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RNA介导的启动子DNA甲基化在调控拟南芥盐胁迫应答中的作用研究

中文摘要第1-16页
Abstract第16-20页
1 前言第20-59页
   ·盐胁迫第20-31页
     ·盐胁迫对植物的影响第21-23页
     ·植物对盐胁迫的响应第23-27页
       ·盐胁迫下植物的生长调节第24-25页
       ·体内离子平衡的维持第25-26页
       ·活性氧自由基的清除第26-27页
       ·渗透调节物质的合成第27页
     ·盐胁迫信号转导途径第27-31页
       ·盐胁迫信号在质膜上的感知第28页
       ·钙离子信号转导途径第28页
       ·SOS 信号转导途径第28-30页
       ·MAPK 级联反应途径第30页
       ·ABA 依赖的盐胁迫信号途径第30-31页
   ·ABA 代谢过程及信号转导第31-38页
     ·ABA 的代谢过程第31-34页
       ·ABA 的生物合成第32-33页
       ·ABA 的分解代谢第33-34页
     ·ABA 的感受及信号转导第34-38页
       ·ABA 信号转导中的磷酸化和去磷酸化第35-37页
       ·ABA 依赖的盐胁迫信号途径中的调控基因第37-38页
   ·MYB 转录因子第38-43页
     ·MYB 转录因子结构特征第39-40页
     ·R2R3 型 MYB 转录因子分类及功能第40-43页
       ·R2R3 型 MYB 转录因子调控初级和次级代谢第42页
       ·R2R3 型 MYB 转录因子调控细胞命运第42页
       ·R2R3 型 MYB 转录因子调控生长发育第42-43页
       ·R2R3 型 MYB 转录因子调控生物和非生物胁迫第43页
   ·表观遗传学第43-46页
     ·表观遗传学发展及研究内容第44页
     ·表观遗传学主要研究方法第44-46页
   ·DNA 甲基化与去甲基化第46-53页
     ·植物 DNA 甲基化特征第47-49页
     ·植物 DNA 甲基化转移酶第49-51页
     ·植物 DNA 去甲基化与去甲基化酶第51-52页
     ·DNA 调控基因表达的机制第52-53页
   ·RNA 介导的 DNA 甲基化第53-56页
     ·siRNA 的形成第53-54页
     ·RdDM 的作用机制第54-56页
   ·表观遗传学对植物响应非生物胁迫的调控第56-57页
     ·表观遗传学与环境因素第56页
     ·植物 RdDM 调控对盐胁迫的响应第56-57页
   ·本研究的目的及其意义第57-59页
2 材料与方法第59-87页
   ·材料第59-63页
     ·植物材料第59页
     ·植物材料培养与处理第59页
     ·载体与植株第59页
     ·酶与各种生化试剂第59-60页
     ·实验引物及探针第60-61页
     ·网络信息资源第61-63页
   ·方法第63-87页
     ·植物基因组 DNA 的提取与纯化第63-64页
       ·植物基因组的大量提取第63-64页
       ·植物基因组的纯化第64页
       ·植物基因组的小量提取第64页
     ·亚硫酸氢盐处理测序第64-65页
     ·RNA 的提取第65-69页
       ·RNeasy Plant Mini Kit 提取总 RNA第65-66页
       ·miRcute miRNA Isolation Kit 提取 sRNA第66-67页
       ·TRIZOL 法提取总 RNA第67页
       ·RNA 的纯化第67-68页
       ·cDNA 第一链的合成第68页
       ·miRcute miRNA cDNA 第一链的合成第68-69页
     ·PCR 扩增第69-72页
       ·普通 PCR 扩增第69-70页
       ·半定量 RT-PCR(Semiquantitative RT-PCR)第70页
       ·实时荧光定量 PCR(Real-time quantitative PCR, qRT-PCR)第70-71页
       ·miRcute miRNA 荧光定量 PCR第71-72页
       ·亚硫氢酸盐测序 PCR(Bisulfite Sequencing PCR, BSP)第72页
     ·载体构建第72-74页
       ·凝胶电泳中 DNA 片段的回收第72-73页
       ·连接反应第73页
       ·酶切反应第73页
       ·超表达载体的构建第73页
       ·启动子驱动 gusA 报告基因表达载体的构建第73-74页
       ·RNAi 干涉表达载体的构建第74页
     ·大肠杆菌感受态细胞的制备和转化第74-76页
       ·大肠杆菌感受态细胞的制备第74页
       ·大肠杆菌细胞的转化第74页
       ·煮沸法提取大肠杆菌中质粒第74-75页
       ·大量法提取大肠杆菌中质粒第75页
       ·小量碱法提取大肠杆菌中质粒第75-76页
     ·农杆菌感受态细胞的制备和转化第76页
       ·根癌农杆菌 GV3101 感受态细胞的制备第76页
       ·冻融法转化农杆菌细胞第76页
     ·植物材料的遗传转化及鉴定第76-78页
       ·拟南芥的遗传转化第76-77页
       ·转基因拟南芥的鉴定第77页
       ·突变体纯合植株的鉴定第77-78页
       ·本生烟瞬时转化第78页
       ·洋葱表皮细胞转化第78页
     ·激光共聚焦显微镜观察 GFP 定位第78-79页
     ·转基因植物的 GUS 表达分析第79-81页
       ·转基因植物的 GUS 组织化学染色分析第79-80页
       ·转基因植物的 GUS 活性测定第80-81页
     ·siRNA Northern Blot 杂交第81-84页
       ·实验准备第81页
       ·sRNA 提取第81-82页
       ·sRNA 电泳(聚丙烯酰胺凝胶电泳)第82-83页
       ·sRNA 转膜及固定第83页
       ·探针制备第83页
       ·siRNA 杂交第83-84页
     ·染色质免疫共沉淀(CHIP)第84-87页
       ·药品配置第84-85页
       ·材料准备第85页
       ·操作步骤第85-87页
3 结果与分析第87-121页
   ·拟南芥 DNA 甲基化调控的盐胁迫诱导表达基因的筛选第87-93页
     ·拟南芥盐胁迫响应基因的筛选第87-88页
     ·拟南芥盐胁迫响应基因中 DNA 甲基化调控基因的筛选第88-90页
     ·DNA 甲基化调控响应盐胁迫候选基因的试验验证第90-93页
   ·AtMYB74 的序列分析及蛋白结构预测第93-95页
     ·AtMYB74 的启动子序列分析第93-94页
     ·AtMYB74 的蛋白序列分析第94页
     ·AtMYB74 蛋白结构预测第94-95页
   ·AtMYB74 的亚细胞定位第95-97页
     ·35S::AtMYB74-GFP 表达载体的构建第95-96页
     ·AtMYB74-GFP 融合蛋白在洋葱表皮细胞中的表达和亚细胞定位第96-97页
   ·AtMYB74 表达模式分析第97-100页
     ·AtMYB74 组织表达模式分析第97-98页
     ·AtMYB74 诱导表达模式分析第98-100页
   ·AtMYB74 超表达植株及 RNAi 植株的表型及功能鉴定第100-104页
     ·AtMYB74 RNAi 植株及超表达植株的获得第100-101页
     ·盐胁迫下 AtMYB74 超表达及 RNAi 植株的表型鉴定第101-103页
     ·盐胁迫下 ABA 抑制剂处理后 AtMYB74 超表达植株表型鉴定第103页
     ·盐胁迫下 AtMYB74 靶基因鉴定第103-104页
   ·盐胁迫下 AtMYB74 的启动子 DNA 甲基化分析第104-108页
     ·盐胁迫下 RdDM 突变体和去甲基化酶 RNAi 植株中 AtMYB74 的表达量检测第104-105页
     ·盐胁迫下 RdDM 突变体和去甲基化酶 RNAi 植株中 AtMYB74 启动子区 DNA 甲基化水平分析第105-107页
     ·盐胁迫下 AtMYB74 表达量与 DNA 甲基化实时检测第107-108页
   ·盐胁迫下靶向 AtMYB74 启动子的 24-nt siRNA 分析第108-111页
     ·AtMYB74 启动子 DNA 甲基化的调控区域的 24-nt siRNA 分析第108-110页
     ·盐胁迫下靶向 AtMYB74 启动子的 24-nt siRNA 积累量检测第110-111页
   ·本生烟中对外源 24-nt siRNA 介导 AtMYB74 启动子 DNA 甲基化的验证第111-114页
     ·侵染本生烟的瞬时表达载体的构建第111-112页
     ·本生烟瞬时共转化后 GUS 活性检测第112页
     ·本生烟瞬时共转化后启动子 DNA 甲基化水平分析第112-113页
     ·本生烟瞬时共转化后 siRNA 积累量检测第113-114页
   ·RdDM 与 ABRE 在调控 AtMYB74 启动子响应盐胁迫中的作用分析第114-121页
     ·AtMYB74 启动子 ABRE 顺式作用元件分析第114-116页
     ·ABA 信号途径重要转录因子 ABI5 与 AtMYB74 启动子结合验证第116-117页
     ·abi5 突变体中 AtMYB74 对盐胁迫的响应分析第117页
     ·盐胁迫下 abi5 突变体中 AtMYB74 启动子 DNA 甲基化水平分析第117-118页
     ·盐胁迫下 abi5 突变体中靶向 AtMYB74 启动子的 24-nt siRNA 积累量检测第118-119页
     ·盐胁迫下缺失 RdDM 调控区域的 AtMYB74 启动子转基因植株组织化学染色第119-121页
4 讨论第121-125页
5 结论第125-126页
参考文献第126-144页
致谢第144-145页
攻读学位期间发表论文及专利第145页

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