| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第1章 文献综述 | 第10-25页 |
| 1.1 研究背景 | 第10页 |
| 1.2 爱德华氏菌概述及分类历史 | 第10-17页 |
| 1.2.1 迟钝爱德华氏菌主要生理生化特征 | 第12-13页 |
| 1.2.2 迟钝爱德华氏菌血清型分型 | 第13-14页 |
| 1.2.3 迟钝爱德华氏菌基因型分型 | 第14-16页 |
| 1.2.4 迟钝爱德华氏菌分子分型 | 第16-17页 |
| 1.3 Edwardsiella基因组研究进展 | 第17-23页 |
| 1.3.1 Edwardsiella典型菌株毒力水平 | 第17-18页 |
| 1.3.2 爱德华氏菌基因组测序概况 | 第18-20页 |
| 1.3.3 Edwardsiella主要毒力相关基因岛 | 第20-23页 |
| 1.4 本课题研究内容及意义 | 第23-25页 |
| 第2章 爱德华氏菌属重分类研究 | 第25-47页 |
| 2.1 前言 | 第25页 |
| 2.2 实验材料 | 第25-29页 |
| 2.2.1 实验菌株 | 第25-28页 |
| 2.2.2 实验所使用的引物及测序 | 第28页 |
| 2.2.3 实验所用培养基及试剂 | 第28-29页 |
| 2.2.4 实验所用软件 | 第29页 |
| 2.3 实验方法 | 第29-32页 |
| 2.3.1 菌株培养及基因组抽提 | 第29页 |
| 2.3.2 16S rDNA和看家基因片段测序 | 第29-30页 |
| 2.3.3 系统发育进化树的构建 | 第30页 |
| 2.3.4 表型特征鉴定 | 第30-31页 |
| 2.3.5 菌株脂肪酸成分,醌类和极性脂质成分测定 | 第31页 |
| 2.3.6 菌株LD_(50)数值的测定 | 第31页 |
| 2.3.7 核酸序列保藏号 | 第31-32页 |
| 2.4 实验结果 | 第32-45页 |
| 2.4.1 基于16S rDNA序列的Edwardsiella菌株进化树的构建 | 第32页 |
| 2.4.2 基于看家基因序列的Edwardsiella菌株MLST亲缘关系分析 | 第32页 |
| 2.4.3 基于看家基因序列的Edwardsiella菌株MLSA系统发生树构建 | 第32-35页 |
| 2.4.4 看家基因MLSA结果评估 | 第35-36页 |
| 2.4.5 Edwardsiella菌株生理生化表型鉴定 | 第36-44页 |
| 2.4.6 ET080813~T毒力水平的测定 | 第44-45页 |
| 2.5 E.anguillarum描述 | 第45页 |
| 2.6 小结与讨论 | 第45-47页 |
| 第3章 鳗鲡爱德华氏菌全基因组测序及比较基因组学研究 | 第47-63页 |
| 3.1 前言 | 第47页 |
| 3.2 实验材料 | 第47-48页 |
| 3.2.1 实验菌株及质粒 | 第47页 |
| 3.2.2 实验所用引物 | 第47页 |
| 3.2.3 实验所用试剂 | 第47-48页 |
| 3.2.4 实验所用软件 | 第48页 |
| 3.3 实验方法 | 第48-51页 |
| 3.3.1 菌株培养及基因组抽提 | 第48页 |
| 3.3.2 ET080813~T基因组草图中Contig关系的确认及gap拼接 | 第48-50页 |
| 3.3.3 载体克隆 | 第50页 |
| 3.3.4 基因组拼接及数据分析 | 第50页 |
| 3.3.5 Edwardsiella菌株基因组重测序 | 第50-51页 |
| 3.3.6 基因组同源比对 | 第51页 |
| 3.3.7 DDH模拟和ANI数值计算 | 第51页 |
| 3.3.8 核酸序列保藏号 | 第51页 |
| 3.4 实验结果 | 第51-62页 |
| 3.4.1 E.anguillarum ET080813~T草图数据 | 第51页 |
| 3.4.2 E.anguillarum ET080813~T基因组拼接 | 第51-52页 |
| 3.4.3 E.anguillarum ET080813~T基因组信息 | 第52-55页 |
| 3.4.4 基于RAST对E.anguillarum ET080813~T基因组注释 | 第55页 |
| 3.4.5 其他Edwardsiella菌株基因组重测序 | 第55-56页 |
| 3.4.6 Edwardsiella菌株比较基因组研究 | 第56-58页 |
| 3.4.7 Edwardsiella菌株ANI和DDH | 第58-61页 |
| 3.4.8 DDH与MLSA相关性分析 | 第61-62页 |
| 3.5 小结与讨论 | 第62-63页 |
| 第4章 E.anguillarum毒力分泌系统相关基因岛 | 第63-74页 |
| 4.1 前言 | 第63页 |
| 4.2 实验材料 | 第63-64页 |
| 4.2.1 实验菌株 | 第63页 |
| 4.2.2 实验所用引物和测序 | 第63-64页 |
| 4.2.3 实验所用培养基,试剂 | 第64页 |
| 4.2.4 实验所用软件 | 第64页 |
| 4.3 实验方法 | 第64-65页 |
| 4.3.1 菌株培养 | 第64页 |
| 4.3.2 相关基因PCR验证 | 第64页 |
| 4.3.3 ECP组分蛋白电泳 | 第64-65页 |
| 4.3.4 蛋白质谱鉴定 | 第65页 |
| 4.4 实验结果 | 第65-73页 |
| 4.4.1 基于E.anguillarum ET080813~T基因组预测T3SS和T6SS | 第65-69页 |
| 4.4.2 Edwardsiella菌株PCR验证T3SS和T6SS | 第69-70页 |
| 4.4.3 E.anguillarum胞外蛋白组分鉴定 | 第70-73页 |
| 4.5 小结与讨论 | 第73-74页 |
| 第5章 结论与展望 | 第74-76页 |
| 5.1 结论 | 第74页 |
| 5.2 展望 | 第74-76页 |
| 缩略语 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-81页 |
| 攻读硕士学位期间研究成果 | 第81-82页 |
| 致谢 | 第82页 |
