| 提要 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第1章 绪论 | 第13-29页 |
| 1.1 基因组计划及非编码 RNA 的研究现状 | 第13-22页 |
| 1.1.1 人类基因组计划 | 第13-14页 |
| 1.1.2 ENCODE 计划 | 第14-16页 |
| 1.1.3 非编码 RNAs | 第16-17页 |
| 1.1.4 长非编码 RNAs | 第17-20页 |
| 1.1.5 长非编码 RNA 的生物特性 | 第20-22页 |
| 1.2 高通量测序技术 | 第22-24页 |
| 1.3 编码 RNA 与长非编码 RNA 的区分方法 | 第24-27页 |
| 1.4 本文的研究内容及创新性点 | 第27-29页 |
| 第2章 CNCI 的方法论基础与模型构建 | 第29-55页 |
| 2.1 CNCI 的整体构建流程及所用到的数据集 | 第29-32页 |
| 2.1.1 CNCI 的整体构建流程 | 第29-30页 |
| 2.1.2 文章中用到的数据集合 | 第30-32页 |
| 2.2 CNCI 打分矩阵的评估与构建 | 第32-41页 |
| 2.2.1 相邻核苷酸三聚体的生物学意义及有偏分布 | 第32-33页 |
| 2.2.2 相邻核苷酸三聚体在人和小鼠中的使用频率统计 | 第33-37页 |
| 2.2.3 CNCI 打分矩阵的构建与评估 | 第37-41页 |
| 2.3 CNCI 分类模型的构建 | 第41-54页 |
| 2.3.1 基于滑动窗口的转录本序列分析 | 第41-49页 |
| 2.3.2 基于动态规划算法的特征子序列提取 | 第49-51页 |
| 2.3.3 分类特征提取 | 第51-54页 |
| 2.3.4 基于支持向量机的 CNCI 分类模型构建 | 第54页 |
| 2.4 小结 | 第54-55页 |
| 第3章 CNCI 与同类软件的比较结果及模型评估 | 第55-67页 |
| 3.1 CNCI 的使用方法及输出结果介绍 | 第55-57页 |
| 3.2 CNCI 分类模型的性能评估 | 第57-61页 |
| 3.2.1 CNCI 模型的交叉验证结果 | 第57页 |
| 3.2.2 CNCI 鲁棒性的评估 | 第57-59页 |
| 3.2.3 CNCI 特征子序列质量的评估 | 第59-61页 |
| 3.3 CNCI 的测试及与同类软件的比较结果 | 第61-65页 |
| 3.3.1 应用小鼠 RNA 集合对 CNCI 的测试及与同类软件的比较 | 第61-62页 |
| 3.3.2 应用非全长转录本序列测试 CNCI 及与同类软件的比较 | 第62-64页 |
| 3.3.3 CNCI 与同类软件对不同长度的非编码 RNAs 的测试结果比较 | 第64-65页 |
| 3.4 小结 | 第65-67页 |
| 第4章 CNCI 应用于人类长非编码 RNA 的鉴定及功能预测 | 第67-87页 |
| 4.1 鉴定人类长非编码 RNA 及预测其功能的意义 | 第67-68页 |
| 4.2 利用转录组高通量测序数据及 EST 数据鉴定人类长非编码 RNA | 第68-74页 |
| 4.2.1 利用高通量测序数据鉴定人类长非编码 RNA | 第68-70页 |
| 4.2.2 利用 EST 数据构建人类长非编码 RNA | 第70页 |
| 4.2.3 人类长非编码 RNA 的筛选及特性分析 | 第70-74页 |
| 4.3 人类长非编码 RNA 的表达分析 | 第74-78页 |
| 4.3.1 人类长非编码 RNA 表达的分析方法 | 第74-76页 |
| 4.3.2 人类长非编码 RNA 表达的结果分析 | 第76-78页 |
| 4.4 人类长非编码 RNA 的功能预测 | 第78-85页 |
| 4.4.1 人类长非编码 RNA 功能预测的研究方法 | 第78-80页 |
| 4.4.2 人类长非编码 RNA 功能预测的结果分析 | 第80-85页 |
| 4.5 小结 | 第85-87页 |
| 第5章 CNCI 对跨物种基因组数据的评测及基于高通量测序数据的应用 | 第87-91页 |
| 5.1 CNCI 对多物种的测试结果及分析 | 第87-89页 |
| 5.2 高通量测序数据的应用及红毛猩猩长非编码 RNAS注释 | 第89-90页 |
| 5.2.1 红毛猩猩的五种组织的高通量测序数据描述 | 第89-90页 |
| 5.2.2 新的长非编码 RNA 的鉴定与收录 | 第90页 |
| 5.3 小结 | 第90-91页 |
| 第6章 论文总结与展望 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-101页 |
| 作者简介 | 第101-103页 |
| 致谢 | 第103页 |
