基于统计能量函数的蛋白质设计
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-23页 |
| ·蛋白质结构 | 第9-11页 |
| ·稳定蛋白质结构的相互作用力 | 第11-12页 |
| ·序列设计问题 | 第12-13页 |
| ·序列设计方法 | 第13-18页 |
| ·亲疏水二元法 | 第13-14页 |
| ·RosettaDesign设计方法 | 第14-17页 |
| ·基于统计能量函数的设计 | 第17-18页 |
| ·蛋白质设计的现状 | 第18-23页 |
| 第2章 统计能量函数主导的蛋白质设计 | 第23-51页 |
| ·概述 | 第23-25页 |
| ·数据库选择与数据处理 | 第25-26页 |
| ·局部结构表征 | 第26-38页 |
| ·二级结构 | 第27-28页 |
| ·残基暴露程度 | 第28-36页 |
| ·主链二面角 | 第36-37页 |
| ·残基相对位置 | 第37-38页 |
| ·相似结构单元搜索 | 第38-40页 |
| ·参数化 | 第38-39页 |
| ·参数自适应的搜索策略 | 第39-40页 |
| ·氨基酸统计与ROTAMER统计 | 第40页 |
| ·统计误差修正 | 第40-42页 |
| ·传统做法 | 第41页 |
| ·改进的误差修正算法 | 第41-42页 |
| ·核心堆积问题处理 | 第42-48页 |
| ·Rotamer库选择 | 第42-43页 |
| ·范德华能量项 | 第43-44页 |
| ·统计能量项与范德华能量项的结合 | 第44-48页 |
| ·序列设计算法实现 | 第48-51页 |
| ·模拟退火算法 | 第48-49页 |
| ·程序实现 | 第49-51页 |
| 第3章 设计方法的理论检验 | 第51-65页 |
| ·单位点突变测试 | 第52-54页 |
| ·序列还原率与氨基酸分布 | 第54-56页 |
| ·设计序列的结构预测分析 | 第56-61页 |
| ·二级结构预测 | 第56-57页 |
| ·三级结构预测 | 第57-61页 |
| ·SEF与ROSETTA交叉评估 | 第61-63页 |
| ·理论检验总结 | 第63-65页 |
| 第4章 设计方法的实验检验 | 第65-85页 |
| ·实验序列挑选 | 第66-68页 |
| ·设计蛋白的表达纯化 | 第68-70页 |
| ·可折叠性快速鉴定与蛋白进化 | 第70-73页 |
| ·设计蛋白核磁结构解析 | 第73-83页 |
| ·核磁共振与蛋白质结构解析 | 第74页 |
| ·Dv_1ubq蛋白核磁结构解析 | 第74-78页 |
| ·D_1cy5_M2蛋白核磁结构解析 | 第78-83页 |
| ·实验结果总结分析 | 第83-85页 |
| 第5章 总结与展望 | 第85-89页 |
| ·设计方法总结 | 第85页 |
| ·蛋白质设计的未来展望 | 第85-87页 |
| ·设计方法的继续改进 | 第86-87页 |
| ·功能蛋白设计 | 第87页 |
| ·结语 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-95页 |
| 附录 | 第95-103页 |
| 蛋白质序列设计软件包简介 | 第95-101页 |
| 蛋白质序列设计软件使用 | 第101-103页 |
| 致谢 | 第103-105页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第105页 |
