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呼肠孤病毒刺激下草鱼脾脏转录组数据分析

摘要第3-4页
abstract第4页
第一章 引言第7-13页
    1.1 草鱼出血病研究概述第7-10页
        1.1.1 草鱼养殖情况及出血病临床特征概述第7页
        1.1.2 草鱼出血病病原研究第7-8页
        1.1.3 呼肠孤病毒形态及结构特征第8页
        1.1.4 草鱼分子模式识别受体及其抗病毒信号通路第8-10页
    1.2 测序技术发展与应用概述第10-12页
        1.2.1 测序简史第10-11页
        1.2.2 转录组及WGCNA分析第11-12页
        1.2.3 测序技术在草鱼免疫方面的应用第12页
    1.3 本研究的目的和意义第12-13页
第二章 材料与方法第13-18页
    2.1 数据来源第13页
    2.2 RNA-seq数据预处理第13-14页
    2.3 转录本差异表达量分析第14页
    2.4 基因网络的构建和可视化第14页
    2.5 功能(GO)和通路(KEGG)的富集分析第14页
    2.6 基因表达的可视化第14页
    2.7 基因表达量的验证第14-18页
        2.7.1 实验材料第14-15页
        2.7.2 实验方法第15-16页
        2.7.3 草鱼ISG15-1,ISG15-2,Viperin和sacsin-like基因的组织表达水平检测第16-18页
第三章 结果与分析第18-31页
    3.1 差异显著基因的识别第18-20页
    3.2 差异显著基因与节点基因分析第20-21页
    3.3 差异显著基因和节点基因的功能注释分析第21-24页
    3.4 差异显著基因和节点基因的通路分析第24-25页
    3.5 核心基因的筛选第25-27页
    3.6 核心基因的RT-PCR验证第27-31页
第四章 讨论第31-34页
    4.1 KEGG富集的病毒感染通路第31-32页
    4.2 ISG15(类泛素化蛋白)调控干扰素刺激基因(ISGs)第32页
    4.3 sacsin-like基因与免疫反应有关第32-34页
第五章 结论与展望第34-35页
    5.1 结论第34页
    5.2 展望第34-35页
致谢第35-36页
参考文献第36-43页
攻读学位期间的研究成果第43页

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