| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-26页 |
| ·引言 | 第12-13页 |
| ·结构生物信息学 | 第13-14页 |
| ·活性中心比对方法及应用 | 第14-18页 |
| ·糖苷水解酶反应机理 | 第18-20页 |
| ·蛋白激酶简介 | 第20-21页 |
| ·蛋白质结构比对在药物研发方面的应用 | 第21-23页 |
| ·研究目标和主要研究内容 | 第23-26页 |
| 第二章 TIM桶折叠类型糖苷水解酶活性位点的研究 | 第26-54页 |
| ·引言 | 第26-31页 |
| ·TIM桶折叠类型 | 第26-27页 |
| ·糖苷水解酶简介 | 第27-30页 |
| ·结构生物信息学研究酶反应机理的方法 | 第30-31页 |
| ·材料与方法 | 第31-35页 |
| ·构建实验数据集 | 第31-32页 |
| ·活性中心两两比对的方法 | 第32-34页 |
| ·构建活性中心profile | 第34-35页 |
| ·基于活性中心profile的聚类 | 第35页 |
| ·量子力学计算 | 第35页 |
| ·结果与讨论 | 第35-53页 |
| ·基于结构的多活性中心比对及聚类 | 第36-37页 |
| ·不同类别活性中心的保守特征 | 第37-49页 |
| ·量子力学（QM)分析 | 第49-53页 |
| ·结论 | 第53-54页 |
| 第三章 蛋白激酶活性中心特异性分析 | 第54-66页 |
| ·引言 | 第54-57页 |
| ·蛋白激酶简介 | 第54-56页 |
| ·蛋白激酶与抑制剂的作用 | 第56-57页 |
| ·材料与方法 | 第57-62页 |
| ·蛋白激酶与抑制剂数据集 | 第57-60页 |
| ·活性中心比对 | 第60-61页 |
| ·多活性中心profile构建 | 第61页 |
| ·计算互信息 | 第61-62页 |
| ·利用SVM预测激酶与抑制剂的结合 | 第62页 |
| ·结果与讨论 | 第62-65页 |
| ·蛋白激酶多活性中心profile | 第62-63页 |
| ·Hinge区域,特别是Gatekeeper residue,在蛋白激酶的抑制剂选择性中起了重要作用 | 第63-65页 |
| ·根据活性中心预测蛋白激酶与抑制剂的作用 | 第65页 |
| ·结论 | 第65-66页 |
| 第四章 恶性疟疾的药物-可成药靶标疾病蛋白网络的构建与其在药理学中的应用 | 第66-76页 |
| ·引言 | 第66-69页 |
| ·现代药物研发工业的发展 | 第66页 |
| ·旧的药物,新的作用——药物重利用的重要性 | 第66-68页 |
| ·结构生物信息学在药物重利用中的应用 | 第68页 |
| ·疟疾的危害与抗疟药的发展 | 第68-69页 |
| ·材料与方法 | 第69-71页 |
| ·恶性疟疾蛋白结构数据集 | 第69页 |
| ·FDA批准的药物靶标蛋白数据集 | 第69页 |
| ·利用SMAP进行活性中心两两比对 | 第69-70页 |
| ·利用FATCAT进行蛋白结构的全局比对 | 第70页 |
| ·药物-可成药疾病靶标蛋白网络的可视化 | 第70页 |
| ·基因本体富集分析 | 第70-71页 |
| ·结果与讨论 | 第71-75页 |
| ·药物结合蛋白的数据统计 | 第71页 |
| ·恶性疟疾药物-可成药靶标疾病蛋白网络 | 第71-73页 |
| ·高连接度的抗菌药有可能成为新的抗疟疾药物 | 第73-75页 |
| ·结论 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-88页 |
| 附录 | 第88-112页 |
| 致谢 | 第112-114页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第114页 |