| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| 1 文献综述 | 第9-17页 |
| ·新一代测序平台介绍 | 第9-13页 |
| ·454 测序平台 | 第9页 |
| ·Solexa 测序平台 | 第9-12页 |
| ·SOLID 测序平台 | 第12页 |
| ·各测序平台优缺点 | 第12-13页 |
| ·新一代测序平台在植物转录组研究中的应用 | 第13-15页 |
| ·新基因发现或新转录本 | 第13-14页 |
| ·SNP 的发现 | 第14页 |
| ·代谢通路的分析 | 第14-15页 |
| ·开发 EST-SSR 标记 | 第15页 |
| ·前景与展望 | 第15-17页 |
| 2 引言 | 第17-21页 |
| ·研究目的与意义 | 第17页 |
| ·烟草转录组研究 | 第17-18页 |
| ·分析流程 | 第18页 |
| ·预期目标 | 第18-21页 |
| 3 实验材料 | 第21-23页 |
| ·材料准备 | 第21页 |
| ·总 RNA 提取及 mRNA 分离 | 第21-23页 |
| 4 转录组分析结果 | 第23-36页 |
| ·实验方法 | 第23-24页 |
| ·测序质量评估及序列拼接 | 第23页 |
| ·unigene 注释分析 | 第23页 |
| ·cds 搜索 | 第23页 |
| ·WRKY 转录因子搜索 | 第23-24页 |
| ·实验结果 | 第24-30页 |
| ·测序结果及质量评估 | 第24页 |
| ·转录组数据拼接 | 第24-25页 |
| ·unigene 功能注释 | 第25-26页 |
| ·unigene 的 GO 分类和 KEGG 代谢通路分析 | 第26-30页 |
| ·SSR 分析 | 第30页 |
| ·蛋白质翻译 | 第30-31页 |
| ·WRKY 转录因子分析 | 第31-33页 |
| ·讨论 | 第33-34页 |
| ·小结 | 第34-36页 |
| 5 中烟 100 与云烟 87 差异表达基因筛选 | 第36-52页 |
| ·实验方法 | 第36页 |
| ·测序质量评估及序列拼接 | 第36页 |
| ·unigene 注释分析 | 第36页 |
| ·两烟草品种差异表达基因筛选 | 第36页 |
| ·实验结果 | 第36-49页 |
| ·中烟 100 和云烟 87 序列拼接 | 第36-40页 |
| ·序列注释 | 第40-42页 |
| ·差异表达基因的筛选和分类注释 | 第42-49页 |
| ·讨论 | 第49-50页 |
| ·小结 | 第50-52页 |
| 6 TIR-NBS-LRR 基因搜索 | 第52-58页 |
| ·实验方法 | 第52页 |
| ·Cufflinks 序列拼接 | 第52页 |
| ·TIR-NBS-LRR 基因预测 | 第52页 |
| ·实验结果 | 第52-55页 |
| ·Cufflinks 序列拼接结果 | 第52-53页 |
| ·TIR-NBS-LRR 基因预测及结构域确定 | 第53-55页 |
| ·讨论 | 第55页 |
| ·小结 | 第55-58页 |
| 7 总结与展望 | 第58-60页 |
| ·总结 | 第58页 |
| ·展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-70页 |
| ABSTRACT | 第70-72页 |
| 附表 | 第72-74页 |