2.2.5 de novo基因组的数据分析 | 第38页 |
| 2.2.5.1 K-mer分析估计基因组大小 | 第38页 |
| 2.2.5.2 小片段数据纠错 | 第38页 |
| 2.2.6 基因组组装 | 第38页 |
| 2.2.7 组装质量的评价 | 第38-39页 |
| 2.2.8 基因组注释 | 第39-40页 |
| 2.2.8.1 重复序列注释 | 第39页 |
| 2.2.8.2 非编码RNA注释 | 第39-40页 |
| 2.2.8.3 编码基因的结构和功能预测 | 第40页 |
| 2.2.9 全基因组重测序数据分析 | 第40-41页 |
| 2.2.9.1 参考基因组 | 第40-41页 |
| 2.2.9.2 获得多态性位点 | 第41页 |
| 2.2.10 种群遗传结构 | 第41-43页 |
| 2.2.11 选择信号的检测 | 第43-45页 |
| 2.2.12 种群历史动态的重建和研究方法 | 第45-46页 |
| 2.3 结果与分析 | 第46-66页 |
| 2.3.1 基因组测序与组装 | 第46-51页 |
| 2.3.1.1 测序数据 | 第46-48页 |
| 2.3.1.2 基因组组装 | 第48-49页 |
| 2.3.1.3 基因组组装结果评估 | 第49-51页 |
| 2.3.1.4 杂合度 | 第51页 |
| 2.3.2 基因组注释 | 第51-56页 |
| 2.3.2.1 重复序列的注释 | 第51-53页 |
| 2.3.2.2 非编码RNA注释 | 第53-54页 |
| 2.3.2.3 基因注释 | 第54-56页 |
| 2.3.3 重测序数据及多态性检测 | 第56-59页 |
| 2.3.4 群体遗传结构 | 第59-60页 |
| 2.3.5 群体选择分析 | 第60-64页 |
| 2.3.6 种群历史重建 | 第64-66页 |
| 2.4 结论 | 第66-68页 |
| 第3章 鲸类基因组的进化分析 | 第68-84页 |
| 3.1 前言 | 第68页 |
| 3.2 材料和方法 | 第68-70页 |
| 3.2.1 同源基因家族的鉴定 | 第68-69页 |
| 3.2.2 系统发育和分化时间估算 | 第69页 |
| 3.2.3 基因家族收缩扩张分析 | 第69页 |
| 3.2.4 选择压力分析 | 第69-70页 |
| 3.3 结果 | 第70-78页 |
| 3.3.1 系统发生分析 | 第70-71页 |
| 3.3.2 基因家族的收缩与扩张 | 第71-75页 |
| 3.3.3 选择压力分析 | 第75-78页 |
| 3.4 讨论与结论 | 第78-84页 |
| 3.4.1 鲸类氧化应激相关的基因家族扩张 | 第78-82页 |
| 3.4.2 鲸类免疫防御反应相关的基因家族收缩 | 第82页 |
| 3.4.3 鲸类感觉系统的基因家族收缩 | 第82页 |
| 3.4.4 鲸类的脑容量 | 第82-83页 |
| 3.4.5 鲸类生殖适应 | 第83-84页 |
| 第4章 鲸类骨骼微结构的适应性进化 | 第84-105页 |
| 4.1 前言 | 第84页 |
| 4.2 材料和方法 | 第84-87页 |
| 4.2.1 骨骼微结构形态数据 | 第84-85页 |
| 4.2.2 骨密度相关基因 | 第85-86页 |
| 4.2.3 系统发生比较分析 | 第86-87页 |
| 4.2.4 骨骼基因的选择压力分析 | 第87页 |
| 4.3 结果与分析 | 第87-100页 |
| 4.3.1 哺乳动物骨微结构的生态学信号 | 第87-91页 |
| 4.3.2 选择压力和表型关联分析 | 第91-100页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第100-105页 |
| 4.4.1 鲸类骨骼微结构的描述 | 第100-101页 |
| 4.4.2 破骨细胞相关基因的加速进化 | 第101-102页 |
| 4.4.3 成骨相关基因的分化选择 | 第102页 |
| 4.4.4 鲸类骨胶原蛋白的正选择 | 第102-105页 |
| 结论 | 第105-106页 |
| 附录A | 第106-110页 |
| 附录B | 第110-115页 |
| 参考文献 | 第115-131页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第131-132页 |
| 致谢 | 第132-133页 |
