| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 前言 | 第9-11页 |
| 第一部分 研究综述和背景 | 第11-37页 |
| 1.1 植物基因组研究现状 | 第11-17页 |
| 1.1.1 基因组重复 | 第11-14页 |
| 1.1.2 基因组的进化速率 | 第14-17页 |
| 1.2 基因家族 | 第17-21页 |
| 1.2.1 基因家族的定义 | 第17-18页 |
| 1.2.2 植物基因家族 | 第18-21页 |
| 1.3 基因重复 | 第21-26页 |
| 1.3.1 基因重复机制 | 第22-23页 |
| 1.3.2 基因重复后的保留 | 第23页 |
| 1.3.3 基因重复后分化机制 | 第23-25页 |
| 1.3.4 基因重复后表达分化 | 第25-26页 |
| 1.4 基因家族进化模型 | 第26-27页 |
| 1.5 转录组技术发展及应用 | 第27-30页 |
| 1.5.1 转录组技术发展 | 第27-28页 |
| 1.5.2 RNA-Seq技术的应用 | 第28-29页 |
| 1.5.3 花发育转录组研究现状 | 第29-30页 |
| 1.6 参考文献 | 第30-37页 |
| 第二部分 SET基因家族的分子进化 | 第37-76页 |
| 2.1 摘要 | 第37页 |
| 2.2 引言 | 第37-42页 |
| 2.3 材料与方法 | 第42-45页 |
| 2.3.1 基因家族成员识别 | 第42-43页 |
| 2.3.2 多序列联配和构建系统发生树 | 第43-44页 |
| 2.3.3 基因在染色体组上的定位和基因重复类型分析 | 第44页 |
| 2.3.4 SET结构域蛋白中其它结构域的鉴定 | 第44页 |
| 2.3.5 亚家族划分 | 第44-45页 |
| 2.3.6 基因表达分析 | 第45页 |
| 2.4 结果 | 第45-67页 |
| 2.4.1 陆生植物和脊椎动物中含有很多SET结构域基因 | 第45-48页 |
| 2.4.2 拟南芥和人的SET结构域基因可分成7个亚家族 | 第48-51页 |
| 2.4.3 植物中的SET结构域基因的进化历史 | 第51-54页 |
| 2.4.4 动物中SET结构域基因进化的历史 | 第54页 |
| 2.4.5 动植物SET结构域基因重复与基因组重复 | 第54-61页 |
| 2.4.6 SET结构基因的进化历史 | 第61-62页 |
| 2.4.7 动物中的PRDM和植物中的Suv亚家族的快速进化 | 第62页 |
| 2.4.8 SET结构域蛋白结构域组成变化多样 | 第62-66页 |
| 2.4.9 减数分裂中SET结构域基因表达分析 | 第66-67页 |
| 2.5 讨论 | 第67-70页 |
| 2.5.1 Suv、Ash、Trx、和E(z)亚家族进化模型 | 第67-68页 |
| 2.5.2 重复基因的结构域组成,表达和序列的分化 | 第68-69页 |
| 2.5.3 保守和分化的SET结构域蛋白功能 | 第69-70页 |
| 2.6 参考文献 | 第70-76页 |
| 第三部分 SET结构域重复基因分子进化 | 第76-91页 |
| 3.1 摘要 | 第76页 |
| 3.2 引言 | 第76-77页 |
| 3.3 材料与方法 | 第77-78页 |
| 3.3.1 SET结构域基因表达分析 | 第77页 |
| 3.3.2 序列获取和比对 | 第77页 |
| 3.3.3 枝位点模型分析 | 第77-78页 |
| 3.3.4 Sliding window分析 | 第78页 |
| 3.4 结果 | 第78-88页 |
| 3.4.1 SET结构域重复基因表达快速分化 | 第78-82页 |
| 3.4.2 旁系基因快速分化 | 第82页 |
| 3.4.3 ASHH4受到快速选择 | 第82-86页 |
| 3.4.4 SET结构域基因编码区的多态性 | 第86-88页 |
| 3.5 讨论 | 第88页 |
| 3.6 参考文献 | 第88-91页 |
| 第四部分 基于RNA-Seq技术的拟南芥花转录组学研究 | 第91-113页 |
| 4.1 摘要 | 第91页 |
| 4.2 引言 | 第91-93页 |
| 4.3 材料与方法 | 第93-94页 |
| 4.3.1 样本收集及测序 | 第93页 |
| 4.3.2 样本与基因组比对 | 第93页 |
| 4.3.3 计算基因表达量及差异表达基因 | 第93-94页 |
| 4.3.4 Z-score计算 | 第94页 |
| 4.3.5 基因家族和GO注释 | 第94页 |
| 4.4 结果和讨论 | 第94-110页 |
| 4.4.1 RNA-Seq技术检测到大量基因表达 | 第94-97页 |
| 4.4.2 RNA-Seq技术比传统芯片多检测到的8512个基因 | 第97-99页 |
| 4.4.3 拟南芥至少有多少基因表达? | 第99-100页 |
| 4.4.4 全局分析花发育的转录组 | 第100-102页 |
| 4.4.5 鉴定参与花发育过程中的基因 | 第102-103页 |
| 4.4.6 不同的花发育阶段中富集调控基因 | 第103-105页 |
| 4.4.7 一些基因家族在不同的花发育阶段中富集 | 第105-108页 |
| 4.4.8 SET结构域基因家族的表达 | 第108-110页 |
| 4.5 参考文献 | 第110-113页 |
| 附录 | 第113-139页 |
| 攻读学位期间论文发表情况 | 第139页 |
| 会议摘要和墙报 | 第139-140页 |
| 致谢 | 第140-141页 |
