利用深度测序技术定位水稻穗长QTL
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 引言 | 第11-13页 |
| 1 文献综述 | 第13-21页 |
| 1.1 水稻穗长的QTL定位研究现状 | 第13页 |
| 1.2 QTL定位的方法 | 第13-17页 |
| 1.2.1 分子标记连锁图谱的构建 | 第14-15页 |
| 1.2.2 QTL定位的原理与方法 | 第15-17页 |
| 1.2.3 QTL定位的现状 | 第17页 |
| 1.3 新一代DNA测序技术 | 第17-21页 |
| 1.3.1 有代表性的新一代DNA测序仪 | 第17-18页 |
| 1.3.2 Illumina测序仪简介 | 第18-19页 |
| 1.3.3 新一代测序技术的发展与应用 | 第19-20页 |
| 1.3.4 用于分析测序数据的工具 | 第20-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-26页 |
| 2.1 数据来源 | 第21页 |
| 2.2 数据处理 | 第21-24页 |
| 2.2.1 初步过滤低质量的读段 | 第21-22页 |
| 2.2.2 修剪读段 | 第22-23页 |
| 2.2.3 定位读段 | 第23页 |
| 2.2.4 整合定位结果 | 第23-24页 |
| 2.2.5 SNP检测 | 第24页 |
| 2.2.6 转换与颠换SNP类型的统计 | 第24页 |
| 2.3 QTL分析 | 第24-26页 |
| 2.3.1 求全基因组差值的变化 | 第24-25页 |
| 2.3.2 显著阈值估计 | 第25页 |
| 2.3.3 QTL定位 | 第25-26页 |
| 3 结果与分析 | 第26-40页 |
| 3.1 读段数据处理结果 | 第26-33页 |
| 3.1.1 读段修剪结果 | 第26-27页 |
| 3.1.2 读段定位结果 | 第27页 |
| 3.1.3 定位结果的整合 | 第27-31页 |
| 3.1.4 SNP检测结果 | 第31-33页 |
| 3.2 水稻穗长的QTL定位 | 第33-40页 |
| 3.2.1 全基因组差值的变化 | 第33-38页 |
| 3.2.2 穗长的QTL定位 | 第38-40页 |
| 4 结论与讨论 | 第40-45页 |
| 4.1 关于读段的定位 | 第40页 |
| 4.2 关于SNP的检测 | 第40-42页 |
| 4.2.1 测序深度 | 第40-41页 |
| 4.2.2 SNP检测的覆盖深度 | 第41-42页 |
| 4.3 水稻穗长的QTL分析 | 第42-43页 |
| 4.3.1 关于区间的样本量 | 第42页 |
| 4.3.2 DNA池的大小及曲线的波动问题 | 第42页 |
| 4.3.3 与标记连锁分析得到的定位结果的比较 | 第42-43页 |
| 4.4 展望 | 第43-45页 |
| 参考文献 | 第45-50页 |
| 附录 | 第50-53页 |
| 致谢 | 第53页 |
