| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第1章 引言 | 第12-19页 |
| 1.1 课题研究背景和研究目的 | 第12-13页 |
| 1.2 研究意义 | 第13-14页 |
| 1.2.1 增加畜牧业的产值 | 第13-14页 |
| 1.2.2 设计更好的动物模型 | 第14页 |
| 1.2.3 丰富了基础研究 | 第14页 |
| 1.3 国内外的研究进展 | 第14-16页 |
| 1.3.1 宏基因组学 | 第14-15页 |
| 1.3.2 噬菌体序列的挖掘 | 第15-16页 |
| 1.4 研究内容、技术路线和创新点 | 第16-19页 |
| 1.4.1 研究内容 | 第16-17页 |
| 1.4.1.1 宏基因组的拼接和组装 | 第16页 |
| 1.4.1.2 类病毒颗粒的筛选 | 第16-17页 |
| 1.4.1.3 类病毒颗粒的种类及分布 | 第17页 |
| 1.4.1.4 烈性因子和抗抗生素基因的分布和完整基因组的预测 | 第17页 |
| 1.4.1.5 普遍存在的猪肠道核心噬菌体组和新型噬菌体的预测 | 第17页 |
| 1.4.2 技术路线 | 第17-18页 |
| 1.4.3 创新点 | 第18-19页 |
| 第2章 宏基因组的拼接和组装 | 第19-22页 |
| 2.1 宏基因组的拼接和组装 | 第19-21页 |
| 2.2 本章小结 | 第21-22页 |
| 第3章 类病毒颗粒的筛选 | 第22-32页 |
| 3.1 现有的噬菌体序列检验的方法 | 第22-23页 |
| 3.2 VirFinder | 第23-24页 |
| 3.3 VirFinder筛选标准的选择 | 第24-26页 |
| 3.4 VirFinder的结果分析 | 第26页 |
| 3.5 MARVEL | 第26-27页 |
| 3.6 MARVEL的结果分析 | 第27页 |
| 3.7 类病毒颗粒初筛结果总结 | 第27-29页 |
| 3.8 对初筛的类病毒颗粒的结果检验 | 第29-31页 |
| 3.9 本章小结 | 第31-32页 |
| 第4章 系统进化树的绘制与筛选序列科水平的分类 | 第32-47页 |
| 4.1 噬菌体分类的综述 | 第32-35页 |
| 4.2 基于末端大亚基的系统进化树 | 第35-38页 |
| 4.3 筛选序列科水平上的分类 | 第38-42页 |
| 4.4 猪肠道噬菌体簇的稀疏曲线图 | 第42-43页 |
| 4.5 ARDB和VFDB的预测 | 第43-46页 |
| 4.6 本章小结 | 第46-47页 |
| 第5章 完整噬菌体基因组的筛选 | 第47-51页 |
| 5.1 完整噬菌体基因组的筛选方法 | 第47-48页 |
| 5.2 完整噬菌体基因组宿主的预测 | 第48-50页 |
| 5.3 本章小结 | 第50-51页 |
| 第6章 猪肠道核心噬菌体组的筛选 | 第51-55页 |
| 6.1 核心噬菌体组的筛选 | 第51-52页 |
| 6.2 猪肠道核心噬菌体组的CAZyme分析 | 第52-54页 |
| 6.3 本章小结 | 第54-55页 |
| 第7章 结论与展望 | 第55-58页 |
| 7.1 研究结论 | 第55-56页 |
| 7.2 本研究的不足之处 | 第56-57页 |
| 7.3 研究展望 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-64页 |
| 附录 | 第64-82页 |
| 致谢 | 第82-84页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第84页 |