枯草杆菌响应缬氨酸，谷氨酸和谷氨酰胺的转录组研究
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 前言 | 第10-21页 |
| ·系统生物学中的组学技术平台 | 第10-11页 |
| ·转录组研究 | 第11页 |
| ·枯草杆菌研究现状 | 第11-13页 |
| ·基因芯片 | 第13-14页 |
| ·表达谱基因芯片 | 第14-15页 |
| ·基因表达谱芯片数据处理 | 第15-19页 |
| ·基因芯片数据的预处理和归一化 | 第15-16页 |
| ·差异基因分析 | 第16页 |
| ·聚类分析 | 第16-17页 |
| ·数据分析软件 | 第17-18页 |
| ·生物知识的生物芯片数据分析 | 第18-19页 |
| ·实验目的和意义 | 第19-21页 |
| 第2章 材料与方法 | 第21-28页 |
| ·实验材料 | 第21-22页 |
| ·菌株 | 第21页 |
| ·培养基 | 第21页 |
| ·实验试剂 | 第21-22页 |
| ·实验仪器 | 第22页 |
| ·实验方法 | 第22-27页 |
| ·菌种保藏 | 第22页 |
| ·种子摇瓶培养 | 第22页 |
| ·5L罐发酵培养 | 第22-23页 |
| ·葡萄糖浓度测定 | 第23-24页 |
| ·菌体浓度测定 | 第24页 |
| ·RNA抽提 | 第24页 |
| ·总RNA质量检测 | 第24-25页 |
| ·cDNA探针合成 | 第25-26页 |
| ·芯片杂交与扫描 | 第26-27页 |
| ·数据处理与分析 | 第27-28页 |
| ·芯片数据归一化 | 第27页 |
| ·重复性分析 | 第27页 |
| ·差异基因筛选 | 第27页 |
| ·功能分析 | 第27页 |
| ·代谢网络分析 | 第27页 |
| ·聚类分析 | 第27-28页 |
| 第三章 实验结果与分析 | 第28-32页 |
| ·添加Glu的发酵参数 | 第28-29页 |
| ·添加Gln的发酵参数 | 第29-30页 |
| ·RNA电泳图 | 第30-31页 |
| ·发酵取样和RNA抽提注意事项 | 第31-32页 |
| 第四章 芯片数据分析结果与讨论 | 第32-56页 |
| ·重复性分析 | 第32-33页 |
| ·差异基因汇总 | 第33页 |
| ·聚类分析 | 第33-35页 |
| ·聚类树状图 | 第35-36页 |
| ·转录组数据功能富集 | 第36页 |
| ·快速响应基因 | 第36-39页 |
| ·各个时间点的差异基因功能富集 | 第39-41页 |
| ·转运 | 第41页 |
| ·代谢 | 第41-42页 |
| ·生物能量 | 第42页 |
| ·基因的转录与调控 | 第42-47页 |
| ·响应Val,Glu和Gln的Sig调节子 | 第43-46页 |
| ·响应Val,Glu和Gln的转录因子 | 第46-47页 |
| ·代谢途径分析 | 第47-56页 |
| ·碳代谢途径 | 第47-49页 |
| ·氮源代谢(谷氨酸/谷氨酰胺代谢) | 第49-50页 |
| ·氨基酸代谢 | 第50页 |
| ·硫元素代谢 | 第50-52页 |
| ·磷酸盐代谢 | 第52-53页 |
| ·核苷酸代谢 | 第53-54页 |
| ·脂肪酸代谢 | 第54-56页 |
| 第5章 结论与展望 | 第56-58页 |
| ·结论 | 第56-57页 |
| ·展望 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-63页 |
| 附录 | 第63-80页 |
| 致谢 | 第80-82页 |
