| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第12-25页 |
| 1.1 引言 | 第12-14页 |
| 1.1.1 咔咯 | 第12页 |
| 1.1.2 锰-oxo咔咯 | 第12-13页 |
| 1.1.3 DNA | 第13-14页 |
| 1.2 咔咯和DNA的相互作用 | 第14-18页 |
| 1.2.1 化合物和DNA的相互作用 | 第14-16页 |
| 1.2.2 咔咯和DNA的相互作用 | 第16-17页 |
| 1.2.3 理论研究方法 | 第17-18页 |
| 1.3 金属咔咯催化氧化断裂DNA | 第18-23页 |
| 1.3.1 化合物氧化断裂DNA | 第18-20页 |
| 1.3.2 咔咯催化氧化断裂DNA | 第20-22页 |
| 1.3.3 理论研究方法 | 第22-23页 |
| 1.4 选题意义及主要技术路线 | 第23-25页 |
| 第二章 计算原理与方法 | 第25-35页 |
| 2.1 密度泛函理论（DFT） | 第25-28页 |
| 2.1.1 DFT简介 | 第25页 |
| 2.1.2 Hohenberg-Kohn定理 | 第25-26页 |
| 2.1.3 Kohn-Sham方程 | 第26-27页 |
| 2.1.4 局域密度近似与广义梯度近似 | 第27-28页 |
| 2.1.5 杂化密度泛函 | 第28页 |
| 2.2 分子对接方法 | 第28-31页 |
| 2.2.1 分子对接简介 | 第28-29页 |
| 2.2.2 分子对接的互补性 | 第29页 |
| 2.2.3 分子对接的分类 | 第29页 |
| 2.2.4 分子对接软件Autodock简介 | 第29-31页 |
| 2.3 分子动力学模拟 | 第31-35页 |
| 2.3.1 分子动力学模拟简介 | 第31页 |
| 2.3.2 分子力场 | 第31-32页 |
| 2.3.3 能量最小化 | 第32页 |
| 2.3.4 系综 | 第32页 |
| 2.3.5 数值求解牛顿方程 | 第32-33页 |
| 2.3.6 分子动力学模拟程序Gromacs简介 | 第33-35页 |
| 第三章 Mn-oxo咔咯催化氧化断裂DNA机理的研究 | 第35-44页 |
| 3.1 引言 | 第35-36页 |
| 3.2 计算细节 | 第36页 |
| 3.2.1 计算过程 | 第36页 |
| 3.2.2 计算方法 | 第36页 |
| 3.3 计算结果与讨论 | 第36-41页 |
| 3.3.1 基态及几何构型 | 第36-38页 |
| 3.3.2 自旋密度分析 | 第38-39页 |
| 3.3.3 前线轨道分析 | 第39-40页 |
| 3.3.4 氧转移及电荷转移过程 | 第40-41页 |
| 3.4 本章小结 | 第41-44页 |
| 第四章 Mn-oxo咔咯与DNA相互作用的研究 | 第44-55页 |
| 4.1 引言 | 第44-45页 |
| 4.2 计算细节 | 第45-46页 |
| 4.2.1 建立模型及设置参数 | 第45-46页 |
| 4.2.2 分子对接 | 第46页 |
| 4.3 计算结果与讨论 | 第46-53页 |
| 4.3.1 Mn-oxo咔咯配合物的结构与电荷分布 | 第46-47页 |
| 4.3.2 Mn-oxo咔咯配合物与DNA的结合模式 | 第47-49页 |
| 4.3.3 Mn-oxo咔咯配合物与DNA的相互作用 | 第49-50页 |
| 4.3.4 结合构象的空间结构 | 第50-53页 |
| 4.4 本章小结 | 第53-55页 |
| 第五章 Mn-oxo咔咯和DNA相互作用的分子动力学研究 | 第55-64页 |
| 5.1 引言 | 第55页 |
| 5.2 计算细节 | 第55-56页 |
| 5.2.1 初始结构 | 第55页 |
| 5.2.2 力场参数的准备 | 第55页 |
| 5.2.3 分子动力学模拟 | 第55-56页 |
| 5.3 结算结果与讨论 | 第56-62页 |
| 5.3.1 Mn-oxo咔咯配合物和DNA相互作用能的变化 | 第56-57页 |
| 5.3.2 结合构象的稳定性 | 第57页 |
| 5.3.3 结合构象空间结构的变化 | 第57-60页 |
| 5.3.4 结合构象的最终构象 | 第60-62页 |
| 5.4 本章小结 | 第62-64页 |
| 结论 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-73页 |
| 附录 | 第73-77页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |
| 附件 | 第79页 |
