基于距离的进化树系统的并行算法研究
| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-16页 |
| 1.1 课题的背景、目的及意义 | 第8页 |
| 1.2 课题的发展与国内外研究现状 | 第8-13页 |
| 1.3 课题的应用前景和学术价值 | 第13-14页 |
| 1.4 本文的研究内容 | 第14-16页 |
| 第2章 进化树相关理论和技术 | 第16-28页 |
| 2.1 构建进化树的过程 | 第16-22页 |
| 2.1.1 序列比对 | 第16-19页 |
| 2.1.2 距离矩阵 | 第19-20页 |
| 2.1.3 距离法构树 | 第20-22页 |
| 2.2 并行技术 | 第22-27页 |
| 2.2.1 GPU并行技术 | 第22-24页 |
| 2.2.2 OpenMP并行技术 | 第24-26页 |
| 2.2.3 阿姆达尔定律 | 第26-27页 |
| 2.3 小结 | 第27-28页 |
| 第3章 序列比对 | 第28-39页 |
| 3.1 多序列比对 | 第28-31页 |
| 3.1.1 算法描述 | 第28页 |
| 3.1.2 算法实例 | 第28-31页 |
| 3.2 多序列比对并行算法 | 第31-38页 |
| 3.2.1 并行算法设计与实现 | 第31-35页 |
| 3.2.2 并行算法实验结果 | 第35-37页 |
| 3.2.3 算法复杂度分析 | 第37-38页 |
| 3.3 小结 | 第38-39页 |
| 第4章 距离矩阵的计算 | 第39-54页 |
| 4.1 串行算法 | 第39-40页 |
| 4.2 基于OpenMP+GPU的并行算法 | 第40-53页 |
| 4.2.1 并行算法的设计与实现 | 第43-51页 |
| 4.2.2 实验结果 | 第51-53页 |
| 4.3 小结 | 第53-54页 |
| 第5章 构建进化树 | 第54-62页 |
| 5.1 生物数据说明 | 第54-55页 |
| 5.2 实验结果 | 第55-58页 |
| 5.2.1 多序列两两比对 | 第55-56页 |
| 5.2.2 距离矩阵 | 第56-57页 |
| 5.2.3 完整的构树过程 | 第57-58页 |
| 5.3 生成的进化树 | 第58-61页 |
| 5.4 小结 | 第61-62页 |
| 结论 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第69-70页 |
| 附录1 甲型流感病毒亚型基本信息 | 第70-74页 |
