| 致谢 | 第7-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 主要缩略词 | 第13-18页 |
| 1 文献综述 | 第18-38页 |
| 1.1 耐辐射奇球菌的研究进展 | 第18-29页 |
| 1.1.1 耐辐射奇球菌细胞壁的组成结构 | 第19页 |
| 1.1.2 耐辐射奇球菌基因组的组成和结构特征 | 第19-21页 |
| 1.1.3 耐辐射奇球菌高效的DNA修复途径 | 第21-22页 |
| 1.1.4 耐辐射奇球菌的抗氧化机制 | 第22-26页 |
| 1.1.5 耐辐射奇球菌的细胞清除(Cell cleansing)途径 | 第26-28页 |
| 1.1.6 耐辐射奇球菌中与抗性相关的转录调控因子 | 第28-29页 |
| 1.2 细菌群体感应机制的研究进展 | 第29-36页 |
| 1.2.1 革兰氏阴性细菌的群体感应系统 | 第30-34页 |
| 1.2.2 革兰氏阳性细菌的群体感应系统 | 第34页 |
| 1.2.3 细菌种间的群体感应系统 | 第34-35页 |
| 1.2.4 多种群体感应系统的共同存在 | 第35-36页 |
| 1.3 群体感应淬灭系统 | 第36页 |
| 1.4 群体感应信号分子检测技术 | 第36-38页 |
| 1.4.1 AHL分子的检测 | 第37页 |
| 1.4.2 AI-2分子的检测 | 第37-38页 |
| 2 耐辐射奇球菌中AHL信号分子的检测及其合成酶的鉴定 | 第38-62页 |
| 2.1 引言 | 第38页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第38-45页 |
| 2.2.1 实验菌种和质粒 | 第38-39页 |
| 2.2.2 主要试剂和仪器 | 第39-40页 |
| 2.2.3 辐射奇球菌上清液的制备与AHL分子的报告菌株检测 | 第40-41页 |
| 2.2.4 DqsI表达菌株和基因缺失突变株的构建 | 第41-42页 |
| 2.2.5 AHL的液质联用分析 | 第42页 |
| 2.2.6 体外纯化DqsI-1和DqsI-2及其AHL合成活性的测定 | 第42-43页 |
| 2.2.7 实时定量PCR | 第43-44页 |
| 2.2.8 Western blot | 第44-45页 |
| 2.2.9 薄层层析法分析脂类组成 | 第45页 |
| 2.3 结果与分析 | 第45-56页 |
| 2.3.1 辐射奇球菌中AHL分子的检测 | 第45-46页 |
| 2.3.2 辐射奇球菌中AHL合成酶的鉴定 | 第46-48页 |
| 2.3.3 LC-MS分析AHL合成酶在大肠杆菌中表达的产物 | 第48-50页 |
| 2.3.4 耐辐射奇球菌中AHL水平受氧化压力的诱导与群体感应降解酶的抑制 | 第50-53页 |
| 2.3.5 氧化条件下AHL合成酶和降解酶表达水平的动态变化 | 第53-55页 |
| 2.3.6 奇球菌属其他细菌中AHL水平的检测 | 第55-56页 |
| 2.4 讨论 | 第56-60页 |
| 2.5 小结 | 第60-62页 |
| 3 耐辐射奇球菌中DqsR蛋白的功能研究 | 第62-87页 |
| 3.1 引言 | 第62页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第62-66页 |
| 3.2.1 实验菌种和质粒 | 第62-63页 |
| 3.2.2 dqsR基因缺失突变株和补偿株的构建 | 第63页 |
| 3.2.3 pdqsR-lacZ融合质粒的构建及β-半乳糖苷酶的活性分析 | 第63页 |
| 3.2.4 RNA-seq及数据分析 | 第63-65页 |
| 3.2.5 表达与纯化DqsR蛋白 | 第65页 |
| 3.2.6 凝胶过滤色谱层析 | 第65-66页 |
| 3.2.7 凝胶迁移(EMSA) | 第66页 |
| 3.3 结果与分析 | 第66-83页 |
| 3.3.1 群体感应调控蛋白的生物信息学分析 | 第66-67页 |
| 3.3.2 dr_0987基因启动子的活性分析 | 第67-68页 |
| 3.3.3 耐辐射奇球菌中DqsR蛋白功能的鉴定 | 第68-69页 |
| 3.3.4 缺失dqsR降低了耐辐射奇球菌对电离辐射和H_2O_2的抗性 | 第69-70页 |
| 3.3.5 RNA-seq数据分析 | 第70-71页 |
| 3.3.6 差异表达基因分析 | 第71-74页 |
| 3.3.7 DqsR对氧化胁迫响应与修复相关基因的调控 | 第74-78页 |
| 3.3.8 预测DqsR结合DNA的序列 | 第78-81页 |
| 3.3.9 DqsR对基因启动子的结合作用 | 第81-82页 |
| 3.3.10 DqsR在多种AHL存在条件下聚合状态的探讨 | 第82-83页 |
| 3.4 讨论 | 第83-86页 |
| 3.5 小结 | 第86-87页 |
| 4 Autoinducer-2信号参与调控耐辐射奇球菌压力胁迫相关的基因表达 | 第87-100页 |
| 4.1 引言 | 第87页 |
| 4.2 实验材料与方法 | 第87-92页 |
| 4.2.1 实验菌种和质粒 | 第87-88页 |
| 4.2.2 化学试剂和实验仪器 | 第88-89页 |
| 4.2.3 生物信息学分析 | 第89页 |
| 4.2.4 dr_2387基因缺失突变株的构建 | 第89-90页 |
| 4.2.5 耐辐射奇球菌培养物上清液的制备与AI-2分子的检测 | 第90页 |
| 4.2.6 生长曲线的测定 | 第90页 |
| 4.2.7 菌体辐射和氧化抗性的测定 | 第90-91页 |
| 4.2.8 细胞活性氧ROS的测定 | 第91页 |
| 4.2.9 过氧化氢酶及超氧化物歧化酶活性的测定 | 第91-92页 |
| 4.2.10 实时定量PCR | 第92页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第92-99页 |
| 4.3.1 耐辐射奇球菌中LuxS同源物的生物信息学分析 | 第92-93页 |
| 4.3.2 dr_2387缺失突变株的鉴定 | 第93-94页 |
| 4.3.3 敲除dr_2387对耐辐射奇球菌生长的影响 | 第94页 |
| 4.3.4 DRALuxS突变株中AI-2的活性分析 | 第94-95页 |
| 4.3.5 AI-2对耐辐射奇球菌抗性的影响 | 第95-96页 |
| 4.3.6 野生株与突变株细胞内ROS水平和抗氧化活性的比较 | 第96-97页 |
| 4.3.7 DRALuxS中部分胁迫相关的基因转录水平变化分析 | 第97-99页 |
| 4.4 小结 | 第99-100页 |
| 5 总结与展望 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-112页 |
| 附录 | 第112-121页 |
| 博士期间发表文章 | 第121页 |
