| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-18页 |
| 1.1 转座子概述 | 第12-14页 |
| 1.1.1 转座子的发现 | 第12页 |
| 1.1.2 转座子的分类 | 第12-13页 |
| 1.1.3 LTR反转录转座子的结构 | 第13-14页 |
| 1.2 转座子水平转移 | 第14-17页 |
| 1.2.1 转座子水平转移概况 | 第14-15页 |
| 1.2.2 转座子水平转移的鉴定方法 | 第15页 |
| 1.2.3 转座子水平转移的机制 | 第15-16页 |
| 1.2.4 转座子水平转移对基因组的影响 | 第16-17页 |
| 1.3 蔷薇目LTR反转录转座子水平转移研究进展 | 第17-18页 |
| 第二章 引言 | 第18-20页 |
| 2.1 研究背景和意义 | 第18页 |
| 2.2 主要研究内容 | 第18-19页 |
| 2.3 技术路线 | 第19-20页 |
| 第三章 蔷薇目7个物种间LTR反转录转座子水平转移候选家族的鉴定 | 第20-26页 |
| 3.1 材料和方法 | 第20-22页 |
| 3.1.1 基因组数据库 | 第20页 |
| 3.1.2 构建每个物种的tRNA库 | 第20-21页 |
| 3.1.3 鉴定物种的LTR反转录转座子 | 第21页 |
| 3.1.4 LTR反转录转座子BLAST全序列比对 | 第21-22页 |
| 3.1.5 SiLiX聚类分析 | 第22页 |
| 3.1.6 LTR反转录转座子水平转移家族的筛选 | 第22页 |
| 3.2 结果与分析 | 第22-24页 |
| 3.3 小结与讨论 | 第24-26页 |
| 第四章 蔷薇目7个物种间LTR反转录转座子水平转移的鉴定 | 第26-52页 |
| 4.1 材料和方法 | 第26-27页 |
| 4.1.1 Ka/Ks纯化选择分析 | 第26页 |
| 4.1.2 序列一致性比较分析 | 第26页 |
| 4.1.3 密码子偏好性统计 | 第26页 |
| 4.1.4 蔷薇目物种关系鉴定 | 第26-27页 |
| 4.1.5 候选家族RT序列系统进化树构建 | 第27页 |
| 4.1.6 LTR反转录转座子水平转移时间估计 | 第27页 |
| 4.2 结果与分析 | 第27-49页 |
| 4.2.1 LTR反转录转座子和保守基因的进化关系比较分析 | 第27-38页 |
| 4.2.2 LTR反转录转座子密码子偏好性验证 | 第38-39页 |
| 4.2.3 物种系统进化关系的构建和分析 | 第39-41页 |
| 4.2.4 水平转移家族中LTR反转录转座子系统进化树构建和分析 | 第41-46页 |
| 4.2.5 LTR反转录转座子发生水平转移的时间估计 | 第46-49页 |
| 4.3 小结与讨论 | 第49-52页 |
| 第五章 蔷薇目LTR反转录转座子水平转移分子克隆分析 | 第52-62页 |
| 5.1 材料 | 第52-55页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第52页 |
| 5.1.2 引物 | 第52-53页 |
| 5.1.3 试剂及主要溶液配置方法 | 第53-55页 |
| 5.1.4 主要仪器 | 第55页 |
| 5.2 实验方法 | 第55-57页 |
| 5.2.1 桑树叶片,枣、梨、苹果芽总DNA的提取及检测 | 第55-56页 |
| 5.2.2 目的片段的克隆及序列验证 | 第56-57页 |
| 5.2.3 序列分析 | 第57页 |
| 5.3 结果与分析 | 第57-61页 |
| 5.4 小结与讨论 | 第61-62页 |
| 第六章 蔷薇目LTR反转录转座子水平转移的活性分析 | 第62-68页 |
| 6.1 材料和方法 | 第62-63页 |
| 6.1.1 水平转移LTR反转录转座子功能结构域注释 | 第62页 |
| 6.1.2 LTR反转录转座子水平家族中LTR反转录转座子拷贝的确定 | 第62页 |
| 6.1.3 水平转移拷贝扩增时间估计 | 第62-63页 |
| 6.2 结果与分析 | 第63-66页 |
| 6.2.1 水平转移家族LTR反转录转座子序列完整性分析 | 第63-64页 |
| 6.2.2 水平转移家族转座活性分析 | 第64-66页 |
| 6.2.3 LTR反转录转座子水平转移方向推测 | 第66页 |
| 6.3 小结与讨论 | 第66-68页 |
| 第七章 综合与讨论 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-80页 |
| 附表 | 第80-88页 |
| 在读期间发表论文及参加课题 | 第88-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
