| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-41页 |
| 1.1 引言 | 第16页 |
| 1.2 豆科植物与根瘤菌共生关系的建立 | 第16-18页 |
| 1.3 豆科植物与根瘤菌共生的特异性 | 第18-26页 |
| 1.3.1 根瘤菌的多样性 | 第18-19页 |
| 1.3.2 豆科植物与根瘤菌的共生特异性现象 | 第19-20页 |
| 1.3.3 共生特异性的的分子机制 | 第20-26页 |
| 1.4 细菌之间水平基因转移的机制和障碍 | 第26-31页 |
| 1.4.1 转化：DNA的释放、吸收和整合 | 第26-27页 |
| 1.4.2 接合转移 | 第27-29页 |
| 1.4.3 基因水平转移的评判方法 | 第29-30页 |
| 1.4.4 根瘤菌的基因水平转移现象 | 第30-31页 |
| 1.5 根瘤菌的现代系统学研究-基因组数据应用于原核生物系统学研究 | 第31-34页 |
| 1.6 根瘤菌的生物地理的研究进展 | 第34-36页 |
| 1.7 菜豆根瘤菌的研究进展 | 第36-38页 |
| 1.8 立题依据和研究意义 | 第38-40页 |
| 1.9 技术路线 | 第40-41页 |
| 第二章 基于基因组的菜豆根瘤菌Rhizobium属系统发育研究 | 第41-67页 |
| 2.1 引言 | 第41-42页 |
| 2.2 试验材料 | 第42页 |
| 2.3 试验方法 | 第42-51页 |
| 2.3.1 根瘤菌属菜豆根瘤菌的进行基因组测序的代表菌株的选择 | 第42-43页 |
| 2.3.2 根瘤菌属菜豆根瘤菌的验证 | 第43-44页 |
| 2.3.3 根瘤菌基因组的提取 | 第44页 |
| 2.3.4 基因组测序、组装、注释及提交到数据库 | 第44-45页 |
| 2.3.5 根瘤菌属根瘤菌基因组数据和模式菌株信息的收集 | 第45页 |
| 2.3.6 ANI和 dDDH值的计算 | 第45-50页 |
| 2.3.7 核心基因树的构建 | 第50页 |
| 2.3.8 16SrRNA基因、持家基因串联以及共生基因的系统发育分析 | 第50-51页 |
| 2.4 结果与分析 | 第51-62页 |
| 2.4.1 代表菌株的选择和测序的21株Rhizobium属菜豆根瘤菌的基因组的基本特征 | 第51-53页 |
| 2.4.2 基于基因组ANI与 dDDH值的物种划分 | 第53-56页 |
| 2.4.3 基于基因组单拷贝核心基因构建的物种树 | 第56-58页 |
| 2.4.4 16SrRNA基因的系统发育分析 | 第58页 |
| 2.4.5 持家基因(atpD、glnII和 recA)串联的系统发育分析 | 第58-59页 |
| 2.4.6 共生基因(nodC和 nifH)的系统发育分析 | 第59-62页 |
| 2.5 讨论 | 第62-67页 |
| 2.5.1 基于基因组的不同分析方法进行物种分类 | 第62-63页 |
| 2.5.2 根瘤菌属菌株的分类地位鉴定及重新分类 | 第63-64页 |
| 2.5.3 菜豆根瘤菌的共生基因的3 种基因型 | 第64-65页 |
| 2.5.4 共生变种(symbiovar)和共生基因 | 第65页 |
| 2.5.5 共生特性的转移 | 第65-67页 |
| 第三章 三个属内的菜豆根瘤菌的比较基因组 | 第67-97页 |
| 3.1 引言 | 第67-68页 |
| 3.2 材料和方法 | 第68-74页 |
| 3.2.1 供试菌株的测序和参比菌株的收集 | 第68页 |
| 3.2.2 Sinorhizobium、Bradyrhizobium 菌株基因组草图和 R. acidisoli 菌株基因组完成图获得 | 第68-69页 |
| 3.2.3 测序菌株的基因组注释 | 第69页 |
| 3.2.4 菜豆三个属内根瘤菌的基因组比较 | 第69页 |
| 3.2.5 Rhizobium属菜豆根瘤菌的泛基因分析 | 第69-70页 |
| 3.2.6 植物回接和交叉结瘤试验 | 第70页 |
| 3.2.7 Rhizobium属菜豆根瘤菌的水平转移和垂直传递基因的检测 | 第70-71页 |
| 3.2.8 Rhizobium属菜豆根瘤菌的宿主特异性决定因素推测 | 第71页 |
| 3.2.9 Sinorhizobium 和 Bradyrhizobium 属菜豆根瘤菌与非菜豆根瘤菌的共生基因的比较 | 第71-74页 |
| 3.3 结果与分析 | 第74-94页 |
| 3.3.1 三个属的菜豆根瘤菌的基因组特征比较 | 第74-75页 |
| 3.3.2 基因功能类别和基因组大小之间的趋势 | 第75-76页 |
| 3.3.3 Rhizobium acidisoli FH23T完成图基因组的基本特征 | 第76-77页 |
| 3.3.4 Rhizobium属菜豆根瘤菌的泛基因组 | 第77-81页 |
| 3.3.5 Rhizobium属根瘤菌遗传物质的获得方式 | 第81-88页 |
| 3.3.6 Rhizobium属菜豆根瘤菌的宿主特异性决定因素 | 第88-89页 |
| 3.3.7 Sinorhizobium属和Bradyrhizobium属菜豆根瘤菌与非菜豆根瘤菌的联系 | 第89-94页 |
| 3.4 讨论 | 第94-96页 |
| 3.5 小结 | 第96-97页 |
| 第四章 基于基因组水平研究根瘤菌的生物地理 | 第97-103页 |
| 4.1 引言 | 第97页 |
| 4.2 材料和方法 | 第97-98页 |
| 4.2.1 来自不同土壤的两组菌株之间的比较基因组学 | 第97页 |
| 4.2.2 菌株的pH生长范围测定 | 第97-98页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第98-102页 |
| 4.3.1 来自酸性和碱性/中性土壤的根瘤菌的遗传比较 | 第98-102页 |
| 4.3.2 来源于不同pH土壤的菌株的pH生长范围 | 第102页 |
| 4.4 小结 | 第102-103页 |
| 第五章 根瘤菌新种Rhizobium phaseona sp.nov.J15T的多相分类鉴定 | 第103-117页 |
| 5.1 引言 | 第103页 |
| 5.2 试验材料 | 第103-104页 |
| 5.2.1 供试菌株和参比菌株 | 第103页 |
| 5.2.2 培养基 | 第103-104页 |
| 5.2.3 主要仪器设备 | 第104页 |
| 5.3 试验方法 | 第104-106页 |
| 5.3.1 供试菌株的遗传学特征的分类鉴定 | 第104页 |
| 5.3.2 基于基因组序列的供试菌株的GC含量和DNA-DNA杂交 | 第104页 |
| 5.3.3 核心基因树的构建 | 第104页 |
| 5.3.4 供试菌株菌落形态及显微结构特征观察 | 第104-105页 |
| 5.3.5 供试菌株的生理生化性质测定 | 第105-106页 |
| 5.3.6 供试菌体化学组分分析 | 第106页 |
| 5.3.7 交叉结瘤试验 | 第106页 |
| 5.4 结果与分析 | 第106-115页 |
| 5.4.1 供试菌株的遗传学分类特征结果 | 第106-110页 |
| 5.4.2 供试菌株的菌落形态及细胞形态 | 第110-111页 |
| 5.4.3 供试菌株J15T的生理生化特征 | 第111-114页 |
| 5.4.4 供试菌体化学组分分析 | 第114-115页 |
| 5.4.5 交叉结瘤试验 | 第115页 |
| 5.5 种的描述 | 第115-117页 |
| 第六章 结论与创新点 | 第117-119页 |
| 6.1 结论 | 第117-118页 |
| 6.2 创新点 | 第118-119页 |
| 参考文献 | 第119-140页 |
| 附录 | 第140-146页 |
| 致谢 | 第146-148页 |
| 个人简历 | 第148页 |
