| 中文摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-30页 |
| 1.1 研究背景 | 第13-14页 |
| 1.2 骨骼肌的结构和发育过程 | 第14-17页 |
| 1.2.1 骨骼肌的结构 | 第14页 |
| 1.2.2 骨骼肌的发生、发育过程 | 第14-16页 |
| 1.2.3 成肌细胞的增殖与分化 | 第16-17页 |
| 1.3 lncRNA研究进展 | 第17-22页 |
| 1.3.1 lncRNA的起源及分类 | 第18页 |
| 1.3.2 lncRNA的生物学功能及作用机制 | 第18-19页 |
| 1.3.3 lncRNA与骨骼肌发育 | 第19-22页 |
| 1.3.4 lncRNA与肌肉疾病 | 第22页 |
| 1.4 miRNA研究进展 | 第22-28页 |
| 1.4.1 miRNA的生物合成 | 第22-23页 |
| 1.4.2 miRNA与骨骼肌发育 | 第23-28页 |
| 1.4.3 miRNA与肌肉疾病 | 第28页 |
| 1.5 本研究的目的及意义 | 第28-30页 |
| 第二章 鸡原代成肌细胞lncRNA测序 | 第30-59页 |
| 2.1 试验材料 | 第30页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第30页 |
| 2.1.2 试验样品 | 第30页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第30页 |
| 2.1.4 主要试剂和耗材 | 第30页 |
| 2.2 试验方法 | 第30-33页 |
| 2.2.1 鸡原代成肌细胞分离、纯化和鉴定 | 第30-31页 |
| 2.2.2 成肌细胞培养和诱导分化 | 第31-32页 |
| 2.2.3 总RNA提取 | 第32页 |
| 2.2.4 RNA质量检测 | 第32页 |
| 2.2.5 cDNA文库构建 | 第32-33页 |
| 2.2.6 文库测序 | 第33页 |
| 2.3 测序数据处理及生物信息学分析 | 第33-35页 |
| 2.3.1 测序数据质量检测 | 第33-34页 |
| 2.3.2 序列比对及组装 | 第34页 |
| 2.3.3 lncRNA的鉴定 | 第34页 |
| 2.3.4 mRNA和lncRNA的表达水平分析 | 第34页 |
| 2.3.5 lncRNA功能预测 | 第34-35页 |
| 2.3.6 GO和KEGG分析 | 第35页 |
| 2.4 RT-qPCR验证 | 第35-37页 |
| 2.4.1 cDNA反转录 | 第35页 |
| 2.4.2 荧光定量PCR | 第35-37页 |
| 2.5 结果与分析 | 第37-55页 |
| 2.5.1 鸡原代成肌细胞培养与鉴定 | 第37-38页 |
| 2.5.2 总RNA提取及质量检测 | 第38-39页 |
| 2.5.3 RNA-seq测序质量评估与质控 | 第39-40页 |
| 2.5.4 参考基因组比对分析 | 第40-42页 |
| 2.5.5 lncRNA的筛选和鉴定 | 第42页 |
| 2.5.6 lncRNA的基因组特征分析 | 第42-43页 |
| 2.5.7 lncRNA靶基因预测及功能分析 | 第43-44页 |
| 2.5.8 鸡原代成肌细胞分化不同阶段间差异表达基因 | 第44-48页 |
| 2.5.9 差异表达基因功能注释 | 第48-50页 |
| 2.5.10 差异表达基因聚类分析 | 第50-53页 |
| 2.5.11 差异表达基因RT-qPCR验证 | 第53-55页 |
| 2.6 讨论 | 第55-58页 |
| 2.7 小结 | 第58-59页 |
| 第三章 差异表达lncRNA-mRNA互作网络构建 | 第59-87页 |
| 3.1 试验材料 | 第59页 |
| 3.2 试验方法 | 第59-62页 |
| 3.2.1 差异表达lncRNA及其cis靶基因互作网络构建 | 第59页 |
| 3.2.2 WGCNA共表达网络分析 | 第59页 |
| 3.2.3 功能富集分析 | 第59-60页 |
| 3.2.4 RT-qPCR验证 | 第60-62页 |
| 3.2.4.1 cDNA反转录 | 第60页 |
| 3.2.4.2 荧光定量PCR | 第60-62页 |
| 3.3 结果与分析 | 第62-83页 |
| 3.3.1 差异表达lncRNA与cis靶基因互作网络的构建 | 第62页 |
| 3.3.2 lncRNA-mRNA功能富集分析 | 第62-72页 |
| 3.3.3 RT-qPCR验证 | 第72-74页 |
| 3.3.4 差异表达基因共表达网络构建和模块划分 | 第74-75页 |
| 3.3.5 阶段特异性模块鉴定 | 第75页 |
| 3.3.6 基因模块的GO功能富集分析 | 第75-79页 |
| 3.3.7 枢纽基因鉴定与可视化 | 第79-83页 |
| 3.4 讨论 | 第83-86页 |
| 3.5 小结 | 第86-87页 |
| 第四章 鸡原代成肌细胞miRNA测序 | 第87-116页 |
| 4.1 试验材料 | 第87-88页 |
| 4.1.1 试验动物 | 第87页 |
| 4.1.2 试验样品 | 第87页 |
| 4.1.3 主要仪器设备 | 第87-88页 |
| 4.1.4 主要试剂 | 第88页 |
| 4.2 试验方法 | 第88-89页 |
| 4.2.1 鸡原代成肌细胞分离、纯化和鉴定 | 第88页 |
| 4.2.2 成肌细胞培养和诱导分化 | 第88页 |
| 4.2.3 总RNA提取 | 第88页 |
| 4.2.4 RNA质量检测 | 第88页 |
| 4.2.5 小RNA文库构建 | 第88-89页 |
| 4.2.6 小RNA文库测序 | 第89页 |
| 4.3 测序数据处理及生物信息学分析 | 第89-92页 |
| 4.3.1 测序数据预处理 | 第89-90页 |
| 4.3.2 小RNA长度筛选 | 第90页 |
| 4.3.3 基因组比对分析 | 第90页 |
| 4.3.4 sRNA分类注释 | 第90页 |
| 4.3.5 miRNA表达及差异分析 | 第90页 |
| 4.3.6 miRNAs靶标通路分析 | 第90-91页 |
| 4.3.7 miRNA-mRNA联合分析 | 第91页 |
| 4.3.8 RT-qPCR验证 | 第91-92页 |
| 4.4 结果与分析 | 第92-111页 |
| 4.4.1 RNA-seq测序质量评估与质控 | 第92-94页 |
| 4.4.2 Clean Reads序列长度分布特征 | 第94页 |
| 4.4.3 参考基因组比对分析 | 第94-95页 |
| 4.4.4 小RNA分类注释 | 第95-97页 |
| 4.4.5 已知miRNA分析 | 第97页 |
| 4.4.6 新miRNA分析 | 第97-98页 |
| 4.4.7 miRNAs文库分组差异比较 | 第98-99页 |
| 4.4.8 miRNAs文库中高丰度miRNA分析 | 第99-101页 |
| 4.4.9 不同阶段间差异表达miRNAs分析 | 第101-102页 |
| 4.4.10 鸡成肌细胞不同分化阶段差异miRNAs的KEGG分析 | 第102-103页 |
| 4.4.11 DEMs靶基因预测及功能富集分析 | 第103-106页 |
| 4.4.12 差异表达miRNAs及其靶基因间的互作调控网络 | 第106-110页 |
| 4.4.13 测序结果的可靠性验证 | 第110-111页 |
| 4.5 讨论 | 第111-115页 |
| 4.6 小结 | 第115-116页 |
| 第五章 全文结论 | 第116-118页 |
| 5.1 研究结论 | 第116页 |
| 5.2 论文创新之处 | 第116-117页 |
| 5.3 展望 | 第117-118页 |
| 参考文献 | 第118-141页 |
| 致谢 | 第141-142页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第142-143页 |
