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基于RNA-Seq技术分析菜心叶片衰老相关基因

摘要第2-3页
Abstract第3-4页
缩写词表第5-9页
1 前言第9-15页
    1.1 叶片衰老的分子生物学研究第9-11页
        1.1.1 叶片衰老相关基因第9-10页
        1.1.2 植物激素与叶片衰老第10-11页
    1.2 蔬菜叶片衰老的调控及其机制第11-14页
        1.2.1 物理方法第11-13页
            1.2.1.1 低温第11页
            1.2.1.2 磁场与电场第11-12页
            1.2.1.3 光照第12页
            1.2.1.4 包装第12-13页
        1.2.2 化学方法第13-14页
            1.2.2.1 人工合成保鲜剂第13页
            1.2.2.2 天然保鲜剂第13-14页
    1.3 NAC转录因子与叶片衰老第14页
    1.4 研究目的与意义第14-15页
2 材料与方法第15-21页
    2.1 供试材料与主要仪器第15-16页
        2.1.1 供试材料第15页
        2.1.2 主要试剂第15页
        2.1.3 试验仪器第15-16页
    2.2 采后处理及取样第16-17页
    2.3 生理指标的测定第17页
        2.3.1 黄化指数的测定第17页
        2.3.2 总叶绿素含量的测定第17页
        2.3.3 相对电导率的测定第17页
    2.4 菜心总RNA提取第17-18页
    2.5 RNA-SEQ及数据分析第18-20页
        2.5.1 深度质控第18-19页
        2.5.2 转录本拼接第19页
        2.5.3 转录本注释第19页
        2.5.4 转录本定量第19页
        2.5.5 差异表达分析第19页
        2.5.6 富集分析第19页
        2.5.7 叶片衰老相关基因和激素相关基因鉴定第19-20页
        2.5.8 蛋白互作网络预测第20页
    2.6 实时荧光定量PCR(QRT-PCR)第20-21页
        2.6.1 cDNA(Complementary DNA)第一链的合成第20页
        2.6.2 荧光定量PCR第20-21页
    2.7 数据处理与统计分析第21页
3 结果与分析第21-55页
    3.1 菜心叶片RNA提取及质量检测第21-22页
    3.2 RNA-SEQ数据分析第22-40页
        3.2.1 测序质量评估第22-29页
            3.2.1.1 质控结果评估第22-23页
            3.2.1.2 组装结果评估第23-24页
            3.2.1.3 注释结果评估第24-29页
        3.2.2 差异表达基因的筛选及表达模式聚类第29-32页
            3.2.2.1 基因表达量估计第29页
            3.2.2.2 差异表达基因分析第29-32页
            3.2.2.3 差异基因表达趋势聚类分析第32页
        3.2.3 差异表达基因的GO显著性富集分析第32-36页
        3.2.4 差异表达基因的KEGG显著性富集分析第36-38页
        3.2.5 差异表达基因的蛋白互作网络预测第38-40页
    3.3 差异表达基因中衰老相关转录因子的鉴定第40-44页
    3.4 差异表达基因中激素信号相关基因的鉴定第44-50页
    3.5 叶片衰老过程中叶绿素降解相关基因表达变化第50-51页
    3.6 QRT-PCR验证菜心叶片衰老过程中NAC基因的表达第51-55页
        3.6.1 不同贮藏温度对菜心外观和叶片衰老的影响第51-54页
            3.6.1.1 不同贮藏温度对菜心外观的影响第51-52页
            3.6.1.2 不同贮藏温度对菜心叶片衰老相关生理指标的影响第52-54页
        3.6.2 9 个NAC基因的表达第54-55页
4 讨论第55-61页
    4.1 转录组数据RRNA含量低第55-56页
    4.2 组装及注释可做菜心转录组分析的参考基因集第56页
    4.3 叶片衰老过程中光合作用减弱第56-57页
    4.4 叶绿素降解引起菜心叶片黄化第57-58页
    4.5 激素信号通路相关基因在叶片衰老过程中发生显著变化第58-60页
    4.6 NAC转录因子参与菜心叶片衰老的可能机制第60-61页
5 结论第61-62页
致谢第62-63页
参考文献第63-70页

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