| 摘要 | 第10-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 符号和缩略语说明 | 第15-16页 |
| 第一章 引言 | 第16-30页 |
| 第一节 斑玉蕈及发育研究进展 | 第16-19页 |
| 1.1 斑玉蕈的分类地位 | 第16页 |
| 1.2 斑玉蕈的营养与生物活性成分 | 第16页 |
| 1.3 斑玉蕈的遗传学研究 | 第16-17页 |
| 1.4 斑玉蕈的生物学特性 | 第17页 |
| 1.5 斑玉蕈的生长条件 | 第17-19页 |
| 第二节 农杆菌介导的遗传转化研究进展 | 第19-22页 |
| 2.1 根癌农杆菌介导的丝状真菌遗传转化的分子基础 | 第19页 |
| 2.2 影响ATMT转化效率的因素 | 第19-21页 |
| 2.3 ATMT在丝状真菌功能基因组学研究中的应用 | 第21-22页 |
| 第三节 功能基因组学研究进展 | 第22-24页 |
| 3.1 转录组的定义与原理 | 第22页 |
| 3.2 RNA-Seq的步骤 | 第22-23页 |
| 3.3 RNA-Seq的应用 | 第23-24页 |
| 第四节 漆酶基因家族对发育的影响 | 第24-29页 |
| 4.1 漆酶基因家族 | 第24-26页 |
| 4.2 漆酶基因家族在丝状真菌中的功能 | 第26-29页 |
| 第五节 本论文的研究意义及研究内容 | 第29-30页 |
| 5.1 研究意义 | 第29页 |
| 5.2 研究内容 | 第29-30页 |
| 第二章 应用转录组技术分析斑玉蕈不同发育时期差异表达基因 | 第30-58页 |
| 第一节 转录组实验材料的制备 | 第30-34页 |
| 1 实验材料 | 第30页 |
| 1.1 菌株 | 第30页 |
| 1.2 试剂 | 第30页 |
| 2 实验方法 | 第30-31页 |
| 2.1 培养料的配置 | 第30-31页 |
| 2.2 材料的选择 | 第31页 |
| 2.3 总RNA的提取 | 第31页 |
| 2.4 斑玉蕈转录组文库构建方法 | 第31页 |
| 3 结果与分析 | 第31-34页 |
| 3.1 斑玉蕈四个不同的发育时期 | 第31-32页 |
| 3.2 总RNA的提取 | 第32页 |
| 3.3 RNA检测过程和结果 | 第32-33页 |
| 3.4 转录组测序 | 第33-34页 |
| 第二节 斑玉蕈四个发育时期的转录组全局分析 | 第34-58页 |
| 1 主要的试剂和仪器 | 第34页 |
| 2 实验材料 | 第34页 |
| 3 数据分析方法和实验方法 | 第34-38页 |
| 3.1 原始数据分析 | 第34-35页 |
| 3.2 拼接及拼接结果统计 | 第35页 |
| 3.3 与拼接结果比对 | 第35页 |
| 3.4 表达量统计及表达差异分析 | 第35页 |
| 3.5 拼接结果注释 | 第35-36页 |
| 3.6 基因功能分类 | 第36-37页 |
| 3.7 表达模式聚类分析 | 第37页 |
| 3.8 Q-RT PCR验证RNA-Seq数据的分析结果 | 第37-38页 |
| 4 结果与分析 | 第38-52页 |
| 4.1 原始测序数据统计 | 第38-40页 |
| 4.2 denovo拼接及拼接结果统计 | 第40-41页 |
| 4.3 斑玉蕈转录组的功能注释 | 第41-43页 |
| 4.4 斑玉蕈四个不同发育时期差异表达基因(DGEs)的分析 | 第43-48页 |
| 4.5 在四个不同发育时期的途径分析 | 第48-51页 |
| 4.6 Q-RT PCR验证 | 第51-52页 |
| 5 本章讨论 | 第52-55页 |
| 5.1 光信号在发育中的作用 | 第52-53页 |
| 5.2 胁迫反应在发育中的作用 | 第53-55页 |
| 5.3 氮饥饿在发育中的作用 | 第55页 |
| 6 本章小结 | 第55-58页 |
| 第三章 漆酶在斑玉蕈子实体发育中的功能研究 | 第58-84页 |
| 第一节 曲酸影响斑玉蕈子实体发育的小试实验 | 第58-65页 |
| 1 实验材料 | 第58页 |
| 1.1 菌株 | 第58页 |
| 1.2 试剂 | 第58页 |
| 2 实验方法 | 第58-59页 |
| 2.1 液体种子摇瓶培养 | 第58页 |
| 2.2 固体培养料的培养 | 第58-59页 |
| 2.3 曲酸诱导条件 | 第59页 |
| 2.4 统计分析方法 | 第59页 |
| 3 结果与分析 | 第59-65页 |
| 3.1 曲酸对菌丝生长速度的影响 | 第59-60页 |
| 3.2 曲酸对子实体发育的影响 | 第60-65页 |
| 第二节 曲酸影响斑玉蕈子实体发育的工厂规模化验证 | 第65-69页 |
| 1 实验材料 | 第65页 |
| 1.1 菌株 | 第65页 |
| 1.2 试剂 | 第65页 |
| 2 实验方法 | 第65页 |
| 2.1 曲酸诱导条件 | 第65页 |
| 2.2 统计分析方法 | 第65页 |
| 3 结果与分析 | 第65-69页 |
| 3.1 曲酸对原基发生影响的研究 | 第65-66页 |
| 3.2 曲酸对子实体发育影响的研究 | 第66-68页 |
| 3.3 曲酸对子实体颜色影响的研究 | 第68-69页 |
| 第三节 曲酸调控漆酶的研究 | 第69-74页 |
| 1 实验材料 | 第69页 |
| 1.1 菌株 | 第69页 |
| 1.2 试剂 | 第69页 |
| 2 实验方法 | 第69-70页 |
| 2.1 液体摇瓶培养 | 第69页 |
| 2.2 固体培养料培养 | 第69页 |
| 2.3 漆酶的测定 | 第69页 |
| 2.4 曲酸的测定方法 | 第69-70页 |
| 2.5 菌丝生物量的测定 | 第70页 |
| 2.6 总RNA的提取 | 第70页 |
| 2.7 荧光定量PCR | 第70页 |
| 3 结果与分析 | 第70-74页 |
| 3.1 曲酸的标准曲线 | 第70-71页 |
| 3.2 漆酶和生物量的关系 | 第71页 |
| 3.3 曲酸对漆酶活性和基因表达的影响 | 第71-72页 |
| 3.4 不同生长阶段曲酸和漆酶的变化 | 第72-74页 |
| 第四节 曲酸诱导的差异表达基因的研究 | 第74-84页 |
| 1 实验材料 | 第74页 |
| 1.1 菌株 | 第74页 |
| 1.2 实验试剂 | 第74页 |
| 2 实验方法 | 第74页 |
| 2.1 培养料的配置 | 第74页 |
| 2.2 液体菌种的制备 | 第74页 |
| 2.3 曲酸溶液的配置 | 第74页 |
| 2.4 样品的处理 | 第74页 |
| 2.5 总RNA得提取 | 第74页 |
| 2.4 斑玉蕈转录组文库构建方法 | 第74页 |
| 2.5 数据分析方法和实验方法 | 第74页 |
| 3 结果与分析 | 第74-81页 |
| 3.1 总RNA的提取 | 第74-75页 |
| 3.2 RNA质量的检测 | 第75-76页 |
| 3.3 转录组测序 | 第76页 |
| 3.4 拼接结果 | 第76页 |
| 3.5 归类的分析 | 第76页 |
| 3.6 差异表达基因的分析 | 第76-81页 |
| 3.7 Q-RT PCR验证 | 第81页 |
| 4 本章讨论 | 第81-83页 |
| 5 本章小结 | 第83-84页 |
| 第四章 农杆菌介导的斑玉蕈遗传转化体系的建立 | 第84-114页 |
| 第一节 斑玉蕈甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因的克隆及其序列分析 | 第84-97页 |
| 1 实验材料 | 第84页 |
| 1.1 菌株、质粒、试剂 | 第84页 |
| 1.2 菌株培养 | 第84页 |
| 2 实验方法 | 第84-91页 |
| 2.1 斑玉蕈基因组DNA的提取(CTAB法) | 第84-85页 |
| 2.2 总RNA的提取 | 第85-86页 |
| 2.3 单链cDNA合成 | 第86页 |
| 2.4 反转录反应 | 第86-87页 |
| 2.5 斑玉蕈gpd基因DNA及cDNA全长序列的获得 | 第87-91页 |
| 2.6 gpd基因cDNA全长的获得 | 第91页 |
| 3 结果与分析 | 第91-97页 |
| 3.1 斑玉蕈菌丝总RNA的提取 | 第91-92页 |
| 3.2 斑玉蕈gpd基因组DNA全长的获得 | 第92-95页 |
| 3.3 斑玉蕈gpd基因启动子的分析 | 第95-97页 |
| 第二节 根癌农杆菌介导的斑玉蕈遗传转化体系的初步建立 | 第97-106页 |
| 1 实验材料 | 第97页 |
| 1.1 菌株、质粒和试剂 | 第97页 |
| 1.2 菌株培养 | 第97页 |
| 2 实验方法 | 第97-102页 |
| 2.1 双元载体的构建 | 第97-98页 |
| 2.2 农杆菌感受态的制备和转化 | 第98-99页 |
| 2.3 农杆菌介导的斑玉蕈的转化 | 第99-100页 |
| 2.4 斑玉蕈转化子的分子水平验证 | 第100-102页 |
| 2.5 egfp报告基因的检测 | 第102页 |
| 2.6 斑玉蕈转化子有丝分裂稳定性验证 | 第102页 |
| 3 结果与分析 | 第102-106页 |
| 3.1 双元载体pHm-GPD载体的构建 | 第103页 |
| 3.2 双元载体pHm-GPD转化农杆菌LBA4404 | 第103页 |
| 3.3 农杆菌LBA4404介导的斑玉蕈原生质体转化 | 第103页 |
| 3.4 斑玉蕈转化子的分子水平验证 | 第103-104页 |
| 3.5 报告基因egfp的检测 | 第104-105页 |
| 3.6 斑玉蕈转化子有丝分裂稳定性验证 | 第105-106页 |
| 第三节 根癌农杆菌介导的斑玉蕈转化体系的优化 | 第106-114页 |
| 1 实验材料 | 第106页 |
| 1.1 菌株、质粒、试剂 | 第106页 |
| 1.2 菌株培养 | 第106页 |
| 2 实验方法 | 第106页 |
| 2.1 共培养参数的优化 | 第106页 |
| 2.2 统计学分析 | 第106页 |
| 3 结果与分析 | 第106-110页 |
| 3.1 共培养温度的优化 | 第106-107页 |
| 3.2 共培养时间的优化 | 第107-108页 |
| 3.3 农杆菌与斑玉蕈原生质体共培养比例的优化 | 第108页 |
| 3.4 乙酰丁香酮浓度的优化 | 第108-109页 |
| 3.5 不同农杆菌菌株对转化效率的影响 | 第109页 |
| 3.6 不同启动子对外源基因表达的影响 | 第109-110页 |
| 4 本章讨论 | 第110-112页 |
| 5 本章小结 | 第112-114页 |
| 第五章 漆酶基因家族的结构及功能研究 | 第114-130页 |
| 第一节 漆酶基因家族的克隆及生物信息学分析 | 第114-122页 |
| 1 实验材料 | 第114页 |
| 1.1 菌株 | 第114页 |
| 1.2 试剂 | 第114页 |
| 2 实验方法 | 第114-115页 |
| 2.1 斑玉蕈cDNA的制备 | 第114页 |
| 2.2 斑玉蕈基因组DNA的提取 | 第114页 |
| 2.3 漆酶基因片段的PCR扩增 | 第114-115页 |
| 2.4 斑玉蕈漆酶基因组DNA全长的获得 | 第115页 |
| 2.5 斑玉蕈漆酶基因cDNA全长的获得 | 第115页 |
| 2.6 斑玉蕈漆酶基因家族的生物信息学分析 | 第115页 |
| 3 结果与分析 | 第115-122页 |
| 3.1 斑玉蕈漆酶基因家族特异片段的克隆 | 第115-117页 |
| 3.2 斑玉蕈漆酶基因的基因组DNA全长的获得 | 第117页 |
| 3.3 斑玉蕈漆酶基因的cDNA全长的获得 | 第117-119页 |
| 3.4 斑玉蕈漆酶基因的启动子序列分析 | 第119-120页 |
| 3.5 斑玉蕈漆酶基因家族编码蛋白的功能域分析 | 第120-121页 |
| 3.6 漆酶基因编码蛋白的发育树分析 | 第121-122页 |
| 第二节 斑玉蕈漆酶基因LCC1在发育中的功能研究 | 第122-130页 |
| 1 实验材料 | 第122页 |
| 1.1 菌株和质粒 | 第122页 |
| 1.2 菌株培养 | 第122页 |
| 1.3 生化试剂和仪器 | 第122页 |
| 2 实验方法 | 第122-124页 |
| 2.1 斑玉蕈cDNA的合成 | 第122页 |
| 2.2 斑玉蕈lcc1的过量表达载体的构建 | 第122-124页 |
| 3 结果与分析 | 第124-128页 |
| 3.1 漆酶基因lcc1过量表达转化子的分子水平验证 | 第124-125页 |
| 3.2 漆酶基因lcc1在过量表达转化子中转录水平的变化 | 第125-126页 |
| 3.3 漆酶基因lcc1在过量表达转化子中漆酶活性的变化 | 第126页 |
| 3.4 漆酶基因lcc1在过量表达转化子中生物量的变化 | 第126-127页 |
| 3.5 漆酶基因lcc1过量表达转化子结实性实验 | 第127-128页 |
| 4 本章讨论 | 第128-129页 |
| 5 本章小结 | 第129-130页 |
| 全文总结 | 第130-132页 |
| 参考文献 | 第132-146页 |
| 创新点 | 第146-148页 |
| 文章发表情况 | 第148-150页 |
| 附录 | 第150-152页 |
| 致谢 | 第152页 |
