| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-37页 |
| 1.1 小麦抗白粉病基因国内外研究进展 | 第11-24页 |
| 1.1.1 小麦白粉病概述 | 第11-12页 |
| 1.1.2 小麦抗白粉病基因的鉴定和命名 | 第12-15页 |
| 1.1.3 野生二粒小麦中抗白粉病基因的发掘和利用 | 第15页 |
| 1.1.4 小麦抗白粉病基因的分子标记研究进展 | 第15-17页 |
| 1.1.5 小麦与其他禾本科模式植物的比较基因组学研究 | 第17-20页 |
| 1.1.6 小麦抗白粉病基因的克隆 | 第20-23页 |
| 1.1.7 小麦抗白粉病分子育种 | 第23-24页 |
| 1.2 小麦基因组研究现状 | 第24-34页 |
| 1.2.1 小麦基因组的组成与进化 | 第25页 |
| 1.2.2 新一代测序技术的发展现状 | 第25-26页 |
| 1.2.3 利用测序技术分析小麦基因组成与结构 | 第26-28页 |
| 1.2.4 小麦全基因组测序的方法 | 第28-29页 |
| 1.2.5 小麦基因组序列拼接的方法 | 第29-30页 |
| 1.2.6 小麦基因组注释的方法 | 第30页 |
| 1.2.7 获取小麦全基因组参考序列的策略 | 第30-33页 |
| 1.2.8 粗山羊草(Ae.tauschii)基因组的研究现状 | 第33-34页 |
| 1.3 立题依据和研究目标 | 第34-37页 |
| 1.3.1 立题依据 | 第34-35页 |
| 1.3.2 研究目标 | 第35-36页 |
| 1.3.3 研究内容 | 第36-37页 |
| 第二章 野生二粒小麦抗白粉病基因MlIW172的精细定位和初步物理图谱的构建 | 第37-55页 |
| 2.1 材料 | 第37页 |
| 2.2 方法 | 第37-41页 |
| 2.2.1 白粉病抗性鉴定 | 第37-38页 |
| 2.2.2 基因组DNA的提取 | 第38页 |
| 2.2.3 DNA抗、感池的构建 | 第38-39页 |
| 2.2.4 根据比较基因组学分析设计引物 | 第39页 |
| 2.2.5 PCR扩增的反应体系和扩增程序 | 第39-40页 |
| 2.2.6 PCR扩增产物的检测 | 第40-41页 |
| 2.2.7 重组单株的筛选 | 第41页 |
| 2.2.8 遗传距离估算及MlIW172高密度精细遗传连锁图谱的构建 | 第41页 |
| 2.2.9 阳性BAC克隆的筛选、鉴定、测序和分析 | 第41页 |
| 2.3 结果与分析 | 第41-50页 |
| 2.3.1 Mo75/IW172抗白粉病基因精细定位大群体抗性鉴定 | 第41-42页 |
| 2.3.2 抗白粉病基因MlIW172的SSR和EST标记 | 第42-43页 |
| 2.3.3 抗白粉病基因MlIW172的比较基因组学分析和紧密连锁分子标记开发 | 第43-45页 |
| 2.3.4 基于Langdon BAC序列、T.urartu基因组scaffolds和中国春7AL BAC序列加密精细遗传连锁图谱,初步构建物理图谱 | 第45-47页 |
| 2.3.5 抗白粉病基因MlIW172区域不同物种来源的BAC和scaffolds序列的注释和同源抗病基因的聚类分析 | 第47-50页 |
| 2.4 讨论 | 第50-55页 |
| 2.4.1 抗白粉病基因MlIW172与小麦7AL染色体上其他已知的抗白粉病基因间的关系 | 第50-52页 |
| 2.4.2 抗白粉病基因MlIW172区域遗传距离与物理距离之间的关系 | 第52页 |
| 2.4.3 比较基因组学分析发现MlIW172区域和短柄草基因组相关区域具有高度共线性 | 第52-53页 |
| 2.4.4 MlIW172区域预测出大量NBS-LRR类型抗病类似基因 | 第53-55页 |
| 第三章 粗山羊草(Aegilops tauschii)3DS染色体臂测序 | 第55-80页 |
| 3.1 材料 | 第55页 |
| 3.2 BAC pool构建和454测序 | 第55-62页 |
| 3.2.1 BAC pool DNA的提取 | 第56-58页 |
| 3.2.2 BAC pool DNA的片段化 | 第58页 |
| 3.2.3 BAC pool DNA浓度的测定 | 第58页 |
| 3.2.4 利用Roche 454测序平台进行BAC测序 | 第58-60页 |
| 3.2.5 利用ABI 3730测序仪对BAC end进行测序 | 第60-61页 |
| 3.2.6 粗山羊草3DS染色体Roche 454测序数据的拼接和拼接结果的优化完善 | 第61-62页 |
| 3.2.7 利用Genome AGP Pipeline最终生成粗山羊草3DS染色体序列 | 第62页 |
| 3.2.8 粗山羊草3DS染色体臂序列与中国春3B染色体序列的初步比较基因组学分析 | 第62页 |
| 3.3 结果与分析 | 第62-77页 |
| 3.3.1 测序所需BAC pool DNA的提取和片段化 | 第62-63页 |
| 3.3.2 构建粗山羊草3DS BAC pool DNA fragment shotgun文库 | 第63-64页 |
| 3.3.3 构建粗山羊草3DS BAC pool DNA paired-end文库 | 第64页 |
| 3.3.4 粗山羊草3DS BAC pool DNA rapid library和paired-end library的454测序结果 | 第64-65页 |
| 3.3.5 粗山羊草3DS染色体臂基因组序列的拼接 | 第65-67页 |
| 3.3.6 粗山羊草3DS染色体基因组序列拼接的人工修正和完善 | 第67-68页 |
| 3.3.7 利用AGP pipeline生成完整的粗山羊草3DS染色体序列 | 第68-69页 |
| 3.3.8 粗山羊草3DS染色体序列与中国春3B染色体序列的比较基因组学分析 | 第69-77页 |
| 3.4 讨论 | 第77-80页 |
| 3.4.1 关于粗山羊草3DS染色体臂基因组测序方法 | 第77-78页 |
| 3.4.2 关于粗山羊草3DS染色体臂基因组序列的拼接和完善 | 第78页 |
| 3.4.3 关于粗山羊草3DS染色体臂基因组标准参考序列的获取 | 第78-79页 |
| 3.4.4 关于粗山羊草3DS染色体臂与中国春3B染色体序列的共线性 | 第79-80页 |
| 第四章 结论 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-94页 |
| 致谢 | 第94-97页 |
| 作者简历 | 第97-99页 |
