| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第一章 绪论 | 第14-22页 |
| 1 研究发展现状 | 第14-21页 |
| 1.1 QTL定位研究进展 | 第14-18页 |
| 1.1.1 QTL定位在植物中的研究进展 | 第15页 |
| 1.1.2 QTL定位在棉花中的研究进展 | 第15-17页 |
| 1.1.3 QTL定位在棉花纤维品质中的研究进展 | 第17-18页 |
| 1.2 转录组研究进展 | 第18-21页 |
| 1.2.1 植物转录组的研究进展 | 第18-19页 |
| 1.2.2 棉花转录组的研究进展 | 第19-20页 |
| 1.2.3 棉花纤维转录组的研究进展 | 第20-21页 |
| 2 技术路线 | 第21-22页 |
| 第二章 黄褐棉纤维品质QTL定位 | 第22-43页 |
| 1 材料与方法 | 第22-27页 |
| 1.1 实验材料 | 第22页 |
| 1.2 主要仪器及耗材 | 第22页 |
| 1.3 主要试剂及药品 | 第22页 |
| 1.4 试验方法 | 第22-26页 |
| 1.4.1 棉花叶片DNA提取 | 第22-23页 |
| 1.4.2 SSR分子标记 | 第23-26页 |
| 1.5 导入系群体数据分析方法 | 第26-27页 |
| 1.5.1 基因型数据统计 | 第26页 |
| 1.5.2 表型数据统计 | 第26-27页 |
| 2 结果与分析 | 第27-40页 |
| 2.1 多态性引物的筛选 | 第27页 |
| 2.2 纤维品质性状表型分析 | 第27-30页 |
| 2.2.1 黄褐棉导入系表型结果与分析 | 第27-28页 |
| 2.2.2 黄褐棉导入系表型分布情况与分析 | 第28-30页 |
| 2.3 纤维品质QTL定位分析 | 第30-39页 |
| 2.3.1 构建遗传图谱 | 第30-31页 |
| 2.3.2 纤维长度QTL结果与分析 | 第31-34页 |
| 2.3.3 纤维强度QTL结果与分析 | 第34-35页 |
| 2.3.4 马克隆值QTL结果与分析 | 第35-37页 |
| 2.3.5 纤维整齐度QTL结果与分析 | 第37-38页 |
| 2.3.6 纤维伸长率QTL结果与分析 | 第38-39页 |
| 2.4 优良导入系的选择 | 第39-40页 |
| 3 讨论 | 第40-43页 |
| 3.1 导入系表型鉴定 | 第40-41页 |
| 3.2 纤维品质QTL定位 | 第41-42页 |
| 3.3 优良导入系的选择 | 第42-43页 |
| 第三章 棉花纤维转录组分析 | 第43-89页 |
| 1 材料与方法 | 第43-48页 |
| 1.1 实验材料 | 第43页 |
| 1.2 主要仪器及耗材 | 第43页 |
| 1.3 主要试剂及药品 | 第43页 |
| 1.4 试验方法 | 第43-48页 |
| 1.4.1 总RNA提取与检测 | 第43-44页 |
| 1.4.2 转录组测序 | 第44-47页 |
| 1.4.3 纤维品质相关基因的qRT-PCR验证 | 第47-48页 |
| 2 实验结果与分析 | 第48-84页 |
| 2.1 RNA质量检测 | 第48-49页 |
| 2.2 转录组测序质量评估 | 第49-55页 |
| 2.2.1 原始数据过滤统计 | 第49页 |
| 2.2.2 Cleanreads碱基组成和质量分布 | 第49-55页 |
| 2.3 Cleanreads与四倍体陆地棉序列数据库的比对 | 第55-62页 |
| 2.3.1 比对结果统计 | 第55页 |
| 2.3.2 Reads在参考基因上的随机性 | 第55-62页 |
| 2.4 基于基因表达水平分析 | 第62-71页 |
| 2.4.1 样品相关性 | 第62-63页 |
| 2.4.2 样品聚类图 | 第63页 |
| 2.4.3 样品间共有表达基因及特异表达基因韦恩图 | 第63-64页 |
| 2.4.4 条件特异表达 | 第64-67页 |
| 2.4.5 差异基因筛选 | 第67-71页 |
| 2.5 差异基因的深入挖掘 | 第71-81页 |
| 2.5.1 差异基因的GO功能显著性富集分析 | 第71-75页 |
| 2.5.2 差异基因的Pathway显著性富集分析 | 第75-78页 |
| 2.5.3 候选基因的挖掘 | 第78-81页 |
| 2.6 纤维品质相关基因的qRT-PCR验证结果 | 第81-84页 |
| 3 讨论 | 第84-89页 |
| 3.1 筛选基因的功能 | 第84-87页 |
| 3.2 筛选基因的位置 | 第87-89页 |
| 第四章 总结与展望 | 第89-91页 |
| 1 总结 | 第89-90页 |
| 2 展望 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-96页 |
| 英文缩写词表 | 第96-97页 |
| 作者在攻读硕士学位期间发表的论文及参加的项目 | 第97-98页 |
| 致谢 | 第98页 |
