大豆结瘤发育过程中DNA甲基化的动态分析
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 缩略词表 | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第11-19页 |
| 1.1 大豆的重要价值和现状 | 第11页 |
| 1.2 共生固氮的意义 | 第11-12页 |
| 1.3 豆科植物与根瘤菌建立共生关系 | 第12-13页 |
| 1.4 表观组学 | 第13页 |
| 1.5 DNA甲基化 | 第13-18页 |
| 1.5.1 DNA甲基化的概念 | 第13-14页 |
| 1.5.2 DNA甲基化的分布特点 | 第14页 |
| 1.5.3 DNA甲基化与去甲基化 | 第14-15页 |
| 1.5.4 DNA甲基化的检测方法 | 第15-16页 |
| 1.5.5 植物中DNA甲基化的研究进展 | 第16-18页 |
| 1.6 研究目的和意义 | 第18-19页 |
| 2 材料和方法 | 第19-23页 |
| 2.1 材料 | 第19-20页 |
| 2.2 数据来源 | 第20-21页 |
| 2.3 分析流程 | 第21-23页 |
| 2.3.1 数据的预处理 | 第21页 |
| 2.3.2 比对 | 第21-22页 |
| 2.3.3 覆盖度和测序深度 | 第22页 |
| 2.3.4 全基因组DNA甲基化分析 | 第22页 |
| 2.3.5 区域DNA甲基化分析 | 第22-23页 |
| 2.3.6 鉴定差异甲基化区域(DMRs) | 第23页 |
| 3 结果与分析 | 第23-67页 |
| 3.1 测序数据的质量控制 | 第23-24页 |
| 3.2 比对情况的统计 | 第24-27页 |
| 3.3 覆盖度和测序深度 | 第27-30页 |
| 3.4 全基因组DNA甲基化分析 | 第30-36页 |
| 3.5 转座元件区域DNA甲基化分析 | 第36-46页 |
| 3.6 基因区DNA甲基化分析 | 第46-54页 |
| 3.7 鉴定差异甲基化区域(DMRs) | 第54-56页 |
| 3.8 鉴定与DMRs相关的转座元件 | 第56-59页 |
| 3.9 鉴定差异甲基化基因(DMGs) | 第59-62页 |
| 3.10 DMGs与DEGs的关联分析 | 第62-67页 |
| 4 讨论 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
