| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略语表 | 第11-12页 |
| 引言 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-31页 |
| 1 黄瓜花叶病毒(CMV) | 第13-20页 |
| 1.1 黄瓜花叶病毒简介 | 第13页 |
| 1.2 黄瓜花叶病毒基因组结构 | 第13-14页 |
| 1.3 黄瓜花叶病毒株系划分 | 第14-15页 |
| 1.3.1 根据寄主范围和寄主反应划分 | 第14页 |
| 1.3.2 根据基因组RNA划分 | 第14-15页 |
| 1.4 黄瓜花叶病毒传播途径与症状 | 第15页 |
| 1.5 辣椒抗黄瓜花叶病毒遗传分析 | 第15-17页 |
| 1.6 辣椒抗黄瓜花叶病毒相关QTL定位及连锁标记分析 | 第17-18页 |
| 1.6.1 辣椒抗CMV相关QTL定位 | 第17-18页 |
| 1.6.2 辣椒抗CMV相关基因的连锁标记分析 | 第18页 |
| 1.7 辣椒抗CMV种质资源现状及抗性机制分析 | 第18-20页 |
| 1.7.1 辣椒抗CMV种质资源现状 | 第18-20页 |
| 2 辣椒抗CMV分子辅助育种 | 第20-22页 |
| 2.1 分子标记类型 | 第20-21页 |
| 2.1.1 插入/缺失多态性(Insertion/deletion,Indel)标记 | 第20-21页 |
| 2.1.2 单核苷酸多态性标记 | 第21页 |
| 2.2 分子标记辅助育种类型 | 第21-22页 |
| 2.2.1 标记辅助回交 | 第21页 |
| 2.2.2 基因聚合 | 第21-22页 |
| 2.2.3 标记辅助轮回选择 | 第22页 |
| 2.2.4 全基因组选择 | 第22页 |
| 3 高通量测序NGS和集群分离分析方法BSA | 第22-27页 |
| 3.1 高通量测序(High-Throughput Sequencing) | 第22-26页 |
| 3.1.1 高通量测序(High-Throughput Sequencing)原理与技术流程 | 第22-23页 |
| 3.1.2 高通量测序优点 | 第23页 |
| 3.1.3 单分子测序技术 | 第23-24页 |
| 3.1.4 高通量测序技术在农业科学研究中的应用 | 第24-26页 |
| 3.1.4.1 全基因组测序 | 第24页 |
| 3.1.4.2 基因组重测序 | 第24-25页 |
| 3.1.4.3 简化基因组测序 | 第25-26页 |
| 3.1.4.4 转录组测序 | 第26页 |
| 3.2 集群分离分析方法BSA | 第26-27页 |
| 3.2.1 DNA池的构建 | 第26-27页 |
| 4 SLAF-seq(specific length amplified fragment se-quencing)技术 | 第27-31页 |
| 4.1 多态性SLAF标签后续检验方法 | 第28-31页 |
| 4.1.1 CAPS标记开发 | 第28页 |
| 4.1.2 dCAPS标记的开发 | 第28页 |
| 4.1.3 等位基因特异PCR (AS-PCR) | 第28-29页 |
| 4.1.4 单链构象多态性 | 第29-31页 |
| 第二章 基于SLAF-seq技术定位辣椒抗黄瓜花叶病毒病基因 | 第31-53页 |
| 1 辣椒抗CMV表型鉴定 | 第31-33页 |
| 1.1 材料和方法 | 第31页 |
| 1.1.1 供试材料 | 第31页 |
| 1.1.2 父母本接种CMV方法 | 第31页 |
| 1.1.2.1 接种液制备 | 第31页 |
| 1.1.2.2 接种方法 | 第31页 |
| 1.2 结果与分析 | 第31-33页 |
| 2 利用SLAF-seq技术定位抗CMV关联区域 | 第33-43页 |
| 2.1 材料和方法 | 第33页 |
| 2.2 SLAF-seq文库构建和SLAF-seq标签开发 | 第33-39页 |
| 2.2.1 酶切方案 | 第33页 |
| 2.2.2 SLAF标记开发 | 第33-34页 |
| 2.2.3 SLAF多态性分析 | 第34-35页 |
| 2.2.4 SLAF标签在染色体上的分布 | 第35-37页 |
| 2.2.5 多态性SLAF标签筛选 | 第37页 |
| 2.2.6 SNP_index标记关联分析 | 第37-39页 |
| 2.3 重测序结果分析 | 第39-40页 |
| 2.3.1 参考基因组对比统计 | 第39页 |
| 2.3.2 SNP检测 | 第39-40页 |
| 2.4 重测序结果与SLAF结果整合分析 | 第40-41页 |
| 2.4.1 关联区域分析 | 第40-41页 |
| 2.5 关联结果功能分析 | 第41-43页 |
| 2.5.1 关联区域基因注释 | 第41页 |
| 2.5.2 关联区域内基因的KEGG富集分析 | 第41-42页 |
| 2.5.3 关联区域内基因COG分类统计 | 第42-43页 |
| 3 利用Indel标记进行抗CMV连锁图谱的构建和QTL定位 | 第43-53页 |
| 3.1 Indel标记的开发 | 第43-46页 |
| 3.2 Indel标记分析的材料与方法 | 第46-48页 |
| 3.2.1 试验材料 | 第46-48页 |
| 3.2.1.1 植物DNA的提取 | 第46页 |
| 3.3.1.2 Indel标记分析的方法 | 第46-48页 |
| 3.2.2 InDel标记多态性结果 | 第48页 |
| 3.3 结果与分析 | 第48-50页 |
| 3.4 候选QTL区域生物信息学分析确定辣椒抗CMV候选基因 | 第50-53页 |
| 全文结论 | 第53-55页 |
| 创新之处 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-63页 |
| 附录 | 第63-67页 |
| 致谢 | 第67页 |
