| 摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3页 |
| 第一章 绪论 | 第6-9页 |
| 1.1 蛋白-蛋白研究的目的与意义 | 第6页 |
| 1.2 蛋白-蛋白对接研究现状 | 第6-9页 |
| 1.2.1 ZDOCK软件 | 第7页 |
| 1.2.2 RosettaDock软件 | 第7-8页 |
| 1.2.3 HADDOCK软件 | 第8-9页 |
| 第二章 蛋白-蛋白分子对接 | 第9-17页 |
| 2.1 蛋白-蛋白对接流程 | 第9页 |
| 2.2 构象搜索方法 | 第9-13页 |
| 2.2.1 全局搜索 | 第9-11页 |
| 2.2.2 局部特征匹配方法 | 第11-12页 |
| 2.2.3 随机搜索 | 第12-13页 |
| 2.3 打分函数 | 第13-17页 |
| 2.3.1 基于力场的打分函数 | 第13页 |
| 2.3.2 基于经验的打分函数 | 第13-14页 |
| 2.3.3 基于知识的打分函数 | 第14-15页 |
| 2.3.4 组合打分 | 第15-17页 |
| 第三章 蛋白-蛋白对接中打分函数设计 | 第17-23页 |
| 3.1 数据集的选取 | 第17页 |
| 3.2 PyRosetta生成构象 | 第17-19页 |
| 3.3 特征值的选取 | 第19-20页 |
| 3.4 模型的训练 | 第20-23页 |
| 第四章 打分函数的测试结果 | 第23-38页 |
| 4.1 模型评估标准 | 第23页 |
| 4.2 距离的挑选 | 第23-26页 |
| 4.3 测试结果及与PyRosetta软件打分函数的比较 | 第26-35页 |
| 4.3.1 Benchmark 4.0 测试集 | 第26-28页 |
| 4.3.2 Dockground测试集 | 第28-31页 |
| 4.3.3 RosettaDock测试集 | 第31-35页 |
| 4.4 与Gramm-x、ZDOCK软件打分函数的比较 | 第35-38页 |
| 第五章 结论 | 第38-39页 |
| 参考文献 | 第39-43页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第43-44页 |
| 致谢 | 第44-45页 |