| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 主要缩略词 | 第10-17页 |
| 引言 | 第17-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-35页 |
| 1 绵羊毛品质性状的概述 | 第18-21页 |
| 1.1 毛品质性状的重要性 | 第18页 |
| 1.2 毛品质性状的QTL定位 | 第18-21页 |
| 1.3 毛品质性状的候选基因 | 第21页 |
| 2 遗传变异分析技术的研究现状 | 第21-23页 |
| 3 绵羊基因组学 | 第23页 |
| 4 绵羊SNP芯片 | 第23-24页 |
| 5 连锁不平衡 | 第24-27页 |
| 5.1 连锁不平衡的概念 | 第24页 |
| 5.2 连锁不平衡的度量方法 | 第24-25页 |
| 5.3 连锁不平衡分析的研究现状 | 第25-26页 |
| 5.4 有效群体大小的概念 | 第26-27页 |
| 5.5 绵羊有效群体大小分析的研究现状 | 第27页 |
| 6 全基因关联分析 | 第27-32页 |
| 6.1 GWAS的概念 | 第27页 |
| 6.2 GWAS试验设计 | 第27-28页 |
| 6.3 遗传参数的估计 | 第28-29页 |
| 6.4 GWAS常见问题及MLM分析方法 | 第29-30页 |
| 6.5 GWAS的研究现状 | 第30-32页 |
| 7 基于基因组芯片分析不同方法解析表型性状 | 第32页 |
| 8 基因组其他候选基因的选择 | 第32-34页 |
| 8.1 选择信号的概念 | 第32页 |
| 8.2 选择信号的检测方法 | 第32-33页 |
| 8.3 基因组选择分析的研究现状 | 第33-34页 |
| 9 研究目的和意义 | 第34-35页 |
| 第二章 中国美利奴羊（新疆型）连锁不平衡分析及有效群体大小估计 | 第35-53页 |
| 试验一 中国美利奴羊（新疆型）连锁不平衡分析 | 第35-48页 |
| 1 材料与方法 | 第35-38页 |
| 1.1 试验动物 | 第35页 |
| 1.2 主要药品与试剂 | 第35-36页 |
| 1.3 主要仪器设备 | 第36页 |
| 1.4 DNA提取 | 第36-37页 |
| 1.5 Illumina OvineSNP50 BeadChip制备 | 第37页 |
| 1.6 质量控制 | 第37页 |
| 1.7 LD计算 | 第37页 |
| 1.8 基因注释 | 第37-38页 |
| 2 结果与分析 | 第38-45页 |
| 2.1 琼脂糖凝胶电泳检测 | 第38页 |
| 2.2 SNP统计 | 第38-39页 |
| 2.3 绵羊基因组不同物理距离LD计算结果 | 第39-41页 |
| 2.4 样本大小和LD的分析比较 | 第41-42页 |
| 2.5 功能基因注释 | 第42-45页 |
| 3 讨论 | 第45-47页 |
| 3.1 LD的讨论 | 第45页 |
| 3.2 LD分析的重要候选基因 | 第45-47页 |
| 4 小结 | 第47-48页 |
| 试验二 中国美利奴羊（新疆型）有效群大小的估计 | 第48-53页 |
| 1 材料和方法 | 第48-49页 |
| 1.1 试验动物 | 第48页 |
| 1.2 DNA提取 | 第48页 |
| 1.3 LD计算 | 第48页 |
| 1.4 有效群体大小 | 第48页 |
| 1.5 基因组多样性 | 第48-49页 |
| 2 结果与分析 | 第49-51页 |
| 2.1 有效群体大小 | 第49-50页 |
| 2.2 基因组多样性 | 第50-51页 |
| 3 讨论 | 第51-52页 |
| 4 小结 | 第52-53页 |
| 第三章 基于全基因组关联研究技术筛选美利奴毛品质性状相关候选基因 | 第53-85页 |
| 试验一 全基因组关联分析中统计模型的选择 | 第53-67页 |
| 1 材料和方法 | 第53-58页 |
| 1.1 试验动物 | 第53页 |
| 1.2 自然长度的获取 | 第53-54页 |
| 1.3 表型数据处理 | 第54页 |
| 1.3.1 表型数据的正态性检验 | 第54页 |
| 1.3.2 表型数据转换 | 第54页 |
| 1.4 样品采集 | 第54页 |
| 1.5 主要试剂、溶液、DNA提取及质量控制 | 第54页 |
| 1.6 软件及在线资源 | 第54-55页 |
| 1.7 群体结构分层 | 第55-56页 |
| 1.8 全基因组关联分析的模型选择 | 第56-57页 |
| 1.9 多重假设检验校正 | 第57-58页 |
| 2 结果与分析 | 第58-64页 |
| 2.1 表型数据的描述性统计分析 | 第58页 |
| 2.2 基因组DNA的提取和检测 | 第58页 |
| 2.3 SNPs质量控制结果 | 第58-60页 |
| 2.4 群体结构分析 | 第60-61页 |
| 2.5 两种模型比较 | 第61-64页 |
| 3 讨论 | 第64-65页 |
| 3.1 数据的评价 | 第64-65页 |
| 3.2 群体分层与模型选择的联系 | 第65页 |
| 4 小结 | 第65-67页 |
| 试验二 羊毛品质性状的全基因组关联分析 | 第67-82页 |
| 1 材料和方法 | 第67-68页 |
| 1.1 试验动物 | 第67页 |
| 1.2 表型值测定 | 第67页 |
| 1.3 表型数据处理 | 第67页 |
| 1.4 样品采集 | 第67页 |
| 1.5 主要试剂、溶液、DNA提取及质量控制 | 第67页 |
| 1.6 软件及在线资源 | 第67-68页 |
| 1.7 群体结构分层 | 第68页 |
| 1.8 全基因关联分析的模型构建 | 第68页 |
| 2 结果与分析 | 第68-77页 |
| 2.1 表型数据的描述性统计分析 | 第68-70页 |
| 2.2 毛纤维直径性状的全基因组关联分析 | 第70-71页 |
| 2.3 自然长度性状的全基因组关联分析 | 第71-73页 |
| 2.4 伸直长度性状的全基因组关联分析 | 第73-74页 |
| 2.5 伸直率性状的全基因组关联分析 | 第74-75页 |
| 2.6 产毛量性状的全基因组关联分析 | 第75-77页 |
| 3 讨论 | 第77-80页 |
| 3.1 纤维直径性状的全基因组关联分析 | 第77-78页 |
| 3.2 长度性状的全基因组关联分析 | 第78页 |
| 3.3 产毛量性状的全基因组关联分析 | 第78页 |
| 3.4 伸直率性状的全基因组关联分析 | 第78-79页 |
| 3.5 全基因组关联分析和连锁不平衡的联系 | 第79页 |
| 3.6 全基因组关联分析和基因组选择信号的联系 | 第79页 |
| 3.7 重要候选基因讨论 | 第79-80页 |
| 4 小结 | 第80-82页 |
| 试验三 MLH1基因s33115.1 位点的验证（伸直长度） | 第82-85页 |
| 1 试验材料和方法 | 第82-83页 |
| 1.1 试验动物 | 第82页 |
| 1.2 试验试剂 | 第82页 |
| 1.3 试验仪器设备 | 第82页 |
| 1.4 DNA提取 | 第82页 |
| 1.5 引物设计 | 第82-83页 |
| 1.6 PCR扩增 | 第83页 |
| 1.7 数据分析 | 第83页 |
| 2 结果与分析 | 第83-84页 |
| 2.1 测序结果分析 | 第83-84页 |
| 2.2 s33115.1 不同基因型的伸直长度检验分析 | 第84页 |
| 3 讨论 | 第84页 |
| 4 小结 | 第84-85页 |
| 第四章 全文结论 | 第85-87页 |
| 1 全文结论 | 第85页 |
| 2 创新点 | 第85页 |
| 3 需要完善及工作展望 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-95页 |
| 附录 | 第95-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
| 作者简介 | 第121页 |
| 博士研究生期间参加的科研工作 | 第121页 |
| 博士研究生期间发表文章情况 | 第121-122页 |
| 附件 | 第122页 |
