| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 前言 | 第10-21页 |
| 1.1 转录组研究技术 | 第10-16页 |
| 1.1.1 组学 | 第10页 |
| 1.1.2 转录组 | 第10-11页 |
| 1.1.3 测序技术平台 | 第11-13页 |
| 1.1.4 RNA-seq技术 | 第13-14页 |
| 1.1.5 RNA-Seq技术的优势 | 第14页 |
| 1.1.6 RNA-Seq技术的主要测序流程 | 第14-15页 |
| 1.1.7 RNA-Seq技术的主要用途 | 第15-16页 |
| 1.2 地黄属植物的研究 | 第16-19页 |
| 1.3 地黄属研究存在的问题 | 第19页 |
| 1.4 本论文研究的内容及意义 | 第19-21页 |
| 第二章 基于Illumina测序技术对地黄属的转录组研究 | 第21-27页 |
| 2.1 材料 | 第21页 |
| 2.2 方法 | 第21-22页 |
| 2.2.1 RNA的提取 | 第21-22页 |
| 2.2.2 RNA的纯化 | 第22页 |
| 2.3 cDNA文库的建立和测序 | 第22-23页 |
| 2.4 原始数据过滤 | 第23-24页 |
| 2.5 序列组装 | 第24页 |
| 2.6 基因注释和挖掘 | 第24-26页 |
| 2.6.1 All-Unigene的Nr注释 | 第24页 |
| 2.6.2 All-Unigene的Go分类 | 第24-25页 |
| 2.6.3 All-Unigene的KEGG分类 | 第25页 |
| 2.6.4 All-Unigene的COG分类 | 第25页 |
| 2.6.5 预测编码蛋白框(CDS) | 第25-26页 |
| 2.7 Unigene的表达差异分析 | 第26页 |
| 2.8 地黄属植物基因功能的适应性进化分析 | 第26-27页 |
| 第三章 结果与分析 | 第27-46页 |
| 3.1 数据产出 | 第27-29页 |
| 3.2 序列功能注释与基因功能分类 | 第29-35页 |
| 3.2.1 All-Unigene在Nr数据库的功能注释 | 第29-30页 |
| 3.2.2 All-Unigene在GO数据库的功能注释 | 第30-32页 |
| 3.2.3 All-Unigene在KEGG数据库的功能注释 | 第32-33页 |
| 3.2.4 All-Unigene在COG数据库的功能注释 | 第33-34页 |
| 3.2.5 编码蛋白框(CDS)预测 | 第34-35页 |
| 3.3 SSR在转录组中的分布特点 | 第35-36页 |
| 3.4 SNP分析 | 第36-37页 |
| 3.5 系统进化分析 | 第37-39页 |
| 3.6 Unigene的差异表达分析 | 第39-44页 |
| 3.6.1 四倍体种和二倍体种根部转录组Unigene的差异表达 | 第39-41页 |
| 3.6.2 差异表达基因的GO和KEGG分析 | 第41-42页 |
| 3.6.3 地黄属五种植物根中差异表达萜类和苷类基因的分析 | 第42-43页 |
| 3.6.4 地黄根、花、叶中差异表达萜类和苷类基因的分析 | 第43页 |
| 3.6.5 甘露糖相关代谢的差异表达 | 第43-44页 |
| 3.7 地黄属植物物种间基因功能的适应性分化 | 第44-46页 |
| 第四章 讨论 | 第46-49页 |
| 4.1 地黄属的遗传分化关系研究 | 第46-47页 |
| 4.2 转录组分析药用成分相关代谢 | 第47-48页 |
| 4.3 转录组分析可开发地黄属重要的SSR和SNP分子标记 | 第48-49页 |
| 主要结论 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-58页 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59页 |
