基于新一代测序和质谱技术联合生物信息学的抗体发现平台研究
| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-30页 |
| 1.1 抗体药物介绍 | 第11-12页 |
| 1.2 抗体药物产业 | 第12-14页 |
| 1.3 单克隆抗体人源化 | 第14-15页 |
| 1.4 单克隆抗体结构 | 第15-18页 |
| 1.4.1 重链和轻链 | 第16页 |
| 1.4.2 可变区与恒定区 | 第16-17页 |
| 1.4.3 互补决定区和框架区 | 第17页 |
| 1.4.4 铰链区(hingeregion) | 第17页 |
| 1.4.5 抗体片段 | 第17-18页 |
| 1.5 纳米抗体 | 第18-19页 |
| 1.6 纳米抗体发现技术 | 第19-23页 |
| 1.6.1 噬菌体展示技术 | 第19-21页 |
| 1.6.2 细胞表面展示技术 | 第21-22页 |
| 1.6.3 mRNA/cDNA展示技术 | 第22页 |
| 1.6.4 基于高通量测序和质谱的抗体发现技术 | 第22-23页 |
| 1.7 抗体筛选技术相关的生物信息学工具 | 第23-28页 |
| 1.7.1 Linux系统 | 第23-24页 |
| 1.7.2 Perl语言 | 第24页 |
| 1.7.3 R语言 | 第24-25页 |
| 1.7.4 MiXCR软件 | 第25-27页 |
| 1.7.5 MS-GF+软件 | 第27-28页 |
| 1.7.6 Percolator软件 | 第28页 |
| 1.8 本研究的意义 | 第28-30页 |
| 第二章 材料与方法 | 第30-40页 |
| 2.1 实验材料 | 第30页 |
| 2.2 实验方法 | 第30-34页 |
| 2.2.1 动物免疫及血样采集 | 第30页 |
| 2.2.2 总RNA提取、建库及测序 | 第30-33页 |
| 2.2.3 液相色谱-串联质谱分析 | 第33-34页 |
| 2.2.4 ELISA亲和力验证分析 | 第34页 |
| 2.3 分析方法 | 第34-40页 |
| 2.3.1 数据质量评估 | 第36-37页 |
| 2.3.2 双端测序数据拼接 | 第37页 |
| 2.3.3 数据比对分析 | 第37-38页 |
| 2.3.4 克隆组装 | 第38页 |
| 2.3.5 质谱分析数据库构建 | 第38页 |
| 2.3.6 质谱数据分析 | 第38-39页 |
| 2.3.7 候选克隆序列特征联合分析 | 第39-40页 |
| 第三章 结果与分析 | 第40-46页 |
| 3.1 数据质量 | 第40页 |
| 3.2 双端测序reads拼接 | 第40-41页 |
| 3.3 序列比对分析 | 第41页 |
| 3.4 克隆组装分析 | 第41-42页 |
| 3.5 数据可视化分析 | 第42-44页 |
| 3.6 质谱数据库构建 | 第44页 |
| 3.7 质谱数据分析 | 第44页 |
| 3.8 克隆特征联合分析 | 第44-45页 |
| 3.9 实验验证 | 第45-46页 |
| 第四章 总结与展望 | 第46-48页 |
| 4.1 总结 | 第46页 |
| 4.2 讨论与展望 | 第46-48页 |
| 参考文献 | 第48-54页 |
| 附录 | 第54-55页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
| 附件 | 第57页 |
