| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4页 |
| 第一章 引言 | 第7-13页 |
| 1.1 草鱼出血病研究概述 | 第7-10页 |
| 1.1.1 草鱼养殖情况及出血病临床特征概述 | 第7页 |
| 1.1.2 草鱼出血病病原研究 | 第7-8页 |
| 1.1.3 呼肠孤病毒形态及结构特征 | 第8页 |
| 1.1.4 草鱼分子模式识别受体及其抗病毒信号通路 | 第8-10页 |
| 1.2 测序技术发展与应用概述 | 第10-12页 |
| 1.2.1 测序简史 | 第10-11页 |
| 1.2.2 转录组及WGCNA分析 | 第11-12页 |
| 1.2.3 测序技术在草鱼免疫方面的应用 | 第12页 |
| 1.3 本研究的目的和意义 | 第12-13页 |
| 第二章 材料与方法 | 第13-18页 |
| 2.1 数据来源 | 第13页 |
| 2.2 RNA-seq数据预处理 | 第13-14页 |
| 2.3 转录本差异表达量分析 | 第14页 |
| 2.4 基因网络的构建和可视化 | 第14页 |
| 2.5 功能(GO)和通路(KEGG)的富集分析 | 第14页 |
| 2.6 基因表达的可视化 | 第14页 |
| 2.7 基因表达量的验证 | 第14-18页 |
| 2.7.1 实验材料 | 第14-15页 |
| 2.7.2 实验方法 | 第15-16页 |
| 2.7.3 草鱼ISG15-1，ISG15-2，Viperin和sacsin-like基因的组织表达水平检测 | 第16-18页 |
| 第三章 结果与分析 | 第18-31页 |
| 3.1 差异显著基因的识别 | 第18-20页 |
| 3.2 差异显著基因与节点基因分析 | 第20-21页 |
| 3.3 差异显著基因和节点基因的功能注释分析 | 第21-24页 |
| 3.4 差异显著基因和节点基因的通路分析 | 第24-25页 |
| 3.5 核心基因的筛选 | 第25-27页 |
| 3.6 核心基因的RT-PCR验证 | 第27-31页 |
| 第四章 讨论 | 第31-34页 |
| 4.1 KEGG富集的病毒感染通路 | 第31-32页 |
| 4.2 ISG15(类泛素化蛋白)调控干扰素刺激基因(ISGs) | 第32页 |
| 4.3 sacsin-like基因与免疫反应有关 | 第32-34页 |
| 第五章 结论与展望 | 第34-35页 |
| 5.1 结论 | 第34页 |
| 5.2 展望 | 第34-35页 |
| 致谢 | 第35-36页 |
| 参考文献 | 第36-43页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第43页 |
