| 符号说明 | 第6-10页 |
| 摘要 | 第10-13页 |
| abstract | 第13-15页 |
| 1 前言 | 第16-39页 |
| 1.1 小RNA病毒 3’非编码区介绍 | 第16-25页 |
| 1.1.1 小RNA病毒 3’非编码区的重要结构及功能 | 第16-19页 |
| 1.1.2 小RNA病毒 3’UTR发挥功能的重要分子机制 | 第19-21页 |
| 1.1.3 鸭甲肝病毒研究进展 | 第21-25页 |
| 1.2 禽类干扰素刺激基因概论 | 第25-33页 |
| 1.2.1 干扰素分类 | 第25-27页 |
| 1.2.2 干扰素介导的信号转导 | 第27-32页 |
| 1.2.3 鸭干扰素信号通路研究的必要性 | 第32-33页 |
| 1.3 转录组研究技术概述 | 第33-38页 |
| 1.3.1 RNA-Seq测序技术的基本原理 | 第34页 |
| 1.3.2 RNA-Seq测序技术流程 | 第34-37页 |
| 1.3.3 RNA-Seq测序技术的应用 | 第37-38页 |
| 1.4 本研究的目的与意义 | 第38-39页 |
| 2 材料与方法 | 第39-60页 |
| 2.1 材料 | 第39-40页 |
| 2.1.1 毒（菌）株 | 第39页 |
| 2.1.2 实验动物和细胞株 | 第39页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第39页 |
| 2.1.4 主要试剂 | 第39-40页 |
| 2.2 方法 | 第40-60页 |
| 2.2.1 鸭甲肝病毒 3’UTR的序列分析 | 第40-48页 |
| 2.2.2 DHAV DNA-Launched分子缺失株的初步鉴定 | 第48-51页 |
| 2.2.3 DHAV分子毒与各缺失株的荧光定量检测 | 第51-53页 |
| 2.2.4 DHAV分子毒与缺失株的酶联免疫吸附试验 | 第53-54页 |
| 2.2.5 DHAV分子毒与缺失株的毒力鉴定 | 第54页 |
| 2.2.6 DHAV-1L及 3’UTR缺失株的转录组试验设计 | 第54-57页 |
| 2.2.7 DHAV感染宿主细胞的干扰素信号通路初探 | 第57-59页 |
| 2.2.8 DHAV-1L感染DEF后的ISGs检测 | 第59-60页 |
| 3 结果 | 第60-92页 |
| 3.1 DHAV DNA-Launched 3’UTR缺失株的序列分析 | 第60-63页 |
| 3.2 DHAV DNA-launched 3’UTR缺失株的构建 | 第63-67页 |
| 3.2.1 目的片段的扩增 | 第63-66页 |
| 3.2.2 DHAV DNA-Launched缺失毒株双酶切鉴定图 | 第66-67页 |
| 3.3 DHAV分子毒与缺失毒的初步鉴定 | 第67-71页 |
| 3.3.1 DHAV分子毒的电镜鉴定 | 第67-68页 |
| 3.3.2 DHAV分子病毒转染BHK-21 后的间接免疫荧光试验 | 第68-70页 |
| 3.3.3 DHAV分子病毒感染DEF后的间接免疫荧光试验 | 第70-71页 |
| 3.4 DHAV分子毒的mRNA水平检测 | 第71-75页 |
| 3.4.1 DHAV分子毒株转染BHK-21 后实时荧光定量检测 | 第71-73页 |
| 3.4.2 DHAV分子毒株感染DEF后的实时荧光定量检测 | 第73-75页 |
| 3.5 DHAV分子毒的蛋白水平检测 | 第75-76页 |
| 3.6 DHAV分子病毒的毒力鉴定 | 第76-79页 |
| 3.6.1 DHAV分子病毒的细胞半数感染量(TCID50)测定 | 第76-77页 |
| 3.6.2 DHAV分子病毒感染的动物试验 | 第77-79页 |
| 3.7 DHAV-1 感染DEF后的转录组测序结果评估 | 第79-85页 |
| 3.7.1 总RNA样品质量检测 | 第79页 |
| 3.7.2 转录本拼接结果统计 | 第79-80页 |
| 3.7.3 Unigene表达差异分析 | 第80页 |
| 3.7.4 差异基因的GO分析 | 第80-81页 |
| 3.7.5 差异基因的KEGG富集及信号通路分析 | 第81-85页 |
| 3.7.6 差异基因的聚类分析 | 第85页 |
| 3.8 DHAV的干扰素信号通路初探 | 第85-92页 |
| 3.8.1 DHAV-1L感染DEF后的干扰素mRNA检测 | 第85-86页 |
| 3.8.2 DHAV感染DEF后的ELISA检测 | 第86-90页 |
| 3.8.3 DHAV-1L感染DEF后的ISGs检测 | 第90-92页 |
| 4 讨论 | 第92-99页 |
| 4.1 DHAV 3’UTR对病毒增殖和毒力的影响 | 第92-94页 |
| 4.2 基于RNA-seq的DHAV-1 感染DEF的模式识别受体信号通路 | 第94-96页 |
| 4.3 DHAV-1 感染宿主细胞DEF后的干扰素通路初探 | 第96-99页 |
| 5 结论 | 第99-100页 |
| 参考文献 | 第100-119页 |
| 攻读博士学位期间发表论文情况 | 第119-121页 |
| 致谢 | 第121页 |
