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基于芯片数据对肾癌转移和非转移的生物网络分析及代谢通路分析

中文摘要第4-7页
abstract第7-9页
第1章 绪论第15-27页
    1.1 肾癌第15-20页
        1.1.1 肾癌的流行病学第15-16页
        1.1.2 病理生理学及遗传因素第16-17页
        1.1.3 肾癌的诊断第17-18页
        1.1.4 转移性肾癌治疗第18-20页
    1.2 基因芯片数据的生物信息学分析第20-26页
        1.2.1 数据预处理第23页
        1.2.2 差异表达基因分析第23-24页
        1.2.3 聚类分析第24-25页
        1.2.4 生物信息学的研究意义第25-26页
    1.3 本研究的目的与意义第26-27页
第2章 转移性肾透明细胞癌生物靶标识别第27-45页
    2.1 引言第27-28页
    2.2 材料和方法第28-32页
        2.2.1 芯片数据来源第28-30页
        2.2.2 芯片数据预处理第30页
        2.2.3 差异表达基因筛选第30页
        2.2.4 差异表达基因聚类分析第30页
        2.2.5 差异基因功能、通路富集分析第30-31页
        2.2.6 蛋白互作网络构建第31-32页
        2.2.7 相关药物小分子的筛选第32页
    2.3 结果第32-41页
        2.3.0 差异表达基因筛选第32-33页
        2.3.1 两种组织样本基因表达的差异程度比较第33-34页
        2.3.2 差异基因功能、通路富集分析第34-37页
        2.3.3 差异表达蛋白PPI网络的构建第37-39页
        2.3.4 相关药物小分子的筛选第39-41页
    2.4 讨论第41-45页
第3章 芯片数据的蛋白互作网络及代谢通路分析第45-69页
    3.1 引言第45页
    3.2 材料和方法第45-49页
        3.2.1 表达谱数据获取第45-46页
        3.2.2 表达谱数据预处理第46页
        3.2.3 差异基因识别第46-47页
        3.2.4 差异表达基因的功能富集分析第47页
        3.2.5 差异基因的通路聚类分析第47页
        3.2.6 蛋白质相互作用网络第47-48页
        3.2.7 网络模块分析第48页
        3.2.8 疾病相关miRNA的预测第48页
        3.2.9 转录调控网络分析第48-49页
    3.3 结果第49-65页
        3.3.1 数据预处理第49-50页
        3.3.2 差异表达基因筛选第50-51页
        3.3.3 差异表达基因的功能富集第51-53页
        3.3.4 差异表达基因的功能聚类分析第53-56页
        3.3.5 重要通路展示第56-57页
        3.3.6 蛋白质相互作用网络第57-61页
        3.3.7 子网络模块分析第61-63页
        3.3.8 miRNA-靶基因预测第63-64页
        3.3.9 转录调控网络分析第64-65页
    3.4 讨论第65-69页
第4章 两组芯片差异表达基因综合对比分析第69-78页
    4.1 引言第69页
    4.2 材料和方法第69-70页
        4.2.1 两组差异基因的对比第69页
        4.2.2 共有差异基因的功能分析第69-70页
        4.2.3 共有差异基因的相互作用分析第70页
        4.2.4 TF调控靶基因关系预测与网络构建第70页
    4.3 结果第70-75页
        4.3.1 两组差异基因的对比第70-72页
        4.3.2 共有差异基因的功能分析第72页
        4.3.3 共有差异表达蛋白的相互作用分析第72-73页
        4.3.4 TF-靶基因关系预测第73-75页
    4.4 讨论第75-78页
第5章 共有差异基因在转移和非转移人肾透明细胞癌组织中表达的验证第78-88页
    5.1 引言第78页
    5.2 材料与方法第78-83页
        5.2.1 材料与试剂第78-79页
        5.2.2 仪器与试剂第79-80页
        5.2.3 实验方法第80-81页
        5.2.4 RT-qPCR实验第81-83页
        5.2.5 统计学分析第83页
    5.3 实验结果第83-85页
        5.3.1 上调差异表达基因验证第83-84页
        5.3.2 下调差异表达基因验证第84-85页
    5.4 讨论第85-88页
第6章 细胞水平验证差异表达基因的生物学功能第88-102页
    6.1 引言第88页
    6.2 材料与方法第88-95页
        6.2.1 细胞株第88页
        6.2.2 仪器与试剂第88-90页
        6.2.3 实验方法第90-95页
        6.2.4 统计学分析第95页
    6.3 实验结果第95-99页
        6.3.1 不同迁移能力细胞中基因表达的检测第95-96页
        6.3.2 shKRT7对细胞增殖和迁移能力的影响第96-99页
    6.4 讨论第99-102页
结论第102-103页
参考文献第103-126页
作者简介及科研成果第126-127页
致谢第127页

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