| 摘要 | 第7-8页 |
| abstract | 第8-9页 |
| 英文缩略表 | 第16-20页 |
| 研究的目的与意义 | 第20页 |
| 研究技术路线 | 第20-21页 |
| 第一章 引言 | 第21-30页 |
| 1.1 猪饲料利用效率性状的演进及生物影响因素 | 第21-23页 |
| 1.1.1 猪饲料利用效率性状的演进 | 第21页 |
| 1.1.2 影响饲料利用效率的生物因素 | 第21-23页 |
| 1.2 饲料利用效率性状与生长及肉质性状 | 第23-24页 |
| 1.2.1 饲料利用效率与猪的生长特性之间的关系 | 第23-24页 |
| 1.2.2 饲料利用效率与猪的胴体性状的遗传关系 | 第24页 |
| 1.2.3 饲料利用效率与猪的其他性状 | 第24页 |
| 1.3 饲料利用效率性状的基因功能研究进展 | 第24-30页 |
| 1.3.1 饲料利用效率及生长相关性状的基因功能研究 | 第25页 |
| 1.3.2 饲料利用效率性状的全基因组关联分析研究 | 第25-27页 |
| 1.3.3 饲料利用效率性状的mRNA表达谱研究 | 第27-30页 |
| 第二章 RFI性状候选基因功能验证 | 第30-56页 |
| 2.1 MAP3K5基因的基因结构、SNP及DNA的拷贝数变异与RFI之间的关系 | 第30-48页 |
| 2.1.1 研究背景 | 第30页 |
| 2.1.2 实验材料与方法 | 第30-38页 |
| 2.1.3 实验结果与分析 | 第38-45页 |
| 2.1.4 讨论 | 第45-48页 |
| 2.2 GPX2基因与饲料利用效率及生长相关性状间的关系 | 第48-56页 |
| 2.2.1 研究背景 | 第48页 |
| 2.2.2 实验材料与方法 | 第48-50页 |
| 2.2.3 实验结果与分析 | 第50-54页 |
| 2.2.4 讨论 | 第54-56页 |
| 第三章 饲料利用效率相关性状的GWAS研究 | 第56-84页 |
| 3.1 实验材料 | 第56页 |
| 3.1.1 实验相关数据采集 | 第56页 |
| 3.1.2 SNP分型样品准备 | 第56页 |
| 3.2 遗传参数相关数据整理 | 第56-58页 |
| 3.2.1 数据整理 | 第56-57页 |
| 3.2.2 MTDFREML软件 | 第57-58页 |
| 3.2.3 遗传力的计算 | 第58页 |
| 3.2.4 表型相关 | 第58页 |
| 3.3 GWAS实验方法 | 第58-62页 |
| 3.3.1 SNP芯片分型 | 第58页 |
| 3.3.2 SNP芯片质量控制 | 第58-59页 |
| 3.3.3 表型数据的统计 | 第59页 |
| 3.3.4 全基因组关联分析 | 第59-60页 |
| 3.3.5 多重假设检验校正 | 第60-61页 |
| 3.3.6 群体分层检验 | 第61页 |
| 3.3.7 基因注释及候选基因数据挖掘 | 第61-62页 |
| 3.4 实验结果与分析 | 第62-78页 |
| 3.4.1 饲料利用性状的表型分析 | 第62-63页 |
| 3.4.2 SNP质控结果 | 第63-65页 |
| 3.4.3 6种RFI性状的全基因组关联分析 | 第65-70页 |
| 3.4.4 FCR性状的GWAS分析结果 | 第70-72页 |
| 3.4.5 饲料利用效率其他相关性状的GWAS分析结果 | 第72-76页 |
| 3.4.6 饲料利用效率性状的群体分层分析结果 | 第76-78页 |
| 3.5 讨论 | 第78-83页 |
| 3.5.1 饲料利用效率相关性状的表型值讨论 | 第78-79页 |
| 3.5.2 RFI性状6种算法的GWAS分析结果 | 第79-81页 |
| 3.5.3 饲料利用效率及生长性状的候选基因注释 | 第81-83页 |
| 3.5.4 群体分层讨论 | 第83页 |
| 3.6 本章小结 | 第83-84页 |
| 第四章 杜洛克猪RFI高低组垂体组织的差异基因表达 | 第84-101页 |
| 4.1 实验材料 | 第84页 |
| 4.1.1 实验数据收集 | 第84页 |
| 4.1.2 实验样品 | 第84页 |
| 4.2 实验方法 | 第84-86页 |
| 4.2.1 垂体mRNA的提取 | 第84页 |
| 4.2.2 cDNA文库的构建及测序 | 第84-85页 |
| 4.2.3 数据分析 | 第85-86页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第86-95页 |
| 4.3.1 饲料利用效率性状高低组统计 | 第86-87页 |
| 4.3.2 RNA质量检测 | 第87页 |
| 4.3.3 测序质量分析 | 第87-89页 |
| 4.3.4 剩余采食量高低组间差异基因表达 | 第89-91页 |
| 4.3.5 剩余采食量高低组间差异表达基因功能富集分析 | 第91-94页 |
| 4.3.6 GWAS得到的候选基因在RFI高低组垂体中的表达 | 第94-95页 |
| 4.4 讨论 | 第95-100页 |
| 4.4.1 RFI高低组杜洛克猪垂体表达调控差异 | 第95-99页 |
| 4.4.2 GWAS得到的候选基因在RFI高低组垂体中的功能 | 第99-100页 |
| 4.5 本章小结 | 第100-101页 |
| 第五章 全文结论 | 第101-102页 |
| 下一步需要解决的问题 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-125页 |
| 附录 | 第125-128页 |
| 致谢 | 第128-129页 |
| 作者简历 | 第129-130页 |
