| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-40页 |
| 1.1 PPR家族蛋白的发现 | 第13-14页 |
| 1.2 PPR蛋白的分类 | 第14-17页 |
| 1.3 PPR蛋白的分布 | 第17-18页 |
| 1.4 PPR蛋白在哺乳动物中的研究 | 第18-22页 |
| 1.5 PPR蛋白在植物中的研究 | 第22-26页 |
| 1.5.1 PPR的RNA加工功能 | 第23-24页 |
| 1.5.2 PPR在RNA编辑中的作用 | 第24页 |
| 1.5.3 PPR在RNA稳定中的作用 | 第24-25页 |
| 1.5.4 PPR在翻译中的作用 | 第25页 |
| 1.5.5 PPR与植物细胞质雄性不育 | 第25-26页 |
| 1.6 几种主要的DNA基因操作工具 | 第26-34页 |
| 1.6.1 ZFNs技术及应用 | 第26-29页 |
| 1.6.2 TALEN技术及应用 | 第29-31页 |
| 1.6.3 CRISPR技术及应用 | 第31-34页 |
| 1.7 RNA水平的基因操作工具 | 第34-38页 |
| 1.7.1 PUF简介及应用 | 第34-37页 |
| 1.7.2 PPR应用于基因操作的研究基础 | 第37-38页 |
| 1.8 研究目的和意义 | 第38-40页 |
| 第二章 材料与方法 | 第40-64页 |
| 2.1 实验材料 | 第40-48页 |
| 2.1.1 实验菌株 | 第40页 |
| 2.1.2 实验载体 | 第40-41页 |
| 2.1.3 试剂与耗材 | 第41-46页 |
| 2.1.4 实验仪器 | 第46-48页 |
| 2.2 实验方法 | 第48-64页 |
| 2.2.1 分子克隆 | 第48-53页 |
| 2.2.2 蛋白表达 | 第53-56页 |
| 2.2.3 生化验证 | 第56-59页 |
| 2.2.4 晶体筛选及优化 | 第59-63页 |
| 2.2.5 晶体数据收集与处理 | 第63-64页 |
| 第三章 特异识别RNA碱基的识别密码筛选 | 第64-78页 |
| 3.1 人工设计的PPR蛋白的构建策略 | 第64-68页 |
| 3.1.1 人工设计的dPPR蛋白的载体构建 | 第66-67页 |
| 3.1.2 人工设计的dPPR蛋白的表达纯化 | 第67-68页 |
| 3.2 特异识别RNA碱基A、C、U的dPPR模块的筛选 | 第68-70页 |
| 3.3 特异识别RNA碱基G的dPPR模块的筛选 | 第70-73页 |
| 3.4 携带不同氨基酸密码的dPPR模块的重组 | 第73-76页 |
| 本章小结 | 第76-78页 |
| 第四章 人工设计的dPPR-RNA复合物的晶体优化 | 第78-87页 |
| 4.1 用于结晶的dPPR-RNA复合物的设计策略 | 第78页 |
| 4.2 包含碱基U的复合物的晶体优化 | 第78-81页 |
| 4.3 包含碱基A、C、G的复合物的晶体优化 | 第81-85页 |
| 4.4 数据处理与结构解析 | 第85页 |
| 本章小结 | 第85-87页 |
| 第五章 人工设计的dPPR与RNA的识别机制 | 第87-102页 |
| 5.1 dPPR与RNA复合物的整体结构 | 第87-92页 |
| 5.1.1 dPPR-RNA复合物的结构 | 第87-90页 |
| 5.1.2 dPPR-RNA复合物结构与其他结构的比对 | 第90-92页 |
| 5.2 dPPR与RNA碱基之间的识别机制 | 第92-101页 |
| 5.2.1 dPPR上密码氨基酸与RNA碱基的特异识别 | 第93-95页 |
| 5.2.2 利用已有结构揭示其他密码氨基酸与RNA碱基的识别 | 第95-98页 |
| 5.2.3 dPPR上非密码氨基酸在RNA结合中的作用 | 第98-101页 |
| 本章小结 | 第101-102页 |
| 第六章 讨论与展望 | 第102-108页 |
| 6.1 本研究的创新点 | 第102页 |
| 6.2 人工设计的dPPR的应用前景 | 第102-104页 |
| 6.3 人工设计的dPPR蛋白的拼接组装 | 第104页 |
| 6.4 扩展氨基酸密码库 | 第104-105页 |
| 6.5 dPPR模块数目与RNA结合特异性 | 第105-106页 |
| 6.6 不同种类和位置上dPPR模块的结合强度 | 第106页 |
| 6.7 人工设计dPPR蛋白的适用范围 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-129页 |
| 附录 | 第129-141页 |
| 附录Ⅰ RNA碱基结构式 | 第129-130页 |
| 附录Ⅱ 氨基酸表 | 第130-132页 |
| 附录Ⅲ | 第132-140页 |
| 附录Ⅳ 个人简历及研究成果 | 第140-141页 |
| 致谢 | 第141-145页 |
