| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第1章 文献综述 | 第12-24页 |
| 1.1 土壤中硝化作用的研究意义 | 第12-13页 |
| 1.2 硝化作用的研究进展 | 第13-17页 |
| 1.2.1 传统分步硝化作用 | 第14-15页 |
| 1.2.2 新发现的单步硝化作用 | 第15-17页 |
| 1.3 硝化微生物 | 第17-22页 |
| 1.3.1 氨氧化微生物(AOB/AOA) | 第17-19页 |
| 1.3.2 亚硝酸氧化微生物(NOB) | 第19-21页 |
| 1.3.3 全程氨氧化微生物(Comammox) | 第21-22页 |
| 1.4 土壤pH对硝化作用及硝化微生物的影响 | 第22-23页 |
| 1.5 土壤宏基因组研究方法 | 第23-24页 |
| 第2章 绪论 | 第24-28页 |
| 2.1 研究背景 | 第24-25页 |
| 2.2 研究目的 | 第25页 |
| 2.3 研究内容 | 第25-26页 |
| 2.3.1 长期pH改变对紫色土硝化作用及氨氧化微生物的影响 | 第25页 |
| 2.3.2 短期pH改变对紫色土硝化作用及氨氧化微生物的影响 | 第25页 |
| 2.3.3 三种不同pH紫色土原样的宏基因组研究 | 第25-26页 |
| 2.4 技术路线 | 第26-28页 |
| 第3章 材料与方法 | 第28-36页 |
| 3.1 研究区域概况 | 第28页 |
| 3.2 土壤样品采集与处理 | 第28-29页 |
| 3.2.1 土壤样品采集 | 第28-29页 |
| 3.2.2 土壤样品制备 | 第29页 |
| 3.3 土壤样品培养 | 第29页 |
| 3.4 土壤样品理化性质测定 | 第29-31页 |
| 3.4.1 土壤pH的测定 | 第29-30页 |
| 3.4.2 土壤田间持水量的测定 | 第30页 |
| 3.4.3 土壤总氮和有机质的测定 | 第30-31页 |
| 3.4.5 土壤无机氮的测定 | 第31页 |
| 3.4.6 土壤硝化势的测定 | 第31页 |
| 3.4.7 实验器材 | 第31页 |
| 3.5 微生物总DNA提取 | 第31-32页 |
| 3.5.1 土壤微生物总DNA的提取 | 第31页 |
| 3.5.2 土壤微生物总DNA浓度的测定 | 第31-32页 |
| 3.6 分子生物学方法 | 第32-35页 |
| 3.6.1 定量PCR | 第32-33页 |
| 3.6.2 宏基因组研究 | 第33-35页 |
| 3.6.3 实验器材 | 第35页 |
| 3.7 数据处理 | 第35-36页 |
| 第4章 结果与分析 | 第36-60页 |
| 4.1 长期与短期pH改变对紫色土硝化作用的影响 | 第36-42页 |
| 4.1.1 长期pH改变的影响 | 第36-38页 |
| 4.1.2 短期pH改变的影响 | 第38-42页 |
| 4.1.3 小结 | 第42页 |
| 4.2 三种不同pH紫色土原样的宏基因组研究 | 第42-60页 |
| 4.2.1 测序与数据质量控制 | 第42-43页 |
| 4.2.2 序列拼接与基因预测 | 第43-45页 |
| 4.2.3 基因功能注释及代谢分析 | 第45-47页 |
| 4.2.4 三种不同pH紫色土原样微生物群落结构分析 | 第47-55页 |
| 4.2.5 三种不同pH紫色土原样微生物功能基因分析 | 第55-58页 |
| 4.2.6 小结 | 第58-60页 |
| 第5章 讨论 | 第60-64页 |
| 第6章 结论与展望 | 第64-66页 |
| 6.1 结论 | 第64页 |
| 6.2 展望 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-76页 |
| 致谢 | 第76-78页 |
| 发表论文及参与课题 | 第78页 |
