| 摘要 | 第3-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 第1章 绪论 | 第14-29页 |
| 1.1 鲸类的起源与进化 | 第14-16页 |
| 1.2 鲸类的系统发生 | 第16-17页 |
| 1.3 鲸类次生水生适应分子进化机制研究进展 | 第17-29页 |
| 1.3.1 体型的进化修饰 | 第17-20页 |
| 1.3.2 哺乳策略 | 第20页 |
| 1.3.3 大脑增大 | 第20-21页 |
| 1.3.4 渗透调节 | 第21-22页 |
| 1.3.5 感觉系统进化 | 第22-25页 |
| 1.3.6 免疫防御 | 第25-26页 |
| 1.3.7 低氧耐受 | 第26-29页 |
| 第2章 鲸类携氧球蛋白基因低氧适应机制 | 第29-46页 |
| 2.1 前言 | 第29-30页 |
| 2.2 材料与方法 | 第30-35页 |
| 2.2.1 鲸类样本选取 | 第30页 |
| 2.2.2 目的基因获取 | 第30-31页 |
| 2.2.3 系统发生关系重建 | 第31页 |
| 2.2.4 分子进化分析 | 第31-34页 |
| 2.2.5 氨基酸理化性质改变分析 | 第34页 |
| 2.2.6 蛋白三维结构预测分析 | 第34-35页 |
| 2.2.7 低氧耐受物种趋同进化分析 | 第35页 |
| 2.3 结果 | 第35-42页 |
| 2.3.1 携氧球蛋白基因序列 | 第35页 |
| 2.3.2 鲸类携氧球蛋白基因的正选择 | 第35-36页 |
| 2.3.3 正选择位点的蛋白功能结构联系 | 第36-37页 |
| 2.3.4 具有不同潜水能力的鲸类进化模式探讨 | 第37-38页 |
| 2.3.5 低氧耐受物种的趋同进化 | 第38-42页 |
| 2.4 讨论 | 第42-46页 |
| 第3章 鲸类血管收缩相关基因在低氧适应中的分子进化机制 | 第46-57页 |
| 3.1 前言 | 第46-47页 |
| 3.2 材料与方法 | 第47-49页 |
| 3.2.1 血管收缩相关基因筛选 | 第47-48页 |
| 3.2.2 数据集构建 | 第48页 |
| 3.2.3 分子进化分析 | 第48-49页 |
| 3.3 结果 | 第49-54页 |
| 3.3.1 血管收缩相关基因的分子进化 | 第49-50页 |
| 3.3.2 正选择位点在蛋白功能结构域的分布 | 第50页 |
| 3.3.3 血管收缩基因在低氧耐受物种中的趋同进化 | 第50-54页 |
| 3.4 讨论 | 第54-57页 |
| 第4章 低氧耐受物种能量代谢相关基因的分子进化机制 | 第57-77页 |
| 4.1 前言 | 第57-59页 |
| 4.2 材料与方法 | 第59-64页 |
| 4.2.1 候选基因筛选与单拷贝同源基因序列获得 | 第59-60页 |
| 4.2.2 分子进化分析 | 第60-61页 |
| 4.2.3 趋同进化分析 | 第61-63页 |
| 4.2.4 肝脏转录组分析 | 第63页 |
| 4.2.5 乳酸脱氢酶活性测定 | 第63-64页 |
| 4.3 结果 | 第64-73页 |
| 4.3.1 低氧耐受物种能量代谢相关基因的进化分析 | 第64页 |
| 4.3.2 低氧耐受物种能量代谢相关基因在信号通路中的分布 | 第64-67页 |
| 4.3.3 能量代谢相关基因在鲸类中的物种特异性进化 | 第67页 |
| 4.3.4 低氧耐受物种趋同/平行氨基酸位点鉴定 | 第67-73页 |
| 4.4 讨论 | 第73-77页 |
| 4.4.1 低氧耐受物种能量代谢相关基因进化模式的差异 | 第73-74页 |
| 4.4.2 从能量代谢角度揭示鲸类低氧耐受适应机制 | 第74-76页 |
| 4.4.3 低氧耐受物种能量代谢基因的趋同进化 | 第76-77页 |
| 第5章 鲸类氧化磷酸化信号通路网络分析与低氧适应 | 第77-89页 |
| 5.1 前言 | 第77-79页 |
| 5.2 材料与方法 | 第79-80页 |
| 5.2.1 物种选取与同源基因数据集构建 | 第79页 |
| 5.2.2 基因进化速率估算与选择压力检测 | 第79-80页 |
| 5.2.3 OXPHOS信号通路网络分析 | 第80页 |
| 5.3 结果 | 第80-84页 |
| 5.3.1 OXPHOS通路纯化选择压力与通路结构分析 | 第80-83页 |
| 5.3.2 OXPHOS通路基因正选择分析 | 第83-84页 |
| 5.4 讨论 | 第84-89页 |
| 5.4.1 网络结构对OXPHOS通路进化的影响 | 第84-87页 |
| 5.4.2 鲸类OXPHOS通路基因分子进化格局 | 第87-89页 |
| 第6章 结论 | 第89-91页 |
| 附录A | 第91-93页 |
| 附录B | 第93-116页 |
| 参考文献 | 第116-132页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第132-133页 |
| 致谢 | 第133-134页 |
