| 摘要 | 第9-12页 |
| ABSTRACT | 第12-15页 |
| 上篇 文献综述 | 第16-58页 |
| 第一章 猪流行性腹泻病毒致病性研究 | 第16-24页 |
| 1 流行病学 | 第16-19页 |
| 1.1 PEDV经典毒株在欧洲和亚洲首次报道 | 第16页 |
| 1.2 高致病性PEDV毒株在全球范围内的蔓延传播 | 第16页 |
| 1.3 S-INDEL PEDV毒株的发现与蔓延 | 第16-17页 |
| 1.4 其他PEDV变异毒株 | 第17-18页 |
| 1.5 PEDV全球内进化历程 | 第18-19页 |
| 2 猪流行性腹泻病毒致病性 | 第19-21页 |
| 2.1 传统毒株致病性 | 第19-20页 |
| 2.2 新型非S-INDEL PEDV强毒株的兴起 | 第20页 |
| 2.3 S-INDEL毒株致病性特点 | 第20页 |
| 2.4 细胞连续传代可致弱PEDV强毒株 | 第20-21页 |
| 2.5 S基因不同位点缺失株毒力减弱 | 第21页 |
| 3 PEDV毒株间的抗原性差异 | 第21-22页 |
| 3.1 传统毒株与新兴毒株间抗原性差异 | 第21页 |
| 3.2 新兴PEDV毒株抗原性的易变性 | 第21-22页 |
| 4 猪流行性腹泻病毒诊断与预防 | 第22-24页 |
| 4.1 PEDV诊断方法 | 第22页 |
| 4.2 PEDV防控措施 | 第22-24页 |
| 第二章 猪流行性腹泻病毒遗传变异及分子功能研究 | 第24-30页 |
| 1 猪流行性腹泻病毒分子特征 | 第24页 |
| 2 开放阅读框1(ORF1a/1b)分子功能研究 | 第24页 |
| 3 纤突蛋白(S) | 第24-26页 |
| 3.1 PEDV S蛋白的结构 | 第24-25页 |
| 3.2 PEDVS蛋白的抗原性 | 第25页 |
| 3.3 蛋白水解激活纤突蛋白 | 第25-26页 |
| 4 开放阅读框3 (ORF3) | 第26页 |
| 5 小膜蛋白(E) | 第26-28页 |
| 5.1 病毒装配及形态形成 | 第26-27页 |
| 5.2 细胞凋亡 | 第27页 |
| 5.3 离子通道活性 | 第27页 |
| 5.4 病毒毒力及致病性 | 第27-28页 |
| 5.5 PEDVE蛋白功能 | 第28页 |
| 6 膜蛋白(M) | 第28页 |
| 7 核衣壳蛋白(N) | 第28-30页 |
| 第三章 猪流行性腹泻病毒与宿主蛋白互作研究 | 第30-40页 |
| 1 细胞适应性 | 第30页 |
| 2 PEDV受体 | 第30-31页 |
| 3 天然免疫在抗病毒反应过程中的作用 | 第31-37页 |
| 3.1 干扰素 | 第31-32页 |
| 3.2 干扰素刺激因子(ISGs) | 第32-34页 |
| 3.3 干扰素刺激转录产物 | 第34-36页 |
| 3.4 PEDV感染与天然免疫应答的关系 | 第36-37页 |
| 4 细胞应激 | 第37页 |
| 5 蛋白组学研究 | 第37-38页 |
| 6 细胞凋亡 | 第38-40页 |
| 参考文献 | 第40-58页 |
| 下篇 试验部分 | 第58-156页 |
| 第四章 猪流行性腹泻病毒临床株变异及流行特点 | 第58-80页 |
| 1 材料与方法 | 第59-64页 |
| 1.1 病料采集与处理 | 第59页 |
| 1.2 病毒基因组提取及阳性病料鉴定 | 第59-60页 |
| 1.3 全基因组测序引物设计 | 第60-61页 |
| 1.4 全基因组序列测定与拼接 | 第61-62页 |
| 1.5 全基因组序列对齐及变异分析 | 第62-63页 |
| 1.6 PEDV遗传进化分析 | 第63页 |
| 1.7 PEDV流行群与经典群毒株区别位点(DCP)鉴定 | 第63-64页 |
| 1.8 抗原指数和亲水性分析 | 第64页 |
| 1.9 PEDV亚洲流行时间地理演变分析 | 第64页 |
| 2 结果与分析 | 第64-71页 |
| 2.1 PEDV阳性病料的鉴定 | 第64-65页 |
| 2.2 PEDV阳性病料全基因组扩增、测序及序列拼接 | 第65页 |
| 2.3 PEDV全基因组序列的遗传进化分析 | 第65-66页 |
| 2.4 PEDV全基因组序列变异规律 | 第66-68页 |
| 2.5 PEDV遗传进化替代基因的筛选鉴定 | 第68页 |
| 2.6 PEDV纤突蛋白(S)氨基酸序列特性分析 | 第68-70页 |
| 2.7 PEDV亚洲流行亚群及特征分析 | 第70-71页 |
| 2.8 PEDV亚洲流行规律演变分析 | 第71页 |
| 3 讨论 | 第71-74页 |
| 参考文献 | 第74-80页 |
| 第五章 调控PEDV复制与感染的功能位点鉴定 | 第80-108页 |
| 1 材料与方法 | 第81-89页 |
| 1.1 细胞培养与试验试剂 | 第81页 |
| 1.2 病毒的分离 | 第81-82页 |
| 1.3 病毒的鉴定 | 第82-83页 |
| 1.4 病毒的克隆纯化与空斑计数 | 第83页 |
| 1.5 PEDV 85-7株增殖特性 | 第83-84页 |
| 1.6 PEDV 85-7株细胞传代株筛选及全基因组测定 | 第84页 |
| 1.7 细胞骨架形态观察 | 第84页 |
| 1.8 PEDV诱导Vero细胞凋亡特性分析 | 第84-85页 |
| 1.9 荧光定量PCR | 第85-86页 |
| 1.10 病毒竞争试验 | 第86页 |
| 1.11 计算分析和多序列比对 | 第86页 |
| 1.12 蛋白表达水平测定 | 第86-87页 |
| 1.13 PEDV E蛋白及其跨膜区突变体真核表达载体的构建及功能特性分析 | 第87-88页 |
| 1.14 数据统计分析 | 第88-89页 |
| 2 结果与分析 | 第89-100页 |
| 2.1 病毒的分离 | 第89页 |
| 2.2 单克隆抗体制备 | 第89-90页 |
| 2.3 PEDV 85-7株鉴定 | 第90-91页 |
| 2.4 PEDV85-7株在Vero细胞内增殖特性 | 第91-92页 |
| 2.5 PEDV 85-7株传代株的筛选及培养特性分析 | 第92-94页 |
| 2.6 PEDV 85-7株全基因组传代变异特点 | 第94-96页 |
| 2.7 S2'位点突变(R895G)生物功能鉴定 | 第96-97页 |
| 2.8 E蛋白变异株细胞感染特性分析 | 第97-100页 |
| 3 讨论 | 第100-103页 |
| 参考文献 | 第103-108页 |
| 第六章 热休克蛋白27(HSP27)的下调表达辅助PEDV逃避宿主天然免疫应答 | 第108-130页 |
| 1 材料与方法 | 第109-116页 |
| 1.1 细胞,病毒与载体 | 第109-110页 |
| 1.2 PEDV在MARC-145细胞中增殖特性 | 第110页 |
| 1.3 PEDV感染对细胞内源热休克蛋白编码基因转录水平的影响 | 第110-111页 |
| 1.4 IFN-β对PEDV复制的影响 | 第111页 |
| 1.5 荧光定量PCR | 第111页 |
| 1.6 真核表达载体的构建 | 第111-114页 |
| 1.7 IFN-β调控蛋白对PEDV复制的影响 | 第114-116页 |
| 1.8 蛋白表达水平测定 | 第116页 |
| 1.9 数据统计分析 | 第116页 |
| 2 结果与分析 | 第116-124页 |
| 2.1 PEDV 85-7株在MARC-145细胞上增殖特性 | 第116-118页 |
| 2.2 细胞内源IFN-β与PEDV感染间关系 | 第118页 |
| 2.3 IFN-β显著抑制PEDV 85-7株复制 | 第118-119页 |
| 2.4 HSP27蛋白参与PEDV感染及天然免疫应答过程 | 第119-121页 |
| 2.5 HSP27蛋白依赖IFN信号通路抑制PEDV在细胞内的复制 | 第121-122页 |
| 2.6 HSP27诱导干扰素刺激基因的转录 | 第122-123页 |
| 2.7 抑制PEDV复制的干扰素刺激基因的鉴定 | 第123-124页 |
| 3 讨论 | 第124-126页 |
| 参考文献 | 第126-130页 |
| 第七章 干扰素诱导型PEDV变异株的鉴定及机制探究 | 第130-156页 |
| 1 材料与方法 | 第132-135页 |
| 1.1 细胞,病毒与载体 | 第132页 |
| 1.2 细胞培养与病毒增殖 | 第132-133页 |
| 1.3 PEDV生长曲线与生长特性测定 | 第133页 |
| 1.4 PEDV85-7亲本株及C40突变株感染MARC-145细胞比较转录组分析 | 第133-134页 |
| 1.5 荧光定量PCR | 第134页 |
| 1.6 LncRNA参与调控PEDV的细胞内复制 | 第134-135页 |
| 1.7 数据统计学分析 | 第135页 |
| 2 结果与分析 | 第135-145页 |
| 2.1 S2'位点突变(R895G)对PEDV在MARC-145细胞中细胞病变的影响 | 第135页 |
| 2.2 S2'位点突变(R895G)对PEDV在MARC-145细胞增殖的影响 | 第135-136页 |
| 2.3 比较转录组学分析 | 第136-139页 |
| 2.4 差异表达基因的qPCR验证 | 第139页 |
| 2.5 PEDV 85-7株及C40突变株诱导细胞热休克蛋白的表达差异比较 | 第139-140页 |
| 2.6 PEDV 85-7株及传代突变株C40诱导细胞因子的表达差异比较 | 第140-142页 |
| 2.7 PEDV 85-7株及传代突变株C40感染诱导细胞ISGs的表达差异比较 | 第142-143页 |
| 2.8 宿主LncRNA对PEDV复制的影响 | 第143-145页 |
| 3 讨论 | 第145-148页 |
| 参考文献 | 第148-156页 |
| 全文总结 | 第156-158页 |
| 致谢 | 第158-160页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第160页 |
