莱茵衣藻产氢代谢的转录组学研究
| 摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 主要缩略词表 | 第11-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-21页 |
| 1.1 生物制氢背景 | 第12-13页 |
| 1.2 莱茵衣藻制氢背景 | 第13-16页 |
| 1.2.1 莱茵衣藻 | 第13-14页 |
| 1.2.2 莱茵衣藻产氢的机理和代谢简介 | 第14-15页 |
| 1.2.3 莱茵衣藻产氢代谢的转录组学研究进展 | 第15-16页 |
| 1.3 研究方法 | 第16-20页 |
| 1.3.1 二代测序技术 | 第16-18页 |
| 1.3.2 转录组RNA-Seq测序 | 第18-20页 |
| 1.4 研究目的及意义 | 第20-21页 |
| 第2章 材料与方法 | 第21-33页 |
| 2.1 实验材料 | 第21页 |
| 2.2 主要仪器与试剂盒 | 第21-22页 |
| 2.3 技术路线与研究内容 | 第22-23页 |
| 2.4 莱茵衣藻正常和产氢培养 | 第23-25页 |
| 2.5 氢气和氧气含量的测定方法 | 第25页 |
| 2.6 转录组样品RNA的提取 | 第25-26页 |
| 2.7 转录组文库构建及测序 | 第26-27页 |
| 2.8 转录组数据的分析方法 | 第27-30页 |
| 2.8.1 转录组数据的分析流程 | 第27-28页 |
| 2.8.2 测序原始数据质量评估 | 第28页 |
| 2.8.3 测序原始数据过滤 | 第28页 |
| 2.8.4 读序的定位 | 第28-29页 |
| 2.8.5 基因表达量计算 | 第29页 |
| 2.8.6 差异表达基因鉴定 | 第29页 |
| 2.8.7 差异表达基因GO功能富集 | 第29-30页 |
| 2.8.8 差异表达基因KEGG代谢通路富集 | 第30页 |
| 2.9 衣藻产氢代谢产物分析 | 第30-33页 |
| 2.9.1 衣藻细胞内淀粉提取和检测 | 第30-31页 |
| 2.9.2 衣藻上清液中代谢物分析 | 第31-33页 |
| 第3章 结果与分析 | 第33-64页 |
| 3.1 莱茵衣藻cc124胁迫产氢结果 | 第33-34页 |
| 3.2 转录组总RNA提取与检测 | 第34-35页 |
| 3.3 转录组测序产量统计 | 第35-37页 |
| 3.4 转录组数据质控分析结果 | 第37-39页 |
| 3.4.1 基因饱和度分析 | 第37页 |
| 3.4.2 与参考全基因组比对 | 第37-38页 |
| 3.4.3 基因表达水平分析 | 第38-39页 |
| 3.5 差异表达基因鉴定与分析 | 第39-41页 |
| 3.6 差异表达基因层次聚类分析 | 第41-42页 |
| 3.7 差异表达基因GO功能富集分析 | 第42-51页 |
| 3.8 差异表达基因KEGG代谢通路富集分析 | 第51-56页 |
| 3.9 与衣藻产氢相关关键基因的筛选 | 第56-61页 |
| 3.9.1 糖酵解通路中关键基因筛选 | 第56-57页 |
| 3.9.2 丙酮酸通路中关键基因筛选 | 第57-58页 |
| 3.9.3 三羧酸循环通路中关键基因筛选 | 第58-59页 |
| 3.9.4 光合作用通路中关键基因筛选 | 第59-60页 |
| 3.9.5 硫代谢通路中关键基因筛选 | 第60-61页 |
| 3.10 衣藻cc124胁迫产氢中代谢物变化 | 第61-64页 |
| 3.10.1 淀粉含量的变化 | 第61-62页 |
| 3.10.2 藻类上清液中代谢物变化 | 第62-64页 |
| 第4章 结论与讨论 | 第64-68页 |
| 4.1 讨论分析 | 第64-66页 |
| 4.1.1 c DNA 文库的构建质量分析讨论 | 第64页 |
| 4.1.2 转录组学阐述衣藻产氢机理的分析讨论 | 第64-65页 |
| 4.1.3 有关产氢代谢物的分析讨论 | 第65-66页 |
| 4.2 结论与展望 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-74页 |
| 附录 | 第74-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
