| 中文摘要 | 第4-7页 |
| abstract | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第15-27页 |
| 1.1 肾癌 | 第15-20页 |
| 1.1.1 肾癌的流行病学 | 第15-16页 |
| 1.1.2 病理生理学及遗传因素 | 第16-17页 |
| 1.1.3 肾癌的诊断 | 第17-18页 |
| 1.1.4 转移性肾癌治疗 | 第18-20页 |
| 1.2 基因芯片数据的生物信息学分析 | 第20-26页 |
| 1.2.1 数据预处理 | 第23页 |
| 1.2.2 差异表达基因分析 | 第23-24页 |
| 1.2.3 聚类分析 | 第24-25页 |
| 1.2.4 生物信息学的研究意义 | 第25-26页 |
| 1.3 本研究的目的与意义 | 第26-27页 |
| 第2章 转移性肾透明细胞癌生物靶标识别 | 第27-45页 |
| 2.1 引言 | 第27-28页 |
| 2.2 材料和方法 | 第28-32页 |
| 2.2.1 芯片数据来源 | 第28-30页 |
| 2.2.2 芯片数据预处理 | 第30页 |
| 2.2.3 差异表达基因筛选 | 第30页 |
| 2.2.4 差异表达基因聚类分析 | 第30页 |
| 2.2.5 差异基因功能、通路富集分析 | 第30-31页 |
| 2.2.6 蛋白互作网络构建 | 第31-32页 |
| 2.2.7 相关药物小分子的筛选 | 第32页 |
| 2.3 结果 | 第32-41页 |
| 2.3.0 差异表达基因筛选 | 第32-33页 |
| 2.3.1 两种组织样本基因表达的差异程度比较 | 第33-34页 |
| 2.3.2 差异基因功能、通路富集分析 | 第34-37页 |
| 2.3.3 差异表达蛋白PPI网络的构建 | 第37-39页 |
| 2.3.4 相关药物小分子的筛选 | 第39-41页 |
| 2.4 讨论 | 第41-45页 |
| 第3章 芯片数据的蛋白互作网络及代谢通路分析 | 第45-69页 |
| 3.1 引言 | 第45页 |
| 3.2 材料和方法 | 第45-49页 |
| 3.2.1 表达谱数据获取 | 第45-46页 |
| 3.2.2 表达谱数据预处理 | 第46页 |
| 3.2.3 差异基因识别 | 第46-47页 |
| 3.2.4 差异表达基因的功能富集分析 | 第47页 |
| 3.2.5 差异基因的通路聚类分析 | 第47页 |
| 3.2.6 蛋白质相互作用网络 | 第47-48页 |
| 3.2.7 网络模块分析 | 第48页 |
| 3.2.8 疾病相关miRNA的预测 | 第48页 |
| 3.2.9 转录调控网络分析 | 第48-49页 |
| 3.3 结果 | 第49-65页 |
| 3.3.1 数据预处理 | 第49-50页 |
| 3.3.2 差异表达基因筛选 | 第50-51页 |
| 3.3.3 差异表达基因的功能富集 | 第51-53页 |
| 3.3.4 差异表达基因的功能聚类分析 | 第53-56页 |
| 3.3.5 重要通路展示 | 第56-57页 |
| 3.3.6 蛋白质相互作用网络 | 第57-61页 |
| 3.3.7 子网络模块分析 | 第61-63页 |
| 3.3.8 miRNA-靶基因预测 | 第63-64页 |
| 3.3.9 转录调控网络分析 | 第64-65页 |
| 3.4 讨论 | 第65-69页 |
| 第4章 两组芯片差异表达基因综合对比分析 | 第69-78页 |
| 4.1 引言 | 第69页 |
| 4.2 材料和方法 | 第69-70页 |
| 4.2.1 两组差异基因的对比 | 第69页 |
| 4.2.2 共有差异基因的功能分析 | 第69-70页 |
| 4.2.3 共有差异基因的相互作用分析 | 第70页 |
| 4.2.4 TF调控靶基因关系预测与网络构建 | 第70页 |
| 4.3 结果 | 第70-75页 |
| 4.3.1 两组差异基因的对比 | 第70-72页 |
| 4.3.2 共有差异基因的功能分析 | 第72页 |
| 4.3.3 共有差异表达蛋白的相互作用分析 | 第72-73页 |
| 4.3.4 TF-靶基因关系预测 | 第73-75页 |
| 4.4 讨论 | 第75-78页 |
| 第5章 共有差异基因在转移和非转移人肾透明细胞癌组织中表达的验证 | 第78-88页 |
| 5.1 引言 | 第78页 |
| 5.2 材料与方法 | 第78-83页 |
| 5.2.1 材料与试剂 | 第78-79页 |
| 5.2.2 仪器与试剂 | 第79-80页 |
| 5.2.3 实验方法 | 第80-81页 |
| 5.2.4 RT-qPCR实验 | 第81-83页 |
| 5.2.5 统计学分析 | 第83页 |
| 5.3 实验结果 | 第83-85页 |
| 5.3.1 上调差异表达基因验证 | 第83-84页 |
| 5.3.2 下调差异表达基因验证 | 第84-85页 |
| 5.4 讨论 | 第85-88页 |
| 第6章 细胞水平验证差异表达基因的生物学功能 | 第88-102页 |
| 6.1 引言 | 第88页 |
| 6.2 材料与方法 | 第88-95页 |
| 6.2.1 细胞株 | 第88页 |
| 6.2.2 仪器与试剂 | 第88-90页 |
| 6.2.3 实验方法 | 第90-95页 |
| 6.2.4 统计学分析 | 第95页 |
| 6.3 实验结果 | 第95-99页 |
| 6.3.1 不同迁移能力细胞中基因表达的检测 | 第95-96页 |
| 6.3.2 shKRT7对细胞增殖和迁移能力的影响 | 第96-99页 |
| 6.4 讨论 | 第99-102页 |
| 结论 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-126页 |
| 作者简介及科研成果 | 第126-127页 |
| 致谢 | 第127页 |