| 摘要 | 第9-13页 |
| ABSTRACT | 第13-17页 |
| 符号及缩略语的中英文对照 | 第18-19页 |
| 第一章 文献综述 | 第19-37页 |
| 1.微生物群落生态学的研究方法概述 | 第19-30页 |
| 1.1 传统的分离培养法 | 第19页 |
| 1.2 基于生物标志物的研究方法 | 第19-21页 |
| 1.2.1 醌指纹法(Quinones Profiling) | 第20-21页 |
| 1.2.2 磷脂脂肪酸图谱法(PLFA) | 第21页 |
| 1.3 基于群落水平生理学指纹的研究方法(CLPP) | 第21-22页 |
| 1.4 分子生态学方法 | 第22-30页 |
| 1.4.1 核酸探针杂交技术 | 第23页 |
| 1.4.2 基于多聚酶链式反应(PCR)的指纹图谱分析技术 | 第23-26页 |
| 1.4.3 DNA序列分析 | 第26页 |
| 1.4.4 实时荧光定量PCR技术 | 第26-27页 |
| 1.4.5 高通量测序分析 | 第27-30页 |
| 2.水产养殖系统微生物群落研究进展 | 第30-35页 |
| 2.1 水产养殖系统中细菌群落研究进展 | 第31-33页 |
| 2.2 水产养殖系统中古菌、真菌群落研究进展 | 第33-34页 |
| 2.3 水产养殖系统与氨氮脱除有关的微生物研究进展 | 第34-35页 |
| 3.目的和意义 | 第35-37页 |
| 第二章 吉富罗非鱼养殖池塘细菌群落结构研究 | 第37-91页 |
| 1 引言 | 第37-38页 |
| 2 罗非鱼养殖池塘养殖高峰期细菌群落结构的空间分布状况初探 | 第38-49页 |
| 2.1 材料与方法 | 第38-40页 |
| 2.1.1 养殖池塘的选择及样品采集 | 第38页 |
| 2.1.2 DNA的提取及纯化 | 第38-39页 |
| 2.1.3 PCR扩增及产物定量和均一化 | 第39页 |
| 2.1.4 高通量测序 | 第39页 |
| 2.1.5 数据去杂及优化 | 第39-40页 |
| 2.1.6 生物信息学分析 | 第40页 |
| 2.2 结果与分析 | 第40-46页 |
| 2.2.1 罗非鱼养殖池塘养殖高峰期的细菌群落结构及多样性、丰富度状况 | 第41-43页 |
| 2.2.2 沉积物、末端肠道及不同水层之间的细菌群落关系研究 | 第43-46页 |
| 2.3 讨论 | 第46-49页 |
| 2.3.1 吉富罗非鱼养殖池塘中细菌群落的空间分布状况 | 第46-48页 |
| 2.3.2 水、表层沉积物和罗非鱼末端肠道中细菌群落之间的关系 | 第48-49页 |
| 3 水葫芦栽培池塘(精养吉富罗非鱼)浮游细菌群落结构状况初探 | 第49-61页 |
| 3.1 材料与方法 | 第49-51页 |
| 3.1.1 样品采集 | 第49页 |
| 3.1.2 水质测定 | 第49-50页 |
| 3.1.3 基因组DNA提取及纯化 | 第50页 |
| 3.1.4 PCR扩增及产物定量和均一化 | 第50页 |
| 3.1.5 PE(Pair-end)文库构建及高通量测序 | 第50-51页 |
| 3.1.6 数据去杂优化 | 第51页 |
| 3.1.7 生物信息学分析 | 第51页 |
| 3.2 结果和分析 | 第51-58页 |
| 3.2.1 群落组成 | 第52-56页 |
| 3.2.2 敞水区和水葫芦种植区群落分布及多样性、丰富度差别 | 第56-57页 |
| 3.2.3 主要环境因子与多样性、丰富度指数之间的关系 | 第57-58页 |
| 3.3 讨论 | 第58-61页 |
| 4 不同养殖密度的吉富罗非鱼养殖池塘细菌群落的动态变化研究 | 第61-91页 |
| 4.1 材料与方法 | 第61-65页 |
| 4.1.1 养殖池塘选择及池塘养殖有关情况调查 | 第61页 |
| 4.1.2 吉富罗非鱼生长性状测量及水质、底质的分析方法 | 第61-62页 |
| 4.1.3 不同养殖池塘间水质、底质差别及罗非鱼生长性状差别统计分析 | 第62页 |
| 4.1.4 微生物样品采集 | 第62-63页 |
| 4.1.5 DNA抽提及纯化 | 第63页 |
| 4.1.6 PCR扩增及产物定量和均一化 | 第63页 |
| 4.1.7 Miseq PE文库构建及高通量测序 | 第63-64页 |
| 4.1.8 数据优化 | 第64页 |
| 4.1.9 生物信息学分析 | 第64-65页 |
| 4.2 结果和分析 | 第65-87页 |
| 4.2.1 池塘间吉富罗非鱼生长状况结果比较 | 第65-67页 |
| 4.2.2 三个养殖池塘间水质、底质差异分析结果 | 第67-69页 |
| 4.2.3 高通量测序分析不同养殖密度池塘细菌群落分析结果 | 第69-87页 |
| 4.3 讨论 | 第87-91页 |
| 4.3.1 时间和养殖密度变量对水及表层沉积物中细菌群落的影响 | 第87-88页 |
| 4.3.2 罗非鱼养殖池塘水和表层沉积物中的细菌群落组成 | 第88-91页 |
| 第三章 不同密度吉富罗非鱼养殖池塘古菌群落结构研究 | 第91-111页 |
| 1 引言 | 第91页 |
| 2 材料与方法 | 第91-93页 |
| 2.1 养殖池塘选择及池塘养殖有关情况调查 | 第91-92页 |
| 2.2 样品采集 | 第92页 |
| 2.3 DNA抽提及纯化 | 第92页 |
| 2.4 PCR扩增及产物定量和均一化 | 第92页 |
| 2.5 Miseq PE文库构建及高通量测序 | 第92页 |
| 2.6 数据优化 | 第92页 |
| 2.7 生物信息学分析 | 第92-93页 |
| 3 结果和分析 | 第93-109页 |
| 3.1 高通量测序分析不同养殖密度池塘古菌群落分析结果 | 第93-94页 |
| 3.2 高通量测序分析不同养殖密度池塘古菌群落分析结果 | 第94-109页 |
| 3.2.1 三口不同养殖密度池塘水中古菌群落结构动态分析 | 第94-101页 |
| 3.2.2 三口不同养殖密度池塘表层沉积物中古菌群落结构动态分析 | 第101-109页 |
| 4 讨论 | 第109-111页 |
| 4.1 罗非鱼养殖池塘水和表层沉积物中的古菌群落组成 | 第109-110页 |
| 4.2 罗非鱼养殖池塘水和表层沉积物中的古菌群落丰富度、多样性状况 | 第110-111页 |
| 第四章 不同密度吉富罗非鱼养殖池塘真菌群落结构研究 | 第111-127页 |
| 1 引言 | 第111页 |
| 2 材料与方法 | 第111-113页 |
| 2.1 养殖池塘选择及池塘养殖有关情况调查 | 第111-112页 |
| 2.2 样品采集 | 第112页 |
| 2.3 DNA抽提及纯化 | 第112页 |
| 2.4 PCR扩增及产物定量和均一化 | 第112页 |
| 2.5 Miseq PE文库构建及高通量测序 | 第112页 |
| 2.6 数据优化 | 第112页 |
| 2.7 生物信息学分析 | 第112-113页 |
| 3 结果和分析 | 第113-125页 |
| 3.1 水中真菌群落结构分析 | 第114-115页 |
| 3.2 水中真菌群落丰富度和多样性分析 | 第115-118页 |
| 3.3 基于真菌群落的水样样本相似性分析 | 第118-120页 |
| 3.4 表层沉积物中真菌群落结构分析 | 第120-121页 |
| 3.5 表层沉积物中真菌群落丰富度和多样性分析 | 第121-123页 |
| 3.6 基于真菌群落的表层沉积物样本相似性分析 | 第123-125页 |
| 4 讨论 | 第125-127页 |
| 4.1 罗非鱼养殖池塘中水和表层沉积物中的真菌群落的组成 | 第125-126页 |
| 4.2 罗非鱼养殖池塘中水和表层沉积物中的真菌丰富度和多样性 | 第126-127页 |
| 第五章 池塘中氨氧化微生物的动态变化、异养硝化细菌的分离及无机氮利用特性研究 | 第127-147页 |
| 1 引言 | 第127-128页 |
| 2 氨氧化细菌(AOB)和氨氧化古菌(AOA)氨单加氧酶基因的动态变化 | 第128-134页 |
| 2.1 材料与方法 | 第128-129页 |
| 2.1.1 养殖池塘选择及池塘养殖有关情况调查 | 第128页 |
| 2.1.2 样品采集 | 第128页 |
| 2.1.3 DNA抽提及纯化 | 第128页 |
| 2.1.4 氨氧化细菌和氨氧化古菌氨单加氧酶基因(amoA)的荧光定量分析 | 第128-129页 |
| 2.1.5 数据处理及分析 | 第129页 |
| 2.2 结果和分析 | 第129-132页 |
| 2.2.1 氨氧化细菌氨单加氧酶(amoA)基因拷贝数的动态变化 | 第129-130页 |
| 2.2.2 氨氧化古菌氨单加氧酶(amoA)基因拷贝数的动态变化 | 第130-131页 |
| 2.2.3 AOA和AOB氨单加氧酶(amoA)基因拷贝数比值的动态变化 | 第131-132页 |
| 2.3 讨论 | 第132-134页 |
| 2.3.1 时间和池塘变量对AOB、AOA氨单加氧酶(amoA)基因拷贝数的影响 | 第132-133页 |
| 2.3.2 AOA和AOB amoA基因拷贝数比值的变化 | 第133-134页 |
| 3 异养硝化细菌的分离、无机氮利用特性及对养殖用水无机氮的控制研究 | 第134-147页 |
| 3.1 材料与方法 | 第134-137页 |
| 3.1.1 培养基 | 第134页 |
| 3.1.2 样品采集、细菌分离及水质指标测定 | 第134-135页 |
| 3.1.3 菌株鉴定 | 第135-136页 |
| 3.1.4 细菌生长规律及对无机氮、溶解性有机碳(DOC)利用情况试验 | 第136-137页 |
| 3.2 结果与分析 | 第137-145页 |
| 3.2.1 三株细菌的形态学及生理生化特征分析结果 | 第137-138页 |
| 3.2.2 三株细菌的系统发育学研究结果 | 第138-139页 |
| 3.2.3 三株细菌在不同无机氮源时的生长情况 | 第139-140页 |
| 3.2.4 三株菌对无机氮的利用规律及对溶解性有机碳利用 | 第140-144页 |
| 3.2.5 三株细菌对水产养殖水无机氮的控制研究结果 | 第144-145页 |
| 3.3 讨论 | 第145-147页 |
| 全文结论 | 第147-148页 |
| 本研究的创新点 | 第148-149页 |
| 参考文献 | 第149-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
| 攻读学位期间发表和待发表的学术论文 | 第164页 |
| 攻读学位期间主持的课题 | 第164页 |
