| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 引言 | 第9-24页 |
| ·鱼类肠道菌群的形成 | 第9页 |
| ·鱼类肠道菌群的组成及数量 | 第9-11页 |
| ·鱼类肠道菌群的生理功能 | 第11-13页 |
| ·营养功能 | 第11-12页 |
| ·防御功能 | 第12-13页 |
| ·消化道菌群结构研究手段 | 第13-23页 |
| ·核糖体16S RNA技术 | 第14-15页 |
| ·遗传指纹技术(DNA Fingerprint Techniques) | 第15-19页 |
| ·变性梯度凝胶电泳(DGGE) | 第15-17页 |
| ·单链构象多态性(SSCP) | 第17-18页 |
| ·末端限制性片段长度多态性(TRFLP) | 第18页 |
| ·随机扩增多态性分析(RAPD) | 第18-19页 |
| ·核酸分子杂交技术 | 第19-21页 |
| ·斑点(Dotblot)杂交(点渍杂交) | 第19页 |
| ·荧光原位杂交技术(FISH) | 第19-20页 |
| ·基因芯片技术(DNA Microarrays) | 第20-21页 |
| ·实时荧光定量PCR技术(Real-time PCR) | 第21-22页 |
| ·微生物群落功能多样性的研究 | 第22-23页 |
| ·宏基因组文库(Metagenomic Libraries) | 第22页 |
| ·环境基因组标签法(EGTs) | 第22-23页 |
| ·问题与展望 | 第23-24页 |
| 第二章 不同养殖环境对鲫鱼肠道菌群的影响 | 第24-43页 |
| ·材料与方法 | 第24-30页 |
| ·材料 | 第24页 |
| ·菌种和质粒 | 第24页 |
| ·工具酶 | 第24页 |
| ·仪器和试剂 | 第24页 |
| ·溶液 | 第24-25页 |
| ·培养基 | 第25页 |
| ·鲫鱼肠道的处理 | 第25页 |
| ·水体样品菌体收集 | 第25页 |
| ·总DNA的提取 | 第25-26页 |
| ·PCR扩增 | 第26-27页 |
| ·变性梯度凝胶电泳(DGGE) | 第27-28页 |
| ·DGGE电泳凝胶制备 | 第27页 |
| ·DGGE电泳 | 第27页 |
| ·DGGE电泳条件 | 第27-28页 |
| ·DNA片段的回收和连接 | 第28页 |
| ·电泳 | 第28页 |
| ·回收 | 第28页 |
| ·DNA片段的连接 | 第28页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第28-29页 |
| ·电转化 | 第29-30页 |
| ·重组DNA的纯化 | 第29页 |
| ·转化 | 第29页 |
| ·重组子筛选 | 第29-30页 |
| ·DNA测序 | 第30页 |
| ·DGGE图谱中部分优势条带的序列分析和系统发育分析 | 第30页 |
| ·结果与分析 | 第30-39页 |
| ·总DNA的提取及PCR扩增 | 第30-32页 |
| ·DGGE指纹图谱建立及分析 | 第32-37页 |
| ·部分优势条带的序列比对与系统发育树分析 | 第37-39页 |
| ·讨论 | 第39-42页 |
| ·本章小结 | 第42-43页 |
| 第三章 草鱼肠道菌群营养分子生态的研究 | 第43-82页 |
| ·材料与方法 | 第43-45页 |
| ·样品采集及饲料成分 | 第43-44页 |
| ·菌种和质粒,工具酶,仪器和试剂,溶液,培养基 | 第44页 |
| ·草鱼肠道的处理 | 第44-45页 |
| ·总DNA的提取 | 第45页 |
| ·PCR扩增 | 第45页 |
| ·变性梯度凝胶电泳(DGGE) | 第45页 |
| ·DNA片段的回收和连接,感受态细胞的制备,电转化,重组子筛选 | 第45页 |
| ·DNA测序 | 第45页 |
| ·DGGE图谱中部分优势条带的序列分析和系统发育分析 | 第45页 |
| ·结果与分析 | 第45-81页 |
| ·肠衣粉替代豆粕对草鱼肠道菌群的影响 | 第45-53页 |
| ·总DNA的提取及PCR扩增 | 第45-47页 |
| ·DGGE指纹图谱建立及分析 | 第47-49页 |
| ·部分优势条带的序列比对与系统发育树分析 | 第49-51页 |
| ·讨论 | 第51-53页 |
| ·高能饲料对草鱼肠道菌群的影响 | 第53-60页 |
| ·总DNA的提取及PCR扩增 | 第53页 |
| ·DGGE指纹图谱建立及分析 | 第53-56页 |
| ·部分优势条带的序列比对与系统发育树分析 | 第56-58页 |
| ·讨论 | 第58-60页 |
| ·棉粕替代菜粕对草鱼肠道菌群的影响 | 第60-67页 |
| ·总DNA的提取及PCR扩增 | 第60页 |
| ·DGGE指纹图谱建立及分析 | 第60-63页 |
| ·部分优势条带的序列比对与系统发育树分析 | 第63-65页 |
| ·讨论 | 第65-67页 |
| ·饲料中玉米添加水平对草鱼肠道菌群的影响 | 第67-74页 |
| ·总DNA的提取及PCR扩增 | 第67页 |
| ·DGGE指纹图谱建立及分析 | 第67-70页 |
| ·部分优势条带的序列比对与系统发育树分析 | 第70-72页 |
| ·讨论 | 第72-74页 |
| ·DDGS替代麦芽根对草鱼肠道菌群的影响 | 第74-81页 |
| ·总DNA的提取及PCR扩增 | 第74页 |
| ·DGGE指纹图谱建立及分析 | 第74-77页 |
| ·部分优势条带的序列比对与系统发育树分析 | 第77-79页 |
| ·讨论 | 第79-81页 |
| ·本章小结 | 第81-82页 |
| 第四章 结论 | 第82-84页 |
| 参考文献 | 第84-94页 |
| 致谢 | 第94页 |
