| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 1 绪论 | 第13-22页 |
| 1.1 利用远缘物种创新水稻种质的主要方法 | 第13-17页 |
| 1.1.1 远缘杂交 | 第14页 |
| 1.1.2 基因工程 | 第14-15页 |
| 1.1.3 外源DNA导入植物技术 | 第15-17页 |
| 1.2 外源DNA导入相关机理研究进展 | 第17-18页 |
| 1.3 基因组学研究进展 | 第18-20页 |
| 1.3.1 下一代测序技术及其应用 | 第18-19页 |
| 1.3.2 RAD(Restriction-site associated DNA tags)测序技术及其应用 | 第19-20页 |
| 1.3.3 水稻功能基因组组学研究进展 | 第20页 |
| 1.4 本课题研究内容和目的意义 | 第20-22页 |
| 2 穗茎注射法创新水稻新种质及其遗传多样性分析 | 第22-32页 |
| 2.1 实验材料与试剂 | 第22-23页 |
| 2.1.1 用于穗茎注射法的水稻供体和受体 | 第22页 |
| 2.1.2 主要试剂与配方 | 第22-23页 |
| 2.2 实验方法 | 第23-26页 |
| 2.2.1 植物基因组DNA提取方法 | 第23-24页 |
| 2.2.2 穗茎注射法流程 | 第24页 |
| 2.2.3 PCR检测变异材料与亲本之间的遗传多样性 | 第24-26页 |
| 2.3 结果与分析 | 第26-30页 |
| 2.3.1 穗茎注射法历年所用供受体、变异单株数和变异率统计 | 第26-27页 |
| 2.3.2 变异单株与供受体之间的遗传多样性分析 | 第27-28页 |
| 2.3.3 变异单株和供受体之间的带型分布特点 | 第28-30页 |
| 2.3.4 外源基因组DNA导入过程中的“重组突变热点”现象 | 第30页 |
| 2.4 讨论 | 第30-32页 |
| 3 导入紧穗野生稻D1代变异株和D2代自交群体遗传、分离规律研究 | 第32-50页 |
| 3.1 实验材料 | 第32页 |
| 3.2 实验方法 | 第32-34页 |
| 3.2.1 表型鉴定 | 第32-33页 |
| 3.2.2 RH78和ERV1基因组深度重测序 | 第33页 |
| 3.2.3 群体RAD测序及比较基因组分析 | 第33-34页 |
| 3.3 结果与分析 | 第34-47页 |
| 3.3.1 重测序样本表型鉴定及比较分析 | 第34-35页 |
| 3.3.2 重测序基本数据统计 | 第35页 |
| 3.3.3 ERV1和RH78之间SNP的检测及分析 | 第35-39页 |
| 3.3.4 群体RAD测序 | 第39页 |
| 3.3.5 群体基因分型和遗传连锁图谱构建 | 第39-41页 |
| 3.3.6 表型鉴定 | 第41-42页 |
| 3.3.7 QTL定位 | 第42-44页 |
| 3.3.8 D2代株系基因组纯合度,杂合度及自发突变率分析 | 第44-47页 |
| 3.4 讨论 | 第47-50页 |
| 4 导入小粒野生稻高世代稳定变异系遗传、分离规律研究 | 第50-111页 |
| 4.1 实验材料 | 第50-52页 |
| 4.1.1 测序用水稻材料和群体 | 第50-51页 |
| 4.1.2 主要试剂与配方 | 第51-52页 |
| 4.2 实验方法 | 第52-58页 |
| 4.2.1 表型测定 | 第52页 |
| 4.2.2 片段PCR扩增 | 第52-53页 |
| 4.2.3 片段TA克隆及检测 | 第53-55页 |
| 4.2.4 RNA提取和cDNA第一链的合成 | 第55页 |
| 4.2.5 实时荧光定量PCR | 第55-56页 |
| 4.2.6 Southern blotting | 第56-58页 |
| 4.3 结果与分析 | 第58-108页 |
| 4.3.1 性状调查与表型比较分析 | 第58-63页 |
| 4.3.2 全基因组测序和比较基因组分析 | 第63-100页 |
| 4.3.3 解析YVB品质性状变异的分子机理-关联表型变异与基因型变异 | 第100-108页 |
| 4.4 讨论 | 第108-111页 |
| 5 结论 | 第111-116页 |
| 5.1 主要结论及综合讨论 | 第111-114页 |
| 5.1.1 主要结论 | 第111页 |
| 5.1.2 综合讨论 | 第111-114页 |
| 5.2 本文特色与创新点 | 第114页 |
| 5.2.1 主要基于组学的外源DNA导入变异系性状变异分子机理研究有创新性 | 第114页 |
| 5.2.2 利用远缘物种间后代扩展比较基因组研究具有创新性 | 第114页 |
| 5.2.3 新基因的发掘途径上有特色 | 第114页 |
| 5.3 不足和下一步工作计划 | 第114-116页 |
| 5.3.1 变异单株的分子鉴定 | 第114页 |
| 5.3.2 不同世代变异单株的遗传、分离规律 | 第114-115页 |
| 5.3.3 外源特异片段的鉴定和验证 | 第115页 |
| 5.3.4 表型变异关联基因的定位与克隆 | 第115-116页 |
| 参考文献 | 第116-125页 |
| 附录A | 第125-127页 |
| 攻读学位期间发表的论文与成果 | 第127-128页 |
| 致谢 | 第128-129页 |
