| 摘要 | 第12-15页 |
| ABSTRACT | 第15-18页 |
| 缩略词表(Abbreviation) | 第19-20页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-36页 |
| 1 前言 | 第20页 |
| 2 猪骨骼肌生长发育分子调控机理研究进展 | 第20-24页 |
| 2.1 猪胚胎期骨骼肌发育进程 | 第20-21页 |
| 2.2 猪胚胎期骨骼肌发育的分子调控 | 第21-24页 |
| 2.2.1 调控因子研究 | 第22-23页 |
| 2.2.2 调控通路研究 | 第23-24页 |
| 3 不同猪种胚胎骨骼肌转录组研究进展 | 第24-26页 |
| 3.1 转录组学 | 第24页 |
| 3.2 不同猪种胚胎骨骼肌转录组学研究进展与不足 | 第24-26页 |
| 4 转录组测序(RNA-seq)技术的优势及其在转录组学研究中的应用 | 第26-29页 |
| 4.1 RNA-seq技术及其优势 | 第26-28页 |
| 4.2 RNA-seq技术在猪骨骼肌转录组研究中的应用 | 第28-29页 |
| 5 甲基化研究 | 第29-34页 |
| 5.1 DNA甲基化的检测方法 | 第30-33页 |
| 5.1.1 全基因组DNA甲基化分析技术 | 第30-32页 |
| 5.1.2 候选基因甲基化分析技术 | 第32-33页 |
| 5.2 猪肌肉生长发育过程中DNA甲基化的研究进展 | 第33-34页 |
| 6 研究的目的和意义 | 第34-36页 |
| 第二章 通城猪和约克夏猪骨骼肌转录组分析 | 第36-91页 |
| 1 试验材料 | 第36-39页 |
| 1.1 试验样品 | 第36页 |
| 1.2 主要仪器设备 | 第36-37页 |
| 1.3 主要试剂 | 第37-38页 |
| 1.4 主要试剂配制 | 第38页 |
| 1.5 生物信息学分析网站和应用软件 | 第38-39页 |
| 2 试验方法 | 第39-48页 |
| 2.1 背最长肌组织的RNA提取 | 第39-40页 |
| 2.1.1 上机测序前总RNA浓度测定和质量检测 | 第40页 |
| 2.2 RNA-Seq测序文库制备 | 第40-41页 |
| 2.3 RNA-seq文库测序 | 第41页 |
| 2.4 转录组数据的整理与分析 | 第41-46页 |
| 2.4.1 测序原始reads质量评估 | 第41-43页 |
| 2.4.2 比对统计 | 第43-44页 |
| 2.4.3 基因统计 | 第44-45页 |
| 2.4.4 差异分析 | 第45页 |
| 2.4.5 基因表达时序性分析 | 第45页 |
| 2.4.6 基因互作网络分析 | 第45-46页 |
| 2.4.7 基因注释及功能预测 | 第46页 |
| 2.5 实时定量PCR(qPCR)检测 | 第46-48页 |
| 2.5.1 引物设计 | 第46-47页 |
| 2.5.2 cDNA合成 | 第47-48页 |
| 2.5.3 qPCR扩增反应 | 第48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-85页 |
| 3.1 猪胚胎背最长肌组织30个样品总RNA的提取和质量检测 | 第48-50页 |
| 3.2 RNA-seq测序质量评估与质控 | 第50-53页 |
| 3.2.1 碱基含量分布检测 | 第50页 |
| 3.2.2 测序饱和度和随机性分析 | 第50-51页 |
| 3.2.3 reads的基因覆盖度分析 | 第51-53页 |
| 3.3 RNA-seqreads与猪参考基因组的比对统计 | 第53-56页 |
| 3.3.1 RNA-seq数据与参考基因组的匹配统计 | 第53-54页 |
| 3.3.2 各生长阶段基因表达分析 | 第54-56页 |
| 3.4 不同生长阶段差异表达基因分析 | 第56-72页 |
| 3.4.1 差异表达基因的筛选 | 第56-57页 |
| 3.4.2 基因时序性表达分析 | 第57-59页 |
| 3.4.3 差异表达基因的功能注释及富集分析 | 第59-72页 |
| 3.5 猪种间差异表达基因分析 | 第72-81页 |
| 3.5.1 差异表达基因的筛选 | 第72页 |
| 3.5.2 差异表达基因的功能注释及富集分析 | 第72-77页 |
| 3.5.3 差异表达基因的互作网络分析 | 第77-81页 |
| 3.6 可变剪切分析 | 第81-83页 |
| 3.7 RNA-seq数据的定量验证 | 第83-85页 |
| 4 讨论 | 第85-90页 |
| 4.1 肌肉生长发育时期的选择 | 第85-86页 |
| 4.2 RNA-seq技术的选择及其测序数据可靠性分析 | 第86页 |
| 4.3 肌肉生长发育过程中的可变剪切事件 | 第86-87页 |
| 4.4 通城猪和约克夏猪肌生成差异的分子调控 | 第87-90页 |
| 5 小结 | 第90-91页 |
| 第三章 通城猪和约克夏猪妊娠55天胚胎背最长肌全基因组甲基化测序及分析 | 第91-116页 |
| 1 试验材料 | 第91-92页 |
| 1.1 试验样品 | 第91页 |
| 1.2 主要仪器和设备 | 第91-92页 |
| 1.3 主要试剂 | 第92页 |
| 1.4 常用试剂配制 | 第92页 |
| 2 试验方法 | 第92-99页 |
| 2.1 基因组DNA提取及质量检测 | 第92页 |
| 2.2 文库构建及质量检测 | 第92-93页 |
| 2.3 上机测序 | 第93-94页 |
| 2.4 甲基化测序数据质量控制 | 第94页 |
| 2.4.1 FastQC(rawreads) | 第94页 |
| 2.4.2 原始数据Trimming | 第94页 |
| 2.4.3 FastQC(cleanreads) | 第94页 |
| 2.5 参考基因组比对分析 | 第94-96页 |
| 2.5.1 Reads与参考基因组比对情况 | 第95页 |
| 2.5.2 测序深度和覆盖度统计 | 第95-96页 |
| 2.6 甲基化位点检测及分析 | 第96页 |
| 2.6.1 甲基化位点检测 | 第96页 |
| 2.6.2 甲基化序列类型比例统计 | 第96页 |
| 2.7 单样本甲基化分析 | 第96-97页 |
| 2.7.1 单样本甲基化分析 | 第96页 |
| 2.7.2 功能区域甲基化水平分布 | 第96-97页 |
| 2.8 相关性分析 | 第97页 |
| 2.8.1 样本相关性分析 | 第97页 |
| 2.8.2 样本间PCA分析 | 第97页 |
| 2.9 差异甲基化分析 | 第97-98页 |
| 2.9.1 DMR分析 | 第97-98页 |
| 2.9.2 DMR结果注释 | 第98页 |
| 2.9.3 DMR长度分布 | 第98页 |
| 2.9.4 DMR甲基化水平分布 | 第98页 |
| 2.9.5 DMR锚定区域分布 | 第98页 |
| 2.10 差异甲基化基因(DMGs)功能富集分析 | 第98-99页 |
| 3 结果 | 第99-113页 |
| 3.1 通城猪和约克夏猪背最长肌组织基因组DNA提取与质量检测 | 第99-100页 |
| 3.2 原始数据的质量控制 | 第100页 |
| 3.3 全基因组甲基化测序数据统计分析 | 第100-102页 |
| 3.4 甲基化C位点的鉴定及分布特征 | 第102-104页 |
| 3.5 功能区域甲基化水平分布规律 | 第104-105页 |
| 3.6 样本聚类分析 | 第105页 |
| 3.7 差异甲基化区域检测 | 第105-107页 |
| 3.8 差异甲基化基因鉴定及功能富集分析 | 第107-111页 |
| 3.8.1 差异甲基化基因鉴定 | 第107页 |
| 3.8.2 差异甲基化基因功能富集分析 | 第107-111页 |
| 3.9 启动子区域差异甲基化基因筛选及功能注释和富集分析 | 第111-113页 |
| 3.9.1 启动子区域差异甲基化基因筛选 | 第111页 |
| 3.9.2 启动子区域差异甲基化基因功能富集分析 | 第111-113页 |
| 4 讨论 | 第113-115页 |
| 5 小结 | 第115-116页 |
| 第四章 通城猪和约克夏猪背最长肌转录组测序与全基因组甲基化测序联合分析. | 第116-125页 |
| 1 试验方法 | 第116页 |
| 1.1 DNA甲基化水平与基因表达水平相关性分析 | 第116页 |
| 1.2 存在相关性的基因的GO和KEGG通路富集分析 | 第116页 |
| 2 结果 | 第116-122页 |
| 2.1 整体水平上DNA甲基化水平与基因表达水平的相关性分析 | 第116-118页 |
| 2.2 差异表达基因在不同基因组元件上的DNA甲基化水平以及甲基化位点分布密度 | 第118-121页 |
| 2.3 与DMR相关的基因的功能注释和富集分析 | 第121-122页 |
| 3 讨论 | 第122-123页 |
| 4 小结 | 第123-125页 |
| 第五章 候选基因RPL6与TPPP3的功能初探 | 第125-146页 |
| 1 试验材料 | 第125-129页 |
| 1.1 细胞系、载体和菌株 | 第125-126页 |
| 1.1.1 细胞系 | 第125页 |
| 1.1.2 载体 | 第125-126页 |
| 1.1.3 试验菌株 | 第126页 |
| 1.2 主要试剂与试剂盒 | 第126-127页 |
| 1.3 主要试剂配制 | 第127页 |
| 1.4 主要仪器设备 | 第127-128页 |
| 1.5 主要生物学分析软件及网站 | 第128-129页 |
| 2 试验方法 | 第129-136页 |
| 2.1 细胞总RNA的提取 | 第129-130页 |
| 2.2 cDNA的合成 | 第130页 |
| 2.3 引物设计 | 第130-131页 |
| 2.4 PCR扩增反应 | 第131页 |
| 2.5 真核表达载体的构建 | 第131-134页 |
| 2.5.1 基因RPL6和TPPP3的克隆 | 第131页 |
| 2.5.2 PCR产物的回收 | 第131页 |
| 2.5.3 T载体连接 | 第131-132页 |
| 2.5.4 转化 | 第132页 |
| 2.5.5 阳性克隆子的鉴定 | 第132页 |
| 2.5.6 菌液的扩大培养及质粒小提 | 第132页 |
| 2.5.7 载体pcDNA3.1(+)-RPL6、pcDNA3.1(+)-TPPP3与pcDNA3.1(+)的双酶切 | 第132页 |
| 2.5.8 目的片段与真核表达载体的连接 | 第132-133页 |
| 2.5.9 超表达载体的去内毒素大提 | 第133-134页 |
| 2.6 干涉片段的合成 | 第134页 |
| 2.7 细胞培养及质粒转染 | 第134-135页 |
| 2.7.1 细胞培养及传代 | 第134页 |
| 2.7.2 细胞分化 | 第134页 |
| 2.7.3 质粒转染 | 第134-135页 |
| 2.8 免疫荧光技术 | 第135页 |
| 2.9 细胞周期的测定 | 第135-136页 |
| 2.10 统计分析 | 第136页 |
| 3 结果 | 第136-143页 |
| 3.1 RPL6与TPPP3在测序数据中的表达模式 | 第136-137页 |
| 3.2 真核超表达载体的构建与干扰片段的合成 | 第137-139页 |
| 3.2.1 真核超表达载体的双酶切鉴定 | 第137-138页 |
| 3.2.2 干扰片段SiRNA的筛选 | 第138-139页 |
| 3.3 RPL6和TPPP3基因对C2C12细胞分化的影响 | 第139-140页 |
| 3.4 RPL6和TPPP3基因对C2C12细胞增殖的影响 | 第140-143页 |
| 3.4.1 RPL6和TPPP3对细胞周期的影响 | 第140-142页 |
| 3.4.2 RPL6基因对C2C12细胞增殖的影响 | 第142-143页 |
| 4 讨论 | 第143-144页 |
| 4.1 候选基因的选择 | 第143-144页 |
| 4.2 RPL6和TPPP3基因对C2C12细胞分化的影响 | 第144页 |
| 4.3 RPL6和TPPP3基因对C2C12细胞增殖的影响 | 第144页 |
| 5 小结 | 第144-146页 |
| 第六章 全文总结 | 第146-147页 |
| 6.1 本研究的主要结论和创新点 | 第146页 |
| 6.2 本研究的不足之处和对后续研究工作的建议 | 第146-147页 |
| 参考文献 | 第147-165页 |
| 致谢 | 第165-166页 |
| 在读期间发表的文章 | 第166-167页 |
