| 摘要 | 第9-12页 |
| ABSTRACT | 第12-15页 |
| 缩略词表 | 第16-17页 |
| 1 前言 | 第17-31页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第17-18页 |
| 1.2 文献综述 | 第18-31页 |
| 1.2.1 胸腺功能简介 | 第18-19页 |
| 1.2.2 胸腺的免疫屏障 | 第19-20页 |
| 1.2.3 胸腺是病原微生物的靶器官 | 第20-23页 |
| 1.2.4 S.Typhimurium感染对免疫相关器官的影响 | 第23-24页 |
| 1.2.5 LPS在S.Typhimurium感染中的作用 | 第24-26页 |
| 1.2.6 LncRNAs研究概述 | 第26-27页 |
| 1.2.7 LncRNAs在免疫系统中的作用 | 第27-30页 |
| 1.2.8 转录组研究在鸡疾病研究中的应用 | 第30-31页 |
| 1.3 本研究的目的和意义 | 第31页 |
| 2 材料和方法 | 第31-49页 |
| 2.1 试验动物 | 第31页 |
| 2.2 试验仪器 | 第31-32页 |
| 2.3 主要试剂 | 第32-33页 |
| 2.4 试剂配制 | 第33-34页 |
| 2.5 主要生物信息学分析工具 | 第34-35页 |
| 2.6 S.Typhimurium培养与感染试验 | 第35页 |
| 2.7 SalmonellaLPS刺激试验 | 第35页 |
| 2.8 雏鸡胸腺取材 | 第35-36页 |
| 2.9 组织包埋与切片 | 第36页 |
| 2.10 苏木素伊红染色 | 第36-37页 |
| 2.11 甲苯胺蓝染色 | 第37页 |
| 2.12 TUNEL染色 | 第37-38页 |
| 2.13 Formamide-MAb染色 | 第38页 |
| 2.14 免疫组织化学染色 | 第38-39页 |
| 2.15 流式细胞术检测 | 第39-40页 |
| 2.16 胸腺RNA提取 | 第40页 |
| 2.17 RNA质量检测 | 第40页 |
| 2.18 Poly(A)+RNA-seq建库及测序 | 第40-41页 |
| 2.19 Poly(A)+RNA-seq数据分析 | 第41-42页 |
| 2.20 rRNA-depletedRNA-seq建库及测序 | 第42-44页 |
| 2.21 rRNA-depletedRNA-seq数据分析 | 第44-46页 |
| 2.22 实时荧光定量PCR | 第46-49页 |
| 3 结果 | 第49-105页 |
| 3.1 S.Typhimurium感染对雏鸡胸腺的影响 | 第49-53页 |
| 3.1.1 感染诱导胸腺急性萎缩 | 第49-50页 |
| 3.1.2 感染未破坏胸腺组织结构 | 第50页 |
| 3.1.3 感染加剧胸腺皮质区细胞死亡 | 第50-53页 |
| 3.2 SalmonellaLPS刺激对雏鸡胸腺的影响 | 第53-62页 |
| 3.2.1 LPS刺激诱导胸腺急性萎缩 | 第53-55页 |
| 3.2.2 LPS刺激未破坏胸腺组织结构 | 第55页 |
| 3.2.3 LPS刺激加剧胸腺皮质区细胞死亡 | 第55-58页 |
| 3.2.4 LPS刺激对chT1+、CD4+/CD8+细胞比例的影响 | 第58页 |
| 3.2.5 LPS刺激增加胸腺髓质肥大细胞的数量 | 第58页 |
| 3.2.6 LPS刺激促进胸腺皮质LEP100表达 | 第58-62页 |
| 3.3 基于Poly(A)+RNA-seq的mRNAs的表达和功能分析 | 第62-81页 |
| 3.3.1 RNA质检结果 | 第62-63页 |
| 3.3.2 碱基质量结果 | 第63-65页 |
| 3.3.3 数据比对结果 | 第65-66页 |
| 3.3.4 样本间相关性分析 | 第66页 |
| 3.3.5 mRNAs在胸腺损伤中差异表达 | 第66-69页 |
| 3.3.6 mRNAs富集于免疫与细胞分裂等过程 | 第69-71页 |
| 3.3.7 mRNAs富集于炎症与细胞周期等通路 | 第71-74页 |
| 3.3.8 实时荧光定量PCR验证 | 第74-81页 |
| 3.4 基于rRNA-depletedRNA-seq的lncRNAs的表达和功能分析 | 第81-105页 |
| 3.4.1 RNA质检结果 | 第81-83页 |
| 3.4.2 碱基质量结果 | 第83-86页 |
| 3.4.3 数据比对结果 | 第86-87页 |
| 3.4.4 鉴定出5520个lncRNAs | 第87-89页 |
| 3.4.5 LncRNAs基因特征 | 第89-90页 |
| 3.4.6 样本间相关性分析 | 第90-91页 |
| 3.4.7 LncRNAs在胸腺损伤中差异表达 | 第91页 |
| 3.4.8 LncRNAs靶基因预测 | 第91-94页 |
| 3.4.9 LncRNAs靶基因富集于免疫与细胞分裂等过程 | 第94-96页 |
| 3.4.10 LncRNAs靶基因富集于激酶、细胞因子与细胞周期等通路 | 第96-98页 |
| 3.4.11 TLR-MAPKs-Cytokines和细胞周期通路可视化分析 | 第98-103页 |
| 3.4.12 实时荧光定量PCR验证 | 第103-105页 |
| 4 讨论 | 第105-112页 |
| 4.1 S.Typhimurium感染与雏鸡胸腺损伤 | 第105-106页 |
| 4.2 SalmonellaLPS刺激与雏鸡胸腺损伤 | 第106页 |
| 4.3 雏鸡胸腺损伤与胸腺输出功能 | 第106-107页 |
| 4.4 雏鸡胸腺损伤反应中mRNAs与lncRNAs的表达 | 第107-108页 |
| 4.5 TLR介导的炎症反应在胸腺损伤反应中的作用 | 第108-111页 |
| 4.6 LncRNAs的靶基因在胸腺损伤反应中的作用 | 第111-112页 |
| 5 小结 | 第112-114页 |
| 5.1 本研究的主要结论 | 第112页 |
| 5.2 本研究的创新与特色 | 第112页 |
| 5.3 本研究进一步工作的建议 | 第112-114页 |
| 参考文献 | 第114-127页 |
| 附录1 补充数据 | 第127-144页 |
| 附录2 个人简介 | 第144-145页 |
| 附录3 发表学术论文 | 第145-147页 |
| 致谢 | 第147-148页 |
