| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩略词表 | 第13-14页 |
| 1 前言 | 第14-23页 |
| 1.1 猪繁殖与呼吸综合征的研究进展 | 第14-16页 |
| 1.1.1 猪繁殖与呼吸综合征的危害 | 第14页 |
| 1.1.2 猪繁殖与呼吸综合征病毒的特征 | 第14-15页 |
| 1.1.3 猪繁殖与呼吸综合征的防治与抗病育种 | 第15-16页 |
| 1.2 家畜转录组测序的研究进展 | 第16-19页 |
| 1.2.1 转录组测序技术 | 第16-18页 |
| 1.2.2 转录组测序在家畜中的应用 | 第18-19页 |
| 1.3 抗病相关的候选基因的研究进展 | 第19-22页 |
| 1.3.1 BID基因的研究进展 | 第19-20页 |
| 1.3.2 BTG2基因的研究进展 | 第20页 |
| 1.3.3 MX1基因的研究进展 | 第20-21页 |
| 1.3.4 IFIT1基因的研究进展 | 第21-22页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第22-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-37页 |
| 2.1 实验材料 | 第23-26页 |
| 2.1.1 参试猪群 | 第23页 |
| 2.1.2 RNA-Seq数据 | 第23页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第23-24页 |
| 2.1.4 实验试剂 | 第24页 |
| 2.1.5 实验试剂的配制 | 第24-26页 |
| 2.2 实验方法 | 第26-37页 |
| 2.2.1 RNA-Seq原始数据的筛选 | 第26-27页 |
| 2.2.2 RNA-Seq数据的比对及SNP检测 | 第27页 |
| 2.2.3 两品种猪特有SNP在染色体中的分布 | 第27-28页 |
| 2.2.4 两品种猪SNP差异区域在免疫相关QTL、PRRS相关QTL中的分布 | 第28页 |
| 2.2.5 分布在QTL中SNP差异区域内基因的富集及功能注释 | 第28页 |
| 2.2.6 猪血液和耳组织DNA的提取 | 第28-30页 |
| 2.2.7 基因多态性检测 | 第30-32页 |
| 2.2.8 SNP酶切分型 | 第32-34页 |
| 2.2.9 基因多态性数据统计及关联分析 | 第34-37页 |
| 3 结果与分析 | 第37-66页 |
| 3.1 通城猪和长白猪特有SNP在染色体、免疫相关QTL和PRRS相关QTL中的分布与功能分析 | 第37-43页 |
| 3.1.1 转录组数据的比对、SNP数量统计 | 第37-39页 |
| 3.1.2 两品种猪特有SNP在染色体中的分布 | 第39-41页 |
| 3.1.3 两品种猪SNP差异区域在免疫相关QTL、PRRS相关QTL中的分布 | 第41页 |
| 3.1.4 分布在QTL中两品种猪SNP差异区域内基因的功能 | 第41-43页 |
| 3.2 PRRSV感染中差异表达基因的变异及其与PRRS抗性、PRRSV感染母猪产仔性能的关联分析 | 第43-66页 |
| 3.2.1 候选基因的筛选 | 第43页 |
| 3.2.2 猪BID、BTG2、MX1、IFIT1基因多态性的鉴定 | 第43-47页 |
| 3.2.3 猪BTG2、MX1、IFIT1基因SNP位点的基因分型 | 第47-50页 |
| 3.2.4 猪BTG2、MX1、IFIT1基因多态性与PRRS抗性的关联分析 | 第50-57页 |
| 3.2.5 猪BTG2、MX1、IFIT1基因多态性与PRRSV感染母猪产仔性能的关联分析 | 第57-58页 |
| 3.2.6 猪MX1、IFIT1基因SNP连锁不平衡及单倍型的分析 | 第58-60页 |
| 3.2.7 猪MX1、IFIT1基因SNP单倍型组合与PRRS抗性的关联分析 | 第60-65页 |
| 3.2.8 猪IFIT1基因SNP单倍型组合与PRRSV感染母猪产仔性能的关联分析 | 第65-66页 |
| 4 讨论 | 第66-73页 |
| 4.1 通城猪与长白猪特有SNP在染色体、免疫相关QTL和PRRS相关QTL中分布的讨论 | 第66-67页 |
| 4.2 PRRSV感染中差异表达基因（BID、BTG2、MX1、IFIT1）的变异及其与PRRS抗性、PRRSV感染母猪产仔性能关联的讨论 | 第67-73页 |
| 5 小结 | 第73-74页 |
| 5.1 本研究结论 | 第73页 |
| 5.2 本研究特色与创新点 | 第73页 |
| 5.3 进一步研究内容 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-86页 |
| 附录 | 第86-127页 |
| 致谢 | 第127页 |
