| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 缩略词表 | 第13-15页 |
| 前言 | 第15-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-37页 |
| 1 测序技术的发展概况 | 第17-21页 |
| 1.1 第一、二代测序技术 | 第17-18页 |
| 1.2 第三、四代测序技术 | 第18-19页 |
| 1.3 目前常用测序技术的比较 | 第19-21页 |
| 2 植物基因组测序的研究进展 | 第21-25页 |
| 3 全基因组关联分析的相关进展 | 第25-31页 |
| 3.1 单核苷酸多态性 | 第25-26页 |
| 3.2 连锁不平衡 | 第26-28页 |
| 3.3 群体结构 | 第28-29页 |
| 3.4 全基因组关联分析 | 第29-31页 |
| 4 测序技术在植物表达方面研究中的进展 | 第31-33页 |
| 4.1 生物芯片技术 | 第31页 |
| 4.2 植物表达谱研究 | 第31-32页 |
| 4.3 植物转录组研究 | 第32-33页 |
| 5 转录因子家族研究进展 | 第33-37页 |
| 5.1 高等植物转录因子的分类 | 第33-34页 |
| 5.2 高等植物转录因子的功能 | 第34页 |
| 5.3 高等植物转录因子研究进展及展望 | 第34-37页 |
| 第二章 白菜类作物基因组重测序及叶缘相关基因的鉴定 | 第37-55页 |
| 1 引言 | 第38页 |
| 2 材料与方法 | 第38-41页 |
| 2.1 材料 | 第38-39页 |
| 2.2 试验方法 | 第39-41页 |
| 2.2.1 祥品准备和测序 | 第39页 |
| 2.2.2 变异检测和注释 | 第39-40页 |
| 2.2.3 群体结构和进化分析 | 第40页 |
| 2.2.4 连锁不平衡分析 | 第40页 |
| 2.2.5 叶缘分化区域的检测 | 第40页 |
| 2.2.6 叶缘的全基因组关联分析 | 第40-41页 |
| 2.2.7 相关数据 | 第41页 |
| 3 结果与分析 | 第41-54页 |
| 3.1 白菜类作物基因组重测序和基因组变异特性分析 | 第41-43页 |
| 3.2 通过进化树对白菜类作物进行分类 | 第43-44页 |
| 3.3 三种叶缘白菜类作物基因组特征分析 | 第44-46页 |
| 3.4 三种叶缘白菜类作物的分化区域和候选基因的鉴定 | 第46-52页 |
| 3.5 白菜类作物叶缘性状的全基因组关联分析 | 第52-54页 |
| 4 结论 | 第54-55页 |
| 第三章 不结球白菜14个重要农艺性状的全基因组关联分析 | 第55-73页 |
| 1 引言 | 第56-57页 |
| 2 材料与方法 | 第57-61页 |
| 2.1 材料 | 第57页 |
| 2.2 试验方法 | 第57-61页 |
| 2.2.1 农艺性状表型数据的调查 | 第57-58页 |
| 2.2.2 基因分型和质量控制 | 第58页 |
| 2.2.3 进化树构建和群体结构分析 | 第58页 |
| 2.2.4 全基因组关联分析和基因组选择分析 | 第58-59页 |
| 2.2.5 基因功能注释 | 第59页 |
| 2.2.6 植物生长环境和胁迫处理 | 第59页 |
| 2.2.7 RNA提取和qRT-PCR定量分析 | 第59-61页 |
| 3 结果与分析 | 第61-70页 |
| 3.1 SNP的鉴定及分析 | 第61-62页 |
| 3.2 群体结构和进化分析 | 第62页 |
| 3.3 14个农艺性状的全基因组关联分析 | 第62-69页 |
| 3.4 14个农艺性状的全基因组选择分析 | 第69-70页 |
| 4 讨论 | 第70-73页 |
| 第四章 不结球白菜不同生长发育时期的表达谱分析 | 第73-89页 |
| 1 引言 | 第74页 |
| 2 材料与方法 | 第74-76页 |
| 2.1 材料 | 第74-75页 |
| 2.2 试验方法 | 第75-76页 |
| 2.2.1 数字基因表达谱测序分析 | 第75页 |
| 2.2.2 差异表达基因的鉴定 | 第75页 |
| 2.2.3 植物生长环境和胁迫处理 | 第75-76页 |
| 2.2.4 RNA提取和qRT-PCR分析 | 第76页 |
| 2.2.5 差异基因在染色体上定位及共线性分析 | 第76页 |
| 3 结果与分析 | 第76-88页 |
| 3.1 不结球白菜表达谱测序 | 第76-78页 |
| 3.2 差异表达基因的鉴定 | 第78-81页 |
| 3.3 差异表达基因的功能注释和代谢途径分析 | 第81-82页 |
| 3.4 开花时间相关基因的分析 | 第82-84页 |
| 3.5 耐冷相关基因的分析 | 第84页 |
| 3.6 自交不亲和相关基因的分析 | 第84-86页 |
| 3.7 叶色相关基因的分析 | 第86页 |
| 3.8 白菜和拟南芥共线块中差异基因的分析 | 第86-88页 |
| 4 讨论 | 第88-89页 |
| 第五章 不结球白菜温度响应基因的表达模式及与LncRNA的共表达分析 | 第89-115页 |
| 1 引言 | 第90-91页 |
| 2 材料与方法 | 第91-97页 |
| 2.1 材料 | 第91-92页 |
| 2.2 试验方法 | 第92-97页 |
| 2.2.1 植物生长环境和胁迫处理 | 第92页 |
| 2.2.2 RNA提取、转录组测序和qRT-PCR验证 | 第92-93页 |
| 2.2.3 数据过滤及组装 | 第93-94页 |
| 2.2.4 SNP和SSR标记的开发 | 第94-95页 |
| 2.2.5 差异表达基因的鉴定及表达模式的分析 | 第95页 |
| 2.2.6 Unigene的功能注释和分类 | 第95页 |
| 2.2.7 LncRNA的鉴定 | 第95-97页 |
| 2.2.8 其它统计分析 | 第97页 |
| 3 结果与分析 | 第97-113页 |
| 3.1 不结球白菜转录组测序和组装 | 第97-99页 |
| 3.2 功能注释和基因的分类 | 第99-100页 |
| 3.3 用于抗性育种的SNP和SSR标记的开发 | 第100页 |
| 3.4 温度调控基因表达模式的研究 | 第100-102页 |
| 3.5 不同处理间差异表达基因的鉴定及比较分析 | 第102-104页 |
| 3.6 利用GO和KEGG数据库进行差异表达基因的富集分析 | 第104-105页 |
| 3.7 差异表达转录因子的鉴定 | 第105-110页 |
| 3.8 不结球白菜中LncRNA的鉴定和特性分析 | 第110页 |
| 3.9 LncRNA表达模式的分析及差异表达LncRNA的鉴定 | 第110-111页 |
| 3.10 LncRNA与蛋白编码基因间共表达网络的构建 | 第111-113页 |
| 4 讨论 | 第113-115页 |
| 第六章 白菜类作物重要基因家族的起源、进化和表达模式的全基因组分析 | 第115-133页 |
| 1 引言 | 第116-117页 |
| 2 材料与方法 | 第117-120页 |
| 2.1 材料 | 第117页 |
| 2.2 试验方法 | 第117-120页 |
| 2.2.1 公共数据的搜集整理 | 第117页 |
| 2.2.2 Hsf基因的特性和进化分析 | 第117-118页 |
| 2.2.3 直系和旁系同源Hsf基因的鉴定 | 第118页 |
| 2.2.4 Hsf基因复制的鉴定 | 第118页 |
| 2.2.5 白菜中Hsf基因在组织中的表达分析 | 第118页 |
| 2.2.6 植物生长环境和胁迫处理 | 第118页 |
| 2.2.7 RNA提取和qRT-PCR定量分析 | 第118-120页 |
| 3 结果与分析 | 第120-130页 |
| 3.1 白菜Hsf基因的鉴定和保守结构域分析 | 第120-122页 |
| 3.2 Hsf基因的分类和进化分析 | 第122-124页 |
| 3.3 白菜Hsf基因在染色体上的定位和复制分析 | 第124-126页 |
| 3.4 直系和旁系同源Hsf基因的鉴定 | 第126-127页 |
| 3.5 白菜中Hsf基因在不同组织和处理中的表达分析 | 第127-130页 |
| 4 讨论 | 第130-133页 |
| 全文结论 | 第133-135页 |
| 创新点 | 第135-137页 |
| 参考文献 | 第137-163页 |
| 论文发表情况 | 第163-165页 |
| 致谢 | 第165页 |
